165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Memar_1325 on replicon NC_009051
Organism: Methanoculleus marisnigri JR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  100 
 
 		 430 aa  883    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  77.44 
 
 		 430 aa  694    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  48.69 
 
 		 421 aa  401  9.999999999999999e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  46.54 
 
 		 420 aa  382  1e-105  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  45.15 
 
 		 428 aa  380  1e-104  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  46.08 
 
 		 423 aa  374  1e-102  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  47.13 
 
 		 443 aa  361  2e-98  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  42.89 
 
 		 418 aa  351  1e-95  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  39.06 
 
 		 472 aa  303  4.0000000000000003e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  42.16 
 
 		 390 aa  299  6e-80  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  40.98 
 
 		 399 aa  295  9e-79  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3422  ribulose bisophosphate carboxylase  38.62 
 
 		 476 aa  290  3e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.804986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  39.51 
 
 		 473 aa  290  3e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  39.6 
 
 		 473 aa  289  8e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  38.84 
 
 		 473 aa  286  4e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2153  ribulose-bisphosphate carboxylase  38.39 
 
 		 476 aa  286  4e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  38.95 
 
 		 473 aa  286  5e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  38.62 
 
 		 476 aa  285  9e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  39.91 
 
 		 480 aa  285  1.0000000000000001e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  38.62 
 
 		 473 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  39.18 
 
 		 471 aa  284  2.0000000000000002e-75  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  38.81 
 
 		 473 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  37.5 
 
 		 476 aa  283  5.000000000000001e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  37.53 
 
 		 521 aa  281  1e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1367  ribulose bisophosphate carboxylase  37.28 
 
 		 472 aa  282  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  38.72 
 
 		 473 aa  280  2e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  39.18 
 
 		 470 aa  280  2e-74  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  38.72 
 
 		 473 aa  281  2e-74  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  39.04 
 
 		 473 aa  280  3e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1602  ribulose bisophosphate carboxylase  37.72 
 
 		 472 aa  280  5e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1628  ribulose bisophosphate carboxylase  37.72 
 
 		 472 aa  280  5e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1879  ribulose bisophosphate carboxylase  38.17 
 
 		 470 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  38.78 
 
 		 399 aa  278  1e-73  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06041  ribulose bisophosphate carboxylase  38.17 
 
 		 470 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  37.87 
 
 		 487 aa  277  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  37.41 
 
 		 488 aa  278  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08081  ribulose bisophosphate carboxylase  38.72 
 
 		 470 aa  277  3e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05521  ribulose bisophosphate carboxylase  38.7 
 
 		 470 aa  277  3e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0550  ribulose bisophosphate carboxylase  38.48 
 
 		 471 aa  276  4e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06061  ribulose bisophosphate carboxylase  38.48 
 
 		 471 aa  276  4e-73  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.142488  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06141  ribulose bisophosphate carboxylase  38.48 
 
 		 471 aa  276  4e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  39.9 
 
 		 403 aa  276  4e-73  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  38.41 
 
 		 488 aa  276  4e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  38.3 
 
 		 482 aa  276  6e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3051  ribulose bisophosphate carboxylase  37.28 
 
 		 473 aa  276  6e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2660  ribulose bisophosphate carboxylase  37.28 
 
 		 473 aa  276  6e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  38.03 
 
 		 479 aa  276  6e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  37.99 
 
 		 486 aa  276  6e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  36.16 
 
 		 472 aa  275  8e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05761  ribulose bisophosphate carboxylase  38.26 
 
 		 471 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0310846  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  37.19 
 
 		 486 aa  273  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1389  ribulose bisophosphate carboxylase  38.48 
 
 		 473 aa  272  8.000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1691  ribulose bisophosphate carboxylase  38.48 
 
 		 473 aa  272  8.000000000000001e-72  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  37.19 
 
 		 486 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  37.19 
 
 		 486 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1501  ribulose bisophosphate carboxylase  37.67 
 
 		 473 aa  269  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0011462  normal  0.0288871 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  38.64 
 
 		 501 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  36.61 
 
 		 488 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2836  ribulose bisophosphate carboxylase  37.72 
 
 		 473 aa  267  2.9999999999999995e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  36.38 
 
 		 489 aa  266  4e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  36.38 
 
 		 488 aa  266  4e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  37.3 
 
 		 486 aa  266  4e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0838  ribulose bisophosphate carboxylase  37.59 
 
 		 471 aa  266  5e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  37.07 
 
 		 485 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  37.59 
 
 		 499 aa  265  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  36.24 
 
 		 488 aa  265  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  38.79 
 
 		 473 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0427  ribulose bisophosphate carboxylase  37.67 
 
 		 472 aa  263  4e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  36.84 
 
 		 485 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  36.38 
 
 		 485 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  36.61 
 
 		 484 aa  263  6e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  37.16 
 
 		 493 aa  262  8e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  36.38 
 
 		 523 aa  260  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  36.61 
 
 		 488 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  37.64 
 
 		 489 aa  256  5e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  36.79 
 
 		 492 aa  256  6e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  34.87 
 
 		 474 aa  231  2e-59  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  33.8 
 
 		 461 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  34.11 
 
 		 461 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  33.56 
 
 		 461 aa  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  33.64 
 
 		 459 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  33.64 
 
 		 459 aa  177  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  32.37 
 
 		 461 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  32.48 
 
 		 466 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0412  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.33 
 
 		 442 aa  172  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.82 
 
 		 433 aa  172  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.51 
 
 		 433 aa  171  2e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  32.64 
 
 		 461 aa  170  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.25 
 
 		 425 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.56 
 
 		 424 aa  166  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0424  ribulose bisphosphate carboxylase  30.54 
 
 		 459 aa  162  8.000000000000001e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.657605  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2001  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  28.61 
 
 		 438 aa  162  9e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000765161  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  29.34 
 
 		 432 aa  162  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1391  ribulose bisphosphate carboxylase  31.32 
 
 		 459 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2007  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29 
 
 		 428 aa  160  4e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.167441 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0096  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  34.34 
 
 		 411 aa  160  4e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0453072  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3637  ribulose bisphosphate carboxylase  30.22 
 
 		 459 aa  159  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000924133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0013  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.21 
 
 		 428 aa  158  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1801  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.44 
 
 		 428 aa  158  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1978  ribulose bisphosphate carboxylase  30.16 
 
 		 459 aa  156  8e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656456  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>