166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2924 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2420  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  80.92 
 
 
414 aa  641    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2924  ribulose-bisphosphate carboxylase  100 
 
 
414 aa  842    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0093  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  72.4 
 
 
413 aa  592  1e-168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  64.23 
 
 
428 aa  521  1e-147  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  62.53 
 
 
423 aa  500  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1067  ribulose-bisphosphate carboxylase  61.59 
 
 
421 aa  461  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782005  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  57.46 
 
 
429 aa  459  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3063  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  61.54 
 
 
392 aa  444  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.17372 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2747  Ribulose-bisphosphate carboxylase  52.35 
 
 
416 aa  428  1e-119  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.32552  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  53.27 
 
 
425 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  53.79 
 
 
424 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  53.27 
 
 
425 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2138  Ribulose-bisphosphate carboxylase  50.74 
 
 
420 aa  395  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.763721  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1945  Ribulose-bisphosphate carboxylase  49.52 
 
 
423 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0441  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  47.57 
 
 
432 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  47 
 
 
432 aa  363  4e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0032  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  46.47 
 
 
428 aa  348  7e-95  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.729398  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3724  ribulose-bisphosphate carboxylase  44.25 
 
 
418 aa  333  4e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.630821  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1739  Ribulose-bisphosphate carboxylase  44.53 
 
 
421 aa  327  3e-88  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000802921 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3067  ribulose-bisphosphate carboxylase  43.87 
 
 
418 aa  323  3e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4649  Ribulose-bisphosphate carboxylase  43.7 
 
 
418 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.175751  normal  0.655836 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4762  Ribulose-bisphosphate carboxylase  43.21 
 
 
418 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521713  normal  0.838014 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1448  Ribulose-bisphosphate carboxylase  46.19 
 
 
420 aa  318  1e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2026  Ribulose-bisphosphate carboxylase  46.19 
 
 
420 aa  318  1e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.197307  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3120  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.89 
 
 
408 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000815521 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  33.49 
 
 
403 aa  194  2e-48  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  32.31 
 
 
421 aa  193  4e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.37 
 
 
399 aa  193  4e-48  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.57 
 
 
399 aa  187  4e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0462  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.34 
 
 
432 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.105525 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.65 
 
 
390 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  30.56 
 
 
420 aa  181  2e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  28.4 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2001  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  28.54 
 
 
438 aa  176  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000765161  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0300  rubisco-like protein Rlp2  30.39 
 
 
431 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.920574  normal  0.0975511 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0252  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.13 
 
 
433 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243634  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1801  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.56 
 
 
428 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0263  RiBisCO-like protein  29.13 
 
 
432 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.724133  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2007  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.23 
 
 
428 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.167441 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.91 
 
 
433 aa  168  2e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  29.95 
 
 
428 aa  167  4e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0412  ribulose-bisphosphate carboxylase  28.19 
 
 
442 aa  162  8.000000000000001e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.09 
 
 
433 aa  161  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  38.8 
 
 
443 aa  161  2e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  32.51 
 
 
418 aa  156  7e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0013  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.27 
 
 
428 aa  146  6e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  30.15 
 
 
430 aa  145  1e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1745  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  30.05 
 
 
413 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  28.39 
 
 
485 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  25.65 
 
 
474 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  27.02 
 
 
488 aa  140  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  29.22 
 
 
523 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  31.84 
 
 
423 aa  139  8.999999999999999e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  29.47 
 
 
485 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  27.71 
 
 
484 aa  138  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  29.62 
 
 
486 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  29.62 
 
 
486 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  28.57 
 
 
430 aa  138  2e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  29.4 
 
 
485 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  27.48 
 
 
493 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  28.98 
 
 
486 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  27.02 
 
 
486 aa  137  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  27.78 
 
 
521 aa  137  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  28.86 
 
 
486 aa  137  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0850  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.08 
 
 
413 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000268657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  28 
 
 
489 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  26.79 
 
 
488 aa  133  6.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.07 
 
 
482 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  28.28 
 
 
487 aa  129  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  27.39 
 
 
488 aa  129  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  26.96 
 
 
492 aa  127  5e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  28.03 
 
 
488 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  28.68 
 
 
488 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  26.57 
 
 
489 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.21 
 
 
480 aa  122  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1894  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  30.27 
 
 
377 aa  120  3e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.898697  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  29.1 
 
 
499 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  28.02 
 
 
479 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  29.62 
 
 
501 aa  119  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  27.76 
 
 
461 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3865  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.1 
 
 
414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.581822  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  26.72 
 
 
488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  27.27 
 
 
461 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2735  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  26.38 
 
 
414 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000131902  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  27.27 
 
 
461 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  27.65 
 
 
461 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  27.45 
 
 
461 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0096  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.03 
 
 
411 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0453072  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  27.55 
 
 
473 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  27.9 
 
 
459 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4103  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  26.46 
 
 
414 aa  111  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.325839  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  27.9 
 
 
459 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  27.52 
 
 
473 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4167  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  26.19 
 
 
414 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000888995  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  28.45 
 
 
472 aa  110  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1093  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  25.71 
 
 
414 aa  110  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  27.55 
 
 
473 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  27.25 
 
 
473 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3778  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  25.95 
 
 
414 aa  107  3e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.659425  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4145  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  25.71 
 
 
414 aa  107  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0141097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>