164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4049 on replicon NC_007959
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  85.56 
 
 		 484 aa  863    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  97.31 
 
 		 489 aa  989    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  81.03 
 
 		 492 aa  816    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  75.26 
 
 		 486 aa  784    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  80.04 
 
 		 489 aa  802    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  77.87 
 
 		 482 aa  771    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  88.25 
 
 		 485 aa  914    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  71.06 
 
 		 480 aa  683    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  88.09 
 
 		 523 aa  919    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  79.5 
 
 		 499 aa  799    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  88.15 
 
 		 485 aa  911    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  100 
 
 		 488 aa  1019    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  99.39 
 
 		 488 aa  1015    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  74.59 
 
 		 487 aa  793    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  88.66 
 
 		 485 aa  918    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  77.46 
 
 		 488 aa  801    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  77.11 
 
 		 521 aa  813    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  75.26 
 
 		 486 aa  784    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  77.82 
 
 		 501 aa  772    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  74.85 
 
 		 486 aa  796    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  84.47 
 
 		 493 aa  852    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  76.23 
 
 		 488 aa  787    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  87.86 
 
 		 488 aa  912    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  89.19 
 
 		 486 aa  919    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  76.99 
 
 		 486 aa  801    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  76.84 
 
 		 488 aa  771    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  58.87 
 
 		 472 aa  572  1.0000000000000001e-162  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  57.69 
 
 		 476 aa  570  1e-161  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2153  ribulose-bisphosphate carboxylase  58.33 
 
 		 476 aa  567  1e-160  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  59.14 
 
 		 476 aa  564  1.0000000000000001e-159  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1367  ribulose bisophosphate carboxylase  57.17 
 
 		 472 aa  563  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3422  ribulose bisophosphate carboxylase  58.92 
 
 		 476 aa  562  1.0000000000000001e-159  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.804986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1628  ribulose bisophosphate carboxylase  55.74 
 
 		 472 aa  551  1e-155  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1602  ribulose bisophosphate carboxylase  55.74 
 
 		 472 aa  551  1e-155  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  56.08 
 
 		 473 aa  546  1e-154  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  56.87 
 
 		 473 aa  545  1e-154  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  57.79 
 
 		 473 aa  539  9.999999999999999e-153  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  57.79 
 
 		 473 aa  540  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  56.22 
 
 		 473 aa  539  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 479 aa  538  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  56.44 
 
 		 473 aa  528  1e-149  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  56.77 
 
 		 472 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  56.13 
 
 		 473 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  56.13 
 
 		 473 aa  526  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1389  ribulose bisophosphate carboxylase  56.08 
 
 		 473 aa  528  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1691  ribulose bisophosphate carboxylase  56.08 
 
 		 473 aa  528  1e-148  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  56.34 
 
 		 473 aa  525  1e-148  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08081  ribulose bisophosphate carboxylase  57.08 
 
 		 470 aa  526  1e-148  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2660  ribulose bisophosphate carboxylase  56.56 
 
 		 473 aa  523  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0427  ribulose bisophosphate carboxylase  55.48 
 
 		 472 aa  522  1e-147  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0550  ribulose bisophosphate carboxylase  56.65 
 
 		 471 aa  522  1e-147  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06061  ribulose bisophosphate carboxylase  56.65 
 
 		 471 aa  522  1e-147  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.142488  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06141  ribulose bisophosphate carboxylase  56.65 
 
 		 471 aa  522  1e-147  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05761  ribulose bisophosphate carboxylase  56.65 
 
 		 471 aa  521  1e-147  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0310846  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3051  ribulose bisophosphate carboxylase  56.56 
 
 		 473 aa  523  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05521  ribulose bisophosphate carboxylase  56.87 
 
 		 470 aa  525  1e-147  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1879  ribulose bisophosphate carboxylase  56.22 
 
 		 470 aa  519  1e-146  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  56.01 
 
 		 471 aa  519  1e-146  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06041  ribulose bisophosphate carboxylase  56.22 
 
 		 470 aa  519  1e-146  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  55.48 
 
 		 473 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  55.58 
 
 		 470 aa  517  1.0000000000000001e-145  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2836  ribulose bisophosphate carboxylase  55.48 
 
 		 473 aa  516  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0838  ribulose bisophosphate carboxylase  57.2 
 
 		 471 aa  514  1e-144  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1501  ribulose bisophosphate carboxylase  55.91 
 
 		 473 aa  511  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0011462  normal  0.0288871 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  45.34 
 
 		 421 aa  297  2e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  39.01 
 
 		 428 aa  291  3e-77  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  40 
 
 		 420 aa  281  2e-74  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  38.21 
 
 		 430 aa  273  4.0000000000000004e-72  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  38.92 
 
 		 418 aa  266  4e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  38.66 
 
 		 443 aa  260  4e-68  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  36.38 
 
 		 430 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  35.38 
 
 		 423 aa  228  3e-58  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.5 
 
 		 399 aa  227  4e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.35 
 
 		 390 aa  219  7e-56  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  34.09 
 
 		 399 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  33.49 
 
 		 403 aa  211  2e-53  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  32.24 
 
 		 474 aa  187  3e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  32.24 
 
 		 461 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  31.54 
 
 		 461 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  31.69 
 
 		 466 aa  159  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  31.31 
 
 		 461 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  31.54 
 
 		 461 aa  158  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  27.55 
 
 		 429 aa  154  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  31.24 
 
 		 459 aa  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  31.24 
 
 		 459 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  31 
 
 		 461 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0424  ribulose bisphosphate carboxylase  31.84 
 
 		 459 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.657605  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  28.64 
 
 		 425 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3637  ribulose bisphosphate carboxylase  31.71 
 
 		 459 aa  147  3e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000924133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  30.23 
 
 		 428 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  27.99 
 
 		 424 aa  146  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1391  ribulose bisphosphate carboxylase  31.87 
 
 		 459 aa  143  9e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2638  ribulose bisphosphate carboxylase  31.31 
 
 		 459 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  28.97 
 
 		 423 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3767  ribulose bisphosphate carboxylase  31.72 
 
 		 460 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1978  ribulose bisphosphate carboxylase  28.85 
 
 		 459 aa  136  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1095  ribulose bisphosphate carboxylase  30.21 
 
 		 459 aa  136  9.999999999999999e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0462  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.02 
 
 		 432 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.105525 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1814  ribulose bisphosphate carboxylase  30.52 
 
 		 459 aa  134  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.495086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2155  ribulose bisphosphate carboxylase  30.52 
 
 		 459 aa  134  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0198342  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>