166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlab_0558 on replicon NC_008942
Organism: Methanocorpusculum labreanum Z



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  100 
 
 
403 aa  820    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  67.82 
 
 
399 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  68.07 
 
 
399 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  53.6 
 
 
390 aa  404  1e-111  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  42.86 
 
 
420 aa  329  5.0000000000000004e-89  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  44.15 
 
 
421 aa  315  9e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  41.57 
 
 
428 aa  313  4.999999999999999e-84  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  41.63 
 
 
418 aa  291  1e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  41.23 
 
 
423 aa  276  4e-73  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  39.67 
 
 
443 aa  270  4e-71  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  39.9 
 
 
430 aa  265  8e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  37.74 
 
 
430 aa  260  3e-68  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  36.11 
 
 
482 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  37.21 
 
 
473 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  36.34 
 
 
472 aa  221  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  36.95 
 
 
473 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  35.35 
 
 
485 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  35.12 
 
 
486 aa  220  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  36.19 
 
 
473 aa  219  5e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0013  Ribulose-bisphosphate carboxylase  39.13 
 
 
428 aa  219  5e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  36.66 
 
 
473 aa  219  7e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  36.43 
 
 
472 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  35.88 
 
 
479 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  34.88 
 
 
485 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  35.81 
 
 
473 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  34.64 
 
 
493 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  36.51 
 
 
473 aa  217  4e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  35.56 
 
 
424 aa  216  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  34.88 
 
 
485 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  36.81 
 
 
471 aa  214  1.9999999999999998e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  33.87 
 
 
521 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  35.03 
 
 
473 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3051  ribulose bisophosphate carboxylase  36.51 
 
 
473 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2660  ribulose bisophosphate carboxylase  36.51 
 
 
473 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  33.49 
 
 
484 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  34.65 
 
 
488 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  34.88 
 
 
523 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  35.65 
 
 
476 aa  213  5.999999999999999e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  33.95 
 
 
489 aa  212  1e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08081  ribulose bisophosphate carboxylase  37.27 
 
 
470 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1367  ribulose bisophosphate carboxylase  34.95 
 
 
472 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  33.49 
 
 
488 aa  211  2e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1501  ribulose bisophosphate carboxylase  37.44 
 
 
473 aa  211  2e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0011462  normal  0.0288871 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05521  ribulose bisophosphate carboxylase  37.27 
 
 
470 aa  211  2e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  35.58 
 
 
473 aa  210  3e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0550  ribulose bisophosphate carboxylase  37.04 
 
 
471 aa  210  3e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06061  ribulose bisophosphate carboxylase  37.04 
 
 
471 aa  210  3e-53  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.142488  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06141  ribulose bisophosphate carboxylase  37.04 
 
 
471 aa  210  3e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05761  ribulose bisophosphate carboxylase  37.04 
 
 
471 aa  210  4e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0310846  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  35.17 
 
 
488 aa  210  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  35.58 
 
 
473 aa  210  5e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2153  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.95 
 
 
476 aa  209  8e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1879  ribulose bisophosphate carboxylase  36.81 
 
 
470 aa  208  1e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  34.86 
 
 
487 aa  209  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06041  ribulose bisophosphate carboxylase  36.81 
 
 
470 aa  208  1e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  33.94 
 
 
486 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1628  ribulose bisophosphate carboxylase  34.49 
 
 
472 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  36.34 
 
 
470 aa  207  2e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1602  ribulose bisophosphate carboxylase  34.49 
 
 
472 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  33.26 
 
 
488 aa  208  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  34.19 
 
 
492 aa  207  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  34.75 
 
 
486 aa  207  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0427  ribulose bisophosphate carboxylase  35.8 
 
 
472 aa  206  6e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  33.72 
 
 
499 aa  206  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  34.4 
 
 
486 aa  206  8e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  34.4 
 
 
486 aa  206  8e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  35.42 
 
 
476 aa  205  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0958  Ribulose-bisphosphate carboxylase  35.01 
 
 
387 aa  204  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  36.81 
 
 
425 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3422  ribulose bisophosphate carboxylase  35.43 
 
 
476 aa  203  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.804986  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  32.95 
 
 
488 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2836  ribulose bisophosphate carboxylase  35.57 
 
 
473 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2138  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.06 
 
 
420 aa  199  6e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.763721  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  33.64 
 
 
488 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  32.86 
 
 
429 aa  199  9e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1745  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  32.85 
 
 
413 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0093  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  36.21 
 
 
413 aa  199  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  35.03 
 
 
473 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  35.53 
 
 
480 aa  197  3e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0838  ribulose bisophosphate carboxylase  36.39 
 
 
471 aa  197  3e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  33.94 
 
 
489 aa  197  3e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  32.7 
 
 
474 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0850  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  34.21 
 
 
413 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000268657  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  34.79 
 
 
501 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1389  ribulose bisophosphate carboxylase  34.57 
 
 
473 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1691  ribulose bisophosphate carboxylase  34.57 
 
 
473 aa  194  2e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2747  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.73 
 
 
416 aa  190  4e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.32552  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.73 
 
 
425 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.45 
 
 
423 aa  188  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  31.44 
 
 
428 aa  186  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2096  Ribulose-bisphosphate carboxylase  35.39 
 
 
361 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.556355 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2072  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  35.39 
 
 
361 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0441  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  34.35 
 
 
432 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  34.24 
 
 
432 aa  183  6e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2735  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  32.21 
 
 
414 aa  181  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000131902  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2924  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.49 
 
 
414 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3793  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  32.06 
 
 
414 aa  176  9e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00837999  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2420  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  34.69 
 
 
414 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3865  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.18 
 
 
414 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.581822  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1093  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.74 
 
 
414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>