166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_5642 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  100 
 
 
424 aa  860    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  73.86 
 
 
425 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  69.12 
 
 
425 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1945  Ribulose-bisphosphate carboxylase  52.88 
 
 
423 aa  441  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2747  Ribulose-bisphosphate carboxylase  50.24 
 
 
416 aa  441  9.999999999999999e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.32552  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  54.72 
 
 
428 aa  434  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  55.16 
 
 
423 aa  432  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  52.64 
 
 
429 aa  426  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2138  Ribulose-bisphosphate carboxylase  50.72 
 
 
420 aa  424  1e-117  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.763721  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0032  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  52.08 
 
 
428 aa  418  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.729398  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  49.03 
 
 
432 aa  412  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0441  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  49.76 
 
 
432 aa  414  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1067  ribulose-bisphosphate carboxylase  54.48 
 
 
421 aa  402  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782005  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0093  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  53.79 
 
 
413 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2924  ribulose-bisphosphate carboxylase  53.79 
 
 
414 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3063  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  53.81 
 
 
392 aa  394  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.17372 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4649  Ribulose-bisphosphate carboxylase  47.13 
 
 
418 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.175751  normal  0.655836 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3724  ribulose-bisphosphate carboxylase  46 
 
 
418 aa  388  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.630821  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4762  Ribulose-bisphosphate carboxylase  45.8 
 
 
418 aa  387  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521713  normal  0.838014 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3067  ribulose-bisphosphate carboxylase  45.76 
 
 
418 aa  379  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2420  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  52.42 
 
 
414 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2026  Ribulose-bisphosphate carboxylase  42.36 
 
 
420 aa  306  3e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.197307  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1448  Ribulose-bisphosphate carboxylase  42.36 
 
 
420 aa  306  3e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1739  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.69 
 
 
421 aa  305  1.0000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000802921 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3120  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.86 
 
 
408 aa  288  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000815521 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  35.75 
 
 
399 aa  227  2e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.06 
 
 
390 aa  225  1e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  35.56 
 
 
403 aa  216  4e-55  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  32.88 
 
 
421 aa  210  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.82 
 
 
399 aa  206  7e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2007  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.72 
 
 
428 aa  203  5e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.167441 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  31.8 
 
 
420 aa  202  9.999999999999999e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  34.83 
 
 
428 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.37 
 
 
433 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  30.94 
 
 
432 aa  196  9e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0412  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.79 
 
 
442 aa  195  1e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.94 
 
 
433 aa  195  1e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1801  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.02 
 
 
428 aa  194  3e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0300  rubisco-like protein Rlp2  33.53 
 
 
431 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.920574  normal  0.0975511 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0252  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.66 
 
 
433 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243634  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0263  RiBisCO-like protein  31.06 
 
 
432 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.724133  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2001  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  29.88 
 
 
438 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000765161  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0462  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.3 
 
 
432 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.105525 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  32.69 
 
 
443 aa  177  3e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0013  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.91 
 
 
428 aa  177  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  34.12 
 
 
418 aa  171  3e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1745  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  30.73 
 
 
413 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  31.44 
 
 
430 aa  164  4.0000000000000004e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  29.29 
 
 
430 aa  159  8e-38  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  29.26 
 
 
423 aa  158  1e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  29.92 
 
 
485 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  32.08 
 
 
486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  32.08 
 
 
486 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  30.03 
 
 
486 aa  156  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  31.86 
 
 
488 aa  156  6e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  28.5 
 
 
485 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  29.67 
 
 
485 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  27.95 
 
 
486 aa  152  8e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  28.83 
 
 
487 aa  152  8.999999999999999e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.93 
 
 
482 aa  152  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  30.26 
 
 
493 aa  151  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0850  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.76 
 
 
413 aa  150  5e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000268657  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  28.54 
 
 
523 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  27.95 
 
 
484 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  27.18 
 
 
488 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  25.96 
 
 
474 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  29.19 
 
 
521 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  29.34 
 
 
486 aa  146  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  27.99 
 
 
488 aa  146  8.000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  28.5 
 
 
488 aa  145  1e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  30.28 
 
 
501 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  30.09 
 
 
489 aa  144  2e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  30.28 
 
 
499 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  27.95 
 
 
489 aa  144  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  30.82 
 
 
488 aa  143  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  29.47 
 
 
492 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0096  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.6 
 
 
411 aa  137  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0453072  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  29.25 
 
 
488 aa  137  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  31.4 
 
 
459 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  31.4 
 
 
459 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  30.6 
 
 
466 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  30.87 
 
 
461 aa  132  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2735  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  28.22 
 
 
414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000131902  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  30.47 
 
 
461 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.12 
 
 
480 aa  130  6e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1894  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  32.78 
 
 
377 aa  130  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.898697  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  29.48 
 
 
461 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  30.77 
 
 
461 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3865  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  28.23 
 
 
414 aa  127  3e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.581822  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4103  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.96 
 
 
414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.325839  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0958  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.46 
 
 
387 aa  127  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1093  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.96 
 
 
414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3946  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.49 
 
 
414 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3778  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.49 
 
 
414 aa  125  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.659425  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4057  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.49 
 
 
414 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4145  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.49 
 
 
414 aa  125  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0141097  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4255  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.49 
 
 
414 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4167  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.58 
 
 
414 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000888995  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  29.92 
 
 
461 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0596  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  32.6 
 
 
390 aa  123  6e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.582324  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>