165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1549 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  81.53 
 
 		 473 aa  782    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1389  ribulose bisophosphate carboxylase  80.68 
 
 		 473 aa  763    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1879  ribulose bisophosphate carboxylase  72.28 
 
 		 470 aa  698    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  79.83 
 
 		 473 aa  769    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  78.54 
 
 		 473 aa  762    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  72.35 
 
 		 476 aa  704    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  80.04 
 
 		 473 aa  768    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  73.77 
 
 		 470 aa  714    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  73.77 
 
 		 471 aa  716    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0427  ribulose bisophosphate carboxylase  80.72 
 
 		 472 aa  770    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0838  ribulose bisophosphate carboxylase  76.82 
 
 		 471 aa  706    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0550  ribulose bisophosphate carboxylase  73.35 
 
 		 471 aa  706    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  71.92 
 
 		 472 aa  707    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3422  ribulose bisophosphate carboxylase  71.06 
 
 		 476 aa  684    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.804986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  79.79 
 
 		 473 aa  783    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  82.26 
 
 		 473 aa  790    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  100 
 
 		 472 aa  979    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  78.33 
 
 		 473 aa  761    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1501  ribulose bisophosphate carboxylase  79.79 
 
 		 473 aa  756    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0011462  normal  0.0288871 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  71.92 
 
 		 476 aa  701    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2836  ribulose bisophosphate carboxylase  82.55 
 
 		 473 aa  783    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1602  ribulose bisophosphate carboxylase  71.27 
 
 		 472 aa  691    Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  81.49 
 
 		 473 aa  778    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06061  ribulose bisophosphate carboxylase  73.35 
 
 		 471 aa  706    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.142488  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06141  ribulose bisophosphate carboxylase  73.35 
 
 		 471 aa  706    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06041  ribulose bisophosphate carboxylase  72.28 
 
 		 470 aa  698    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08081  ribulose bisophosphate carboxylase  73.13 
 
 		 470 aa  705    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05761  ribulose bisophosphate carboxylase  73.13 
 
 		 471 aa  704    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0310846  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3051  ribulose bisophosphate carboxylase  79.41 
 
 		 473 aa  760    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  82.55 
 
 		 473 aa  805    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1367  ribulose bisophosphate carboxylase  72.35 
 
 		 472 aa  700    Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  80.3 
 
 		 479 aa  779    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1628  ribulose bisophosphate carboxylase  71.27 
 
 		 472 aa  691    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2660  ribulose bisophosphate carboxylase  79.41 
 
 		 473 aa  760    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1691  ribulose bisophosphate carboxylase  80.68 
 
 		 473 aa  763    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05521  ribulose bisophosphate carboxylase  72.92 
 
 		 470 aa  705    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  80.43 
 
 		 473 aa  794    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2153  ribulose-bisphosphate carboxylase  71.27 
 
 		 476 aa  696    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  60.97 
 
 		 480 aa  588  1e-167  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  61.08 
 
 		 482 aa  586  1e-166  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  59.1 
 
 		 521 aa  567  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  60.26 
 
 		 499 aa  564  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 485 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  59.1 
 
 		 487 aa  563  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  59.14 
 
 		 486 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 485 aa  558  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  58.92 
 
 		 486 aa  559  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  59.31 
 
 		 488 aa  558  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 485 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  59.4 
 
 		 501 aa  558  1e-157  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 488 aa  556  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 488 aa  556  1e-157  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  57.42 
 
 		 488 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  59.1 
 
 		 488 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  56.56 
 
 		 523 aa  552  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  56.99 
 
 		 486 aa  553  1e-156  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  56.13 
 
 		 489 aa  551  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  57.42 
 
 		 484 aa  550  1e-155  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  58.71 
 
 		 486 aa  547  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  58.03 
 
 		 488 aa  547  1e-154  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  58.71 
 
 		 486 aa  547  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 493 aa  535  1e-151  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  55.84 
 
 		 492 aa  533  1e-150  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  56.48 
 
 		 489 aa  529  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  43.03 
 
 		 420 aa  315  1.9999999999999998e-84  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  45.82 
 
 		 421 aa  310  5e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  38.72 
 
 		 428 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  37.99 
 
 		 430 aa  290  3e-77  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  37.28 
 
 		 430 aa  288  1e-76  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  40.46 
 
 		 443 aa  278  1e-73  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  36.85 
 
 		 418 aa  258  2e-67  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  37.39 
 
 		 423 aa  246  4.9999999999999997e-64  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  36.39 
 
 		 399 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  36.43 
 
 		 403 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.33 
 
 		 399 aa  234  3e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  36.2 
 
 		 390 aa  231  2e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  32.29 
 
 		 474 aa  189  8e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1095  ribulose bisphosphate carboxylase  31.79 
 
 		 459 aa  162  1e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0424  ribulose bisphosphate carboxylase  32.29 
 
 		 459 aa  160  4e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.657605  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  32.12 
 
 		 466 aa  157  6e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1814  ribulose bisphosphate carboxylase  32.22 
 
 		 459 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.495086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2155  ribulose bisphosphate carboxylase  32.22 
 
 		 459 aa  155  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0198342  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  31.72 
 
 		 461 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2638  ribulose bisphosphate carboxylase  30.89 
 
 		 459 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  30.82 
 
 		 461 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  32.2 
 
 		 461 aa  153  7e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1391  ribulose bisphosphate carboxylase  29.87 
 
 		 459 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  31.87 
 
 		 461 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  30.65 
 
 		 461 aa  152  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3637  ribulose bisphosphate carboxylase  32.45 
 
 		 459 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000924133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  30.9 
 
 		 459 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1978  ribulose bisphosphate carboxylase  30.82 
 
 		 459 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  30.9 
 
 		 459 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3767  ribulose bisphosphate carboxylase  30.28 
 
 		 460 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  26.4 
 
 		 425 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  26.96 
 
 		 429 aa  137  4e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3120  ribulose-bisphosphate carboxylase  24.81 
 
 		 408 aa  134  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000815521 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  30 
 
 		 428 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0252  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.05 
 
 		 433 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243634  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.23 
 
 		 433 aa  130  6e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>