166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A0902 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  100 
 
 		 428 aa  889    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  50.71 
 
 		 420 aa  457  1e-127  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  50.24 
 
 		 421 aa  419  1e-116  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  46.91 
 
 		 430 aa  391  1e-107  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  45.15 
 
 		 430 aa  367  1e-100  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  43.72 
 
 		 418 aa  358  9.999999999999999e-98  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  44.91 
 
 		 443 aa  342  5.999999999999999e-93  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  43.09 
 
 		 423 aa  336  3.9999999999999995e-91  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.73 
 
 		 399 aa  321  9.999999999999999e-87  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  40.95 
 
 		 399 aa  315  9e-85  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  41.46 
 
 		 390 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  41.57 
 
 		 403 aa  313  4.999999999999999e-84  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  38.95 
 
 		 472 aa  307  3e-82  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  38.27 
 
 		 482 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  38.91 
 
 		 487 aa  297  2e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  39.01 
 
 		 488 aa  291  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  39.01 
 
 		 488 aa  291  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  38.46 
 
 		 486 aa  291  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  39.85 
 
 		 473 aa  290  4e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  38.01 
 
 		 521 aa  290  4e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  37.36 
 
 		 485 aa  289  6e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  39.86 
 
 		 479 aa  289  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  38.46 
 
 		 488 aa  288  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  38.01 
 
 		 486 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  38.52 
 
 		 489 aa  287  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  38.52 
 
 		 488 aa  286  5e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  37.36 
 
 		 485 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  40.09 
 
 		 473 aa  285  7e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  38.95 
 
 		 476 aa  285  8e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  38.01 
 
 		 486 aa  285  8e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  38.01 
 
 		 486 aa  285  8e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  37.79 
 
 		 473 aa  285  9e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  37.36 
 
 		 485 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  39.86 
 
 		 473 aa  284  2.0000000000000002e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2660  ribulose bisophosphate carboxylase  39.41 
 
 		 473 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3051  ribulose bisophosphate carboxylase  39.41 
 
 		 473 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  38.24 
 
 		 473 aa  283  3.0000000000000004e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  39.18 
 
 		 473 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  38.27 
 
 		 523 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  38.27 
 
 		 476 aa  282  8.000000000000001e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  38.01 
 
 		 473 aa  281  2e-74  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  37.78 
 
 		 486 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  37.33 
 
 		 488 aa  280  5e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  38.01 
 
 		 473 aa  280  5e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1602  ribulose bisophosphate carboxylase  39.18 
 
 		 472 aa  279  6e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  38.88 
 
 		 471 aa  279  6e-74  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  38.72 
 
 		 472 aa  279  6e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1628  ribulose bisophosphate carboxylase  39.18 
 
 		 472 aa  279  6e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  36.45 
 
 		 484 aa  279  7e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1367  ribulose bisophosphate carboxylase  38.5 
 
 		 472 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  39.12 
 
 		 499 aa  276  6e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2153  ribulose-bisphosphate carboxylase  37.59 
 
 		 476 aa  274  2.0000000000000002e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0922  ribulose bisophosphate carboxylase  38.48 
 
 		 473 aa  274  2.0000000000000002e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  38.65 
 
 		 470 aa  274  3e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0838  ribulose bisophosphate carboxylase  39.82 
 
 		 471 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  37.59 
 
 		 480 aa  273  4.0000000000000004e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3422  ribulose bisophosphate carboxylase  36.67 
 
 		 476 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.804986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1501  ribulose bisophosphate carboxylase  38.69 
 
 		 473 aa  273  5.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0011462  normal  0.0288871 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4063  ribulose bisophosphate carboxylase  37.25 
 
 		 473 aa  272  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.134131 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1879  ribulose bisophosphate carboxylase  38.65 
 
 		 470 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06041  ribulose bisophosphate carboxylase  38.65 
 
 		 470 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.337887 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  39.33 
 
 		 488 aa  268  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08081  ribulose bisophosphate carboxylase  38.2 
 
 		 470 aa  268  2e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  37.3 
 
 		 492 aa  267  2.9999999999999995e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05521  ribulose bisophosphate carboxylase  38.2 
 
 		 470 aa  266  5.999999999999999e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0550  ribulose bisophosphate carboxylase  38.43 
 
 		 471 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06061  ribulose bisophosphate carboxylase  38.43 
 
 		 471 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.142488  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06141  ribulose bisophosphate carboxylase  38.43 
 
 		 471 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.322936  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05761  ribulose bisophosphate carboxylase  38.43 
 
 		 471 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0310846  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  37.56 
 
 		 501 aa  264  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  37.53 
 
 		 493 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  36.85 
 
 		 474 aa  261  1e-68  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  37.08 
 
 		 489 aa  258  1e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1389  ribulose bisophosphate carboxylase  36.88 
 
 		 473 aa  257  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2836  ribulose bisophosphate carboxylase  37.08 
 
 		 473 aa  258  2e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1691  ribulose bisophosphate carboxylase  36.88 
 
 		 473 aa  257  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0427  ribulose bisophosphate carboxylase  37.56 
 
 		 472 aa  253  3e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.51 
 
 		 425 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.83 
 
 		 424 aa  198  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1801  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.33 
 
 		 428 aa  197  4.0000000000000005e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0462  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.77 
 
 		 432 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.105525 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2007  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.44 
 
 		 428 aa  191  2e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.167441 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0263  RiBisCO-like protein  31.1 
 
 		 432 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.724133  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.34 
 
 		 433 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  32.25 
 
 		 428 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.1 
 
 		 433 aa  187  4e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0424  ribulose bisphosphate carboxylase  31.32 
 
 		 459 aa  186  8e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.657605  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2638  ribulose bisphosphate carboxylase  30.56 
 
 		 459 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1095  ribulose bisphosphate carboxylase  31.02 
 
 		 459 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  30.65 
 
 		 432 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0300  rubisco-like protein Rlp2  32.13 
 
 		 431 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.920574  normal  0.0975511 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1391  ribulose bisphosphate carboxylase  31.16 
 
 		 459 aa  184  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0252  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.89 
 
 		 433 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243634  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2001  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  30.75 
 
 		 438 aa  183  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000765161  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  31.07 
 
 		 461 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3067  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.63 
 
 		 418 aa  182  8.000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.82 
 
 		 425 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  30.84 
 
 		 459 aa  182  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  30.84 
 
 		 459 aa  182  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.97 
 
 		 423 aa  182  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>