166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpen_1227 on replicon NC_008698
Organism: Thermofilum pendens Hrk 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  100 
 
 		 443 aa  900    Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  48.74 
 
 		 430 aa  385  1e-106  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  47.13 
 
 		 430 aa  381  1e-104  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  44.91 
 
 		 428 aa  375  1e-103  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  46.96 
 
 		 420 aa  377  1e-103  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  45.77 
 
 		 418 aa  366  1e-100  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  47.69 
 
 		 421 aa  358  8e-98  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.77 
 
 		 399 aa  325  1e-87  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  39.9 
 
 		 399 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  42.37 
 
 		 423 aa  304  2.0000000000000002e-81  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  39.68 
 
 		 488 aa  300  3e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  39.67 
 
 		 403 aa  299  6e-80  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  38.22 
 
 		 472 aa  294  2e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  38.3 
 
 		 487 aa  293  3e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  37.87 
 
 		 521 aa  293  5e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  38.67 
 
 		 476 aa  291  2e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  38.37 
 
 		 390 aa  290  3e-77  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  38.3 
 
 		 486 aa  290  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  39.33 
 
 		 476 aa  289  6e-77  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  39.23 
 
 		 473 aa  288  1e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  38.1 
 
 		 489 aa  288  1e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  38.1 
 
 		 488 aa  288  1e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1628  ribulose bisophosphate carboxylase  38.22 
 
 		 472 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  38.1 
 
 		 488 aa  288  2e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  38.91 
 
 		 473 aa  287  2e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1602  ribulose bisophosphate carboxylase  38.22 
 
 		 472 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  38.07 
 
 		 486 aa  286  4e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2153  ribulose-bisphosphate carboxylase  38.89 
 
 		 476 aa  286  7e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  37.84 
 
 		 485 aa  286  7e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  38.1 
 
 		 488 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  38.69 
 
 		 473 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  39.23 
 
 		 473 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1367  ribulose bisophosphate carboxylase  38.44 
 
 		 472 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  38.96 
 
 		 501 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  36.96 
 
 		 485 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  38.99 
 
 		 473 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  38.24 
 
 		 486 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  40.37 
 
 		 473 aa  282  7.000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  37.87 
 
 		 486 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  37.87 
 
 		 486 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  37.81 
 
 		 499 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3422  ribulose bisophosphate carboxylase  37.56 
 
 		 476 aa  281  2e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.804986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  36.7 
 
 		 485 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  37.09 
 
 		 482 aa  280  4e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  39.22 
 
 		 472 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  39.14 
 
 		 473 aa  280  5e-74  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  39.41 
 
 		 473 aa  279  7e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2660  ribulose bisophosphate carboxylase  39.45 
 
 		 473 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3051  ribulose bisophosphate carboxylase  39.45 
 
 		 473 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  37.39 
 
 		 488 aa  278  1e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  38.99 
 
 		 479 aa  278  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  36.96 
 
 		 484 aa  278  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  36.24 
 
 		 523 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  37.56 
 
 		 493 aa  278  2e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  38.99 
 
 		 480 aa  276  4e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  38.91 
 
 		 473 aa  276  5e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  37.16 
 
 		 488 aa  276  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1501  ribulose bisophosphate carboxylase  38.78 
 
 		 473 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0011462  normal  0.0288871 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  38.76 
 
 		 473 aa  272  9e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  39.09 
 
 		 471 aa  270  2.9999999999999997e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1691  ribulose bisophosphate carboxylase  39.23 
 
 		 473 aa  266  7e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1389  ribulose bisophosphate carboxylase  39.23 
 
 		 473 aa  266  7e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  38.55 
 
 		 470 aa  265  1e-69  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0427  ribulose bisophosphate carboxylase  37.61 
 
 		 472 aa  265  1e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0838  ribulose bisophosphate carboxylase  39.91 
 
 		 471 aa  263  4e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  36.2 
 
 		 492 aa  263  4.999999999999999e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  35.57 
 
 		 489 aa  261  2e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2836  ribulose bisophosphate carboxylase  38.3 
 
 		 473 aa  257  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08081  ribulose bisophosphate carboxylase  38.32 
 
 		 470 aa  258  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05521  ribulose bisophosphate carboxylase  38.18 
 
 		 470 aa  255  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1879  ribulose bisophosphate carboxylase  37.53 
 
 		 470 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06041  ribulose bisophosphate carboxylase  37.53 
 
 		 470 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0550  ribulose bisophosphate carboxylase  37.73 
 
 		 471 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06061  ribulose bisophosphate carboxylase  37.73 
 
 		 471 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.142488  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06141  ribulose bisophosphate carboxylase  37.73 
 
 		 471 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05761  ribulose bisophosphate carboxylase  37.73 
 
 		 471 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0310846  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  34.9 
 
 		 474 aa  225  1e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.49 
 
 		 425 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.76 
 
 		 424 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  34.33 
 
 		 461 aa  204  3e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  34.1 
 
 		 459 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  34.1 
 
 		 459 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  33.41 
 
 		 461 aa  202  9e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0424  ribulose bisphosphate carboxylase  33.1 
 
 		 459 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.657605  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  33.33 
 
 		 461 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2638  ribulose bisphosphate carboxylase  32.65 
 
 		 459 aa  199  9e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  32.65 
 
 		 461 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  32.42 
 
 		 461 aa  193  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2138  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.25 
 
 		 420 aa  192  9e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.763721  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  31.88 
 
 		 466 aa  192  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1391  ribulose bisphosphate carboxylase  31.89 
 
 		 459 aa  192  1e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  34.81 
 
 		 428 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1095  ribulose bisphosphate carboxylase  32.49 
 
 		 459 aa  189  9e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0093  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  34.38 
 
 		 413 aa  186  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.62 
 
 		 425 aa  186  8e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.38 
 
 		 423 aa  186  9e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1814  ribulose bisphosphate carboxylase  33.41 
 
 		 459 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.495086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2155  ribulose bisphosphate carboxylase  33.41 
 
 		 459 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0198342  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  31.96 
 
 		 429 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.43 
 
 		 432 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>