165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4762 on replicon NC_012848
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012848  Rleg_4762  Ribulose-bisphosphate carboxylase  100 
 
 
418 aa  854    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521713  normal  0.838014 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3724  ribulose-bisphosphate carboxylase  79.67 
 
 
418 aa  683    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.630821  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3067  ribulose-bisphosphate carboxylase  88.22 
 
 
418 aa  759    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4649  Ribulose-bisphosphate carboxylase  93.78 
 
 
418 aa  808    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.175751  normal  0.655836 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2138  Ribulose-bisphosphate carboxylase  49.52 
 
 
420 aa  396  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.763721  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2747  Ribulose-bisphosphate carboxylase  47.93 
 
 
416 aa  397  1e-109  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.32552  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  45.8 
 
 
424 aa  387  1e-106  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  45.78 
 
 
425 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  45.28 
 
 
429 aa  372  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3120  ribulose-bisphosphate carboxylase  44.5 
 
 
408 aa  360  4e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000815521 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  46.72 
 
 
428 aa  359  5e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  46.19 
 
 
423 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  44.1 
 
 
425 aa  348  8e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1945  Ribulose-bisphosphate carboxylase  43.03 
 
 
423 aa  339  5e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0441  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  42.23 
 
 
432 aa  339  7e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.99 
 
 
432 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0093  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  43.63 
 
 
413 aa  328  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1067  ribulose-bisphosphate carboxylase  45.06 
 
 
421 aa  322  6e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782005  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0032  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  41.18 
 
 
428 aa  318  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.729398  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2924  ribulose-bisphosphate carboxylase  43.21 
 
 
414 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3063  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  44.42 
 
 
392 aa  303  4.0000000000000003e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.17372 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1448  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.73 
 
 
420 aa  290  3e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2026  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.73 
 
 
420 aa  290  3e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.197307  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1739  Ribulose-bisphosphate carboxylase  38.79 
 
 
421 aa  280  5e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000802921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2420  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  41.67 
 
 
414 aa  271  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0252  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.13 
 
 
433 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243634  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.2 
 
 
390 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1801  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.51 
 
 
428 aa  185  1.0000000000000001e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.34 
 
 
399 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2007  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.93 
 
 
428 aa  182  8.000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.167441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0300  rubisco-like protein Rlp2  30.27 
 
 
431 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.920574  normal  0.0975511 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0263  RiBisCO-like protein  30.6 
 
 
432 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.724133  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  29.34 
 
 
432 aa  179  8e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  29.15 
 
 
420 aa  177  4e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0412  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.51 
 
 
442 aa  176  8e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0462  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.6 
 
 
432 aa  176  9e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.105525 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.7 
 
 
399 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.58 
 
 
433 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  31.85 
 
 
428 aa  171  2e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.36 
 
 
433 aa  170  3e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2001  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  29.68 
 
 
438 aa  169  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000765161  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  33.41 
 
 
421 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  27.21 
 
 
403 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  28.4 
 
 
418 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  29.59 
 
 
443 aa  154  4e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  28.74 
 
 
423 aa  138  2e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  29.22 
 
 
430 aa  138  2e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0013  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.54 
 
 
428 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  29.87 
 
 
486 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  29.87 
 
 
486 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  27.34 
 
 
486 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.01 
 
 
482 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  30.31 
 
 
430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  27.6 
 
 
486 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  28.35 
 
 
474 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  28.05 
 
 
485 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  26.97 
 
 
480 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  26.09 
 
 
489 aa  127  5e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  28.57 
 
 
489 aa  127  5e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  26.92 
 
 
486 aa  126  6e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  27.61 
 
 
492 aa  125  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  27.48 
 
 
485 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  27.76 
 
 
485 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  29.61 
 
 
499 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  30 
 
 
488 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  28.48 
 
 
488 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  26.48 
 
 
487 aa  123  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  26.84 
 
 
484 aa  123  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  25.37 
 
 
488 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  25.55 
 
 
488 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  27.49 
 
 
523 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  28.3 
 
 
521 aa  121  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  27.99 
 
 
493 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  27.84 
 
 
488 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0096  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.86 
 
 
411 aa  119  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0453072  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  29 
 
 
473 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1745  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.25 
 
 
413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  27.19 
 
 
488 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  28.1 
 
 
501 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  26.86 
 
 
472 aa  116  8.999999999999998e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  26.3 
 
 
466 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  26.76 
 
 
473 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0958  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.37 
 
 
387 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  27.19 
 
 
479 aa  114  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  26.06 
 
 
473 aa  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0850  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  25.47 
 
 
413 aa  113  6e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000268657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  26.18 
 
 
473 aa  113  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  29.52 
 
 
471 aa  113  7.000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  26.18 
 
 
473 aa  113  8.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  28.19 
 
 
473 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  26.51 
 
 
473 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  27.49 
 
 
473 aa  110  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  29.96 
 
 
470 aa  110  6e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  28.63 
 
 
472 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  25.45 
 
 
473 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0427  ribulose bisophosphate carboxylase  27.89 
 
 
472 aa  107  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  27.75 
 
 
473 aa  106  8e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1628  ribulose bisophosphate carboxylase  25.13 
 
 
472 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  25.68 
 
 
476 aa  105  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1602  ribulose bisophosphate carboxylase  25.13 
 
 
472 aa  105  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>