165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6397 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  88 
 
 		 484 aa  890    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  89.07 
 
 		 489 aa  924    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  79.63 
 
 		 492 aa  810    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  75.46 
 
 		 486 aa  779    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  79.67 
 
 		 489 aa  796    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  92.48 
 
 		 485 aa  940    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  71.91 
 
 		 480 aa  686    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  91.02 
 
 		 523 aa  926    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  78.89 
 
 		 482 aa  765    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  79.08 
 
 		 499 aa  786    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  92.72 
 
 		 485 aa  937    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  89.19 
 
 		 488 aa  919    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  88.57 
 
 		 488 aa  914    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  74.53 
 
 		 487 aa  779    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  77.07 
 
 		 488 aa  781    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  75.88 
 
 		 521 aa  793    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  75.46 
 
 		 486 aa  779    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  76.83 
 
 		 501 aa  753    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  75.68 
 
 		 486 aa  793    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  85.15 
 
 		 493 aa  863    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  90.37 
 
 		 488 aa  932    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  100 
 
 		 486 aa  1013    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  76.6 
 
 		 486 aa  801    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  75.05 
 
 		 488 aa  770    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  91.65 
 
 		 485 aa  935    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  77.47 
 
 		 488 aa  775    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  58.82 
 
 		 476 aa  575  1.0000000000000001e-163  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  60.61 
 
 		 472 aa  570  1e-161  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1367  ribulose bisophosphate carboxylase  58.17 
 
 		 472 aa  565  1e-160  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  58.4 
 
 		 476 aa  562  1.0000000000000001e-159  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2153  ribulose-bisphosphate carboxylase  58.19 
 
 		 476 aa  564  1.0000000000000001e-159  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3422  ribulose bisophosphate carboxylase  58.8 
 
 		 476 aa  560  1e-158  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.804986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  57.36 
 
 		 473 aa  552  1e-156  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1628  ribulose bisophosphate carboxylase  56.69 
 
 		 472 aa  552  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1602  ribulose bisophosphate carboxylase  56.69 
 
 		 472 aa  552  1e-156  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  57.94 
 
 		 473 aa  545  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  57.3 
 
 		 473 aa  543  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  57.85 
 
 		 473 aa  542  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  57.45 
 
 		 479 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  57.79 
 
 		 473 aa  533  1e-150  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  57.67 
 
 		 473 aa  534  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1389  ribulose bisophosphate carboxylase  56.84 
 
 		 473 aa  531  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  57.3 
 
 		 473 aa  531  1e-149  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1691  ribulose bisophosphate carboxylase  56.84 
 
 		 473 aa  531  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0427  ribulose bisophosphate carboxylase  56.34 
 
 		 472 aa  525  1e-148  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0550  ribulose bisophosphate carboxylase  57.94 
 
 		 471 aa  528  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  56.99 
 
 		 472 aa  526  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06061  ribulose bisophosphate carboxylase  57.94 
 
 		 471 aa  528  1e-148  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.142488  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06141  ribulose bisophosphate carboxylase  57.94 
 
 		 471 aa  528  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08081  ribulose bisophosphate carboxylase  58.15 
 
 		 470 aa  527  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05761  ribulose bisophosphate carboxylase  57.94 
 
 		 471 aa  527  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0310846  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05521  ribulose bisophosphate carboxylase  58.15 
 
 		 470 aa  526  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2836  ribulose bisophosphate carboxylase  56.99 
 
 		 473 aa  524  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 473 aa  522  1e-147  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  56.34 
 
 		 473 aa  519  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2660  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 473 aa  521  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1879  ribulose bisophosphate carboxylase  57.3 
 
 		 470 aa  519  1e-146  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  56.87 
 
 		 471 aa  521  1e-146  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3051  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 473 aa  521  1e-146  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06041  ribulose bisophosphate carboxylase  57.3 
 
 		 470 aa  519  1e-146  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  55.91 
 
 		 473 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  56.44 
 
 		 470 aa  517  1.0000000000000001e-145  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1501  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 473 aa  512  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0011462  normal  0.0288871 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0838  ribulose bisophosphate carboxylase  57.85 
 
 		 471 aa  511  1e-143  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  45.07 
 
 		 421 aa  300  4e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  37.78 
 
 		 428 aa  280  4e-74  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  37.81 
 
 		 420 aa  280  5e-74  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  38.46 
 
 		 430 aa  270  2.9999999999999997e-71  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  37.59 
 
 		 418 aa  256  5e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  38.56 
 
 		 443 aa  256  7e-67  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  37.3 
 
 		 430 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.5 
 
 		 399 aa  229  6e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  35.44 
 
 		 423 aa  227  3e-58  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  37.24 
 
 		 390 aa  228  3e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  34.94 
 
 		 399 aa  223  4e-57  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  35.12 
 
 		 403 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  32.15 
 
 		 474 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  28.75 
 
 		 429 aa  159  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.4 
 
 		 425 aa  157  4e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  32.36 
 
 		 461 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  27.95 
 
 		 424 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  32.35 
 
 		 461 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  32.11 
 
 		 461 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  31.78 
 
 		 466 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  31.86 
 
 		 461 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  29.97 
 
 		 428 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0424  ribulose bisphosphate carboxylase  32.19 
 
 		 459 aa  147  5e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.657605  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3637  ribulose bisphosphate carboxylase  31.71 
 
 		 459 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000924133  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  31.78 
 
 		 459 aa  143  8e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  31.78 
 
 		 459 aa  143  9e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0441  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  27.39 
 
 		 432 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.47 
 
 		 423 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1391  ribulose bisphosphate carboxylase  30.73 
 
 		 459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.14 
 
 		 432 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2638  ribulose bisphosphate carboxylase  31.22 
 
 		 459 aa  140  6e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  31.78 
 
 		 461 aa  140  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3767  ribulose bisphosphate carboxylase  31.54 
 
 		 460 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1095  ribulose bisphosphate carboxylase  30.32 
 
 		 459 aa  136  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1814  ribulose bisphosphate carboxylase  31.05 
 
 		 459 aa  134  3.9999999999999996e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.495086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1978  ribulose bisphosphate carboxylase  29.24 
 
 		 459 aa  134  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656456  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>