161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1054 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  91.97 
 
 		 461 aa  893    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3637  ribulose bisphosphate carboxylase  73.7 
 
 		 459 aa  717    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000924133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2638  ribulose bisphosphate carboxylase  74.34 
 
 		 459 aa  721    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  79.78 
 
 		 459 aa  791    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1095  ribulose bisphosphate carboxylase  71.71 
 
 		 459 aa  704    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0424  ribulose bisphosphate carboxylase  70.61 
 
 		 459 aa  692    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.657605  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  77.41 
 
 		 466 aa  746    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  92.62 
 
 		 461 aa  899    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1391  ribulose bisphosphate carboxylase  70.65 
 
 		 459 aa  694    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  91.54 
 
 		 461 aa  892    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2155  ribulose bisphosphate carboxylase  73.25 
 
 		 459 aa  715    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0198342  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  100 
 
 		 461 aa  956    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1978  ribulose bisphosphate carboxylase  73.25 
 
 		 459 aa  709    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  80 
 
 		 459 aa  793    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1814  ribulose bisphosphate carboxylase  73.25 
 
 		 459 aa  715    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.495086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  81.34 
 
 		 461 aa  805    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3767  ribulose bisphosphate carboxylase  73.25 
 
 		 460 aa  714    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  40.51 
 
 		 474 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  32.13 
 
 		 420 aa  201  3e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  31.07 
 
 		 428 aa  182  8.000000000000001e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.02 
 
 		 399 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  32.19 
 
 		 443 aa  168  2e-40  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  29.91 
 
 		 430 aa  159  9e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  31.31 
 
 		 488 aa  159  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  31.31 
 
 		 489 aa  158  2e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  31.31 
 
 		 488 aa  158  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.63 
 
 		 390 aa  158  2e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.62 
 
 		 482 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  32.64 
 
 		 430 aa  156  6e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  32.01 
 
 		 484 aa  156  7e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  33.04 
 
 		 476 aa  156  8e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  31.31 
 
 		 485 aa  156  9e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  32.24 
 
 		 476 aa  155  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  30.72 
 
 		 403 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  30.24 
 
 		 421 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  31.31 
 
 		 488 aa  154  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2153  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.46 
 
 		 476 aa  152  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  30.84 
 
 		 485 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3422  ribulose bisophosphate carboxylase  33.09 
 
 		 476 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.804986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  30.61 
 
 		 523 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  31.02 
 
 		 488 aa  151  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1628  ribulose bisophosphate carboxylase  31.85 
 
 		 472 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  33.42 
 
 		 472 aa  150  4e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1602  ribulose bisophosphate carboxylase  31.85 
 
 		 472 aa  150  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  31.29 
 
 		 485 aa  150  5e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  32.71 
 
 		 493 aa  149  9e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  32.11 
 
 		 486 aa  149  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  30 
 
 		 521 aa  147  5e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.6 
 
 		 399 aa  145  1e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  29.3 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1367  ribulose bisophosphate carboxylase  30.86 
 
 		 472 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  32.6 
 
 		 473 aa  145  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  30.51 
 
 		 473 aa  144  3e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  30.61 
 
 		 486 aa  144  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3051  ribulose bisophosphate carboxylase  32.02 
 
 		 473 aa  143  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.67 
 
 		 473 aa  143  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2660  ribulose bisophosphate carboxylase  32.02 
 
 		 473 aa  143  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  30.47 
 
 		 488 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  32.73 
 
 		 479 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  30.68 
 
 		 488 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  31.82 
 
 		 492 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  32.21 
 
 		 473 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  30.54 
 
 		 486 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  30.54 
 
 		 486 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  32.01 
 
 		 489 aa  139  8.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  32.21 
 
 		 473 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  31.87 
 
 		 501 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2836  ribulose bisophosphate carboxylase  31.94 
 
 		 473 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  30.88 
 
 		 486 aa  139  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  31.99 
 
 		 499 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  31.9 
 
 		 473 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  32.04 
 
 		 470 aa  138  3.0000000000000003e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  30.21 
 
 		 487 aa  137  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1389  ribulose bisophosphate carboxylase  32.32 
 
 		 473 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1691  ribulose bisophosphate carboxylase  32.32 
 
 		 473 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  31.52 
 
 		 471 aa  135  1.9999999999999998e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1501  ribulose bisophosphate carboxylase  32.43 
 
 		 473 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0011462  normal  0.0288871 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  31.88 
 
 		 473 aa  134  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0427  ribulose bisophosphate carboxylase  32.52 
 
 		 472 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  30.53 
 
 		 472 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  31.57 
 
 		 473 aa  133  7.999999999999999e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05521  ribulose bisophosphate carboxylase  31.52 
 
 		 470 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.1 
 
 		 480 aa  131  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08081  ribulose bisophosphate carboxylase  31.52 
 
 		 470 aa  131  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0550  ribulose bisophosphate carboxylase  31.41 
 
 		 471 aa  130  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  31.39 
 
 		 473 aa  130  7.000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06061  ribulose bisophosphate carboxylase  31.41 
 
 		 471 aa  130  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.142488  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06141  ribulose bisophosphate carboxylase  31.41 
 
 		 471 aa  130  7.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  30.24 
 
 		 473 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.48 
 
 		 424 aa  129  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1879  ribulose bisophosphate carboxylase  30.86 
 
 		 470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06041  ribulose bisophosphate carboxylase  30.86 
 
 		 470 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05761  ribulose bisophosphate carboxylase  31.41 
 
 		 471 aa  129  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0310846  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  29.3 
 
 		 423 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0838  ribulose bisophosphate carboxylase  30.53 
 
 		 471 aa  126  8.000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.02 
 
 		 433 aa  124  4e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  28.37 
 
 		 432 aa  119  9.999999999999999e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.22 
 
 		 423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.4 
 
 		 433 aa  117  5e-25  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  27.32 
 
 		 429 aa  116  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>