165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3435 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  100 
 
 
428 aa  859    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  90.05 
 
 
423 aa  749    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1067  ribulose-bisphosphate carboxylase  75.06 
 
 
421 aa  578  1e-164  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782005  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0093  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  68.54 
 
 
413 aa  542  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3063  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  69.29 
 
 
392 aa  503  1e-141  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.17372 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2924  ribulose-bisphosphate carboxylase  64.23 
 
 
414 aa  500  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  59.18 
 
 
429 aa  470  1.0000000000000001e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2420  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  62.44 
 
 
414 aa  457  1e-127  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2747  Ribulose-bisphosphate carboxylase  52.96 
 
 
416 aa  440  9.999999999999999e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.32552  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2138  Ribulose-bisphosphate carboxylase  54.79 
 
 
420 aa  435  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.763721  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  54.72 
 
 
424 aa  434  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0441  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  53.4 
 
 
432 aa  421  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  53.4 
 
 
432 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  54.63 
 
 
425 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  52.44 
 
 
425 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0032  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  53.62 
 
 
428 aa  415  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.729398  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1945  Ribulose-bisphosphate carboxylase  53.75 
 
 
423 aa  414  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4649  Ribulose-bisphosphate carboxylase  47.23 
 
 
418 aa  363  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.175751  normal  0.655836 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3067  ribulose-bisphosphate carboxylase  47.1 
 
 
418 aa  363  4e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3724  ribulose-bisphosphate carboxylase  47.82 
 
 
418 aa  361  1e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.630821  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4762  Ribulose-bisphosphate carboxylase  46.72 
 
 
418 aa  359  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521713  normal  0.838014 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1739  Ribulose-bisphosphate carboxylase  45.45 
 
 
421 aa  336  3.9999999999999995e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000802921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1448  Ribulose-bisphosphate carboxylase  46.63 
 
 
420 aa  315  7e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2026  Ribulose-bisphosphate carboxylase  46.63 
 
 
420 aa  315  7e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.197307  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3120  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.98 
 
 
408 aa  259  9e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000815521 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.15 
 
 
390 aa  213  5.999999999999999e-54  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0300  rubisco-like protein Rlp2  34.22 
 
 
431 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.920574  normal  0.0975511 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0252  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.93 
 
 
433 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243634  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.25 
 
 
399 aa  206  8e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1801  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.11 
 
 
428 aa  199  6e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0263  RiBisCO-like protein  33.09 
 
 
432 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.724133  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0462  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.37 
 
 
432 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.105525 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  32.36 
 
 
432 aa  195  1e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  31.64 
 
 
420 aa  193  5e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  32.25 
 
 
428 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2007  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.63 
 
 
428 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.167441 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.04 
 
 
433 aa  190  4e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2001  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  31.03 
 
 
438 aa  188  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000765161  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.09 
 
 
399 aa  187  2e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  31.44 
 
 
403 aa  186  7e-46  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  31.12 
 
 
421 aa  182  1e-44  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.02 
 
 
433 aa  181  2e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0412  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.51 
 
 
442 aa  172  7.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  34.81 
 
 
443 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  29.5 
 
 
430 aa  159  1e-37  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  30.48 
 
 
485 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1745  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.39 
 
 
413 aa  153  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  29.97 
 
 
485 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  29.97 
 
 
485 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0013  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.9 
 
 
428 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  29.97 
 
 
486 aa  147  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  29.47 
 
 
488 aa  147  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  29.72 
 
 
484 aa  146  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  31.86 
 
 
486 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  31.86 
 
 
486 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  25.87 
 
 
474 aa  145  1e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  30.23 
 
 
488 aa  145  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  28.97 
 
 
523 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  29.97 
 
 
489 aa  144  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  30.21 
 
 
418 aa  144  3e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  29.47 
 
 
486 aa  143  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  30.65 
 
 
493 aa  143  7e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  29.97 
 
 
488 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  29.94 
 
 
479 aa  139  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  29.47 
 
 
486 aa  139  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  31.72 
 
 
430 aa  138  2e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  31.4 
 
 
492 aa  137  5e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  31.23 
 
 
488 aa  136  7.000000000000001e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1894  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  31.86 
 
 
377 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.898697  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.72 
 
 
482 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  30.6 
 
 
521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  31.13 
 
 
488 aa  135  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  31.1 
 
 
489 aa  133  6e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  29.79 
 
 
473 aa  133  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  31.13 
 
 
487 aa  132  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0850  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.57 
 
 
413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000268657  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  31.55 
 
 
499 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  30.6 
 
 
488 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.79 
 
 
473 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  30.4 
 
 
473 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  30.4 
 
 
473 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  31.13 
 
 
501 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3865  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.54 
 
 
414 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.581822  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  31 
 
 
473 aa  126  6e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  28.48 
 
 
472 aa  125  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  28.79 
 
 
473 aa  125  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  29.48 
 
 
473 aa  124  3e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  30.09 
 
 
473 aa  124  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  30.59 
 
 
423 aa  123  5e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  29.94 
 
 
471 aa  123  8e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  30.51 
 
 
473 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0958  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.43 
 
 
387 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  30 
 
 
472 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4103  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.24 
 
 
414 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.325839  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  29.65 
 
 
470 aa  121  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1093  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  28.95 
 
 
414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  30.4 
 
 
473 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4167  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  28.95 
 
 
414 aa  121  3e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000888995  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4145  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  28.65 
 
 
414 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0141097  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3793  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  28.36 
 
 
414 aa  120  6e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00837999  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>