166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0032 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0032  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  100 
 
 
428 aa  870    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.729398  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1945  Ribulose-bisphosphate carboxylase  84.98 
 
 
423 aa  732    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0441  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  70.26 
 
 
432 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  69.63 
 
 
432 aa  600  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  51.9 
 
 
429 aa  422  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  53.66 
 
 
428 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  51.78 
 
 
424 aa  424  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2747  Ribulose-bisphosphate carboxylase  46.35 
 
 
416 aa  404  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.32552  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  50.59 
 
 
425 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  47.17 
 
 
425 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2138  Ribulose-bisphosphate carboxylase  48.36 
 
 
420 aa  393  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.763721  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  50.83 
 
 
423 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1067  ribulose-bisphosphate carboxylase  53.92 
 
 
421 aa  375  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782005  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3063  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  52.49 
 
 
392 aa  365  1e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.17372 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0093  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  48.71 
 
 
413 aa  355  6.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2924  ribulose-bisphosphate carboxylase  46.23 
 
 
414 aa  343  5e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3067  ribulose-bisphosphate carboxylase  42.65 
 
 
418 aa  338  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4762  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.67 
 
 
418 aa  332  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521713  normal  0.838014 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4649  Ribulose-bisphosphate carboxylase  42.38 
 
 
418 aa  330  3e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.175751  normal  0.655836 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2420  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  47.76 
 
 
414 aa  330  4e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3724  ribulose-bisphosphate carboxylase  40.48 
 
 
418 aa  315  8e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.630821  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1739  Ribulose-bisphosphate carboxylase  40.9 
 
 
421 aa  287  2e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000802921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2026  Ribulose-bisphosphate carboxylase  43.49 
 
 
420 aa  276  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.197307  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1448  Ribulose-bisphosphate carboxylase  43.49 
 
 
420 aa  276  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3120  ribulose-bisphosphate carboxylase  33.88 
 
 
408 aa  261  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000815521 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0252  ribulose-bisphosphate carboxylase  32 
 
 
433 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243634  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2007  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.9 
 
 
428 aa  183  6e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.167441 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.23 
 
 
399 aa  180  4.999999999999999e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0300  rubisco-like protein Rlp2  31.93 
 
 
431 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.920574  normal  0.0975511 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0462  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.53 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.105525 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0263  RiBisCO-like protein  31.29 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.724133  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.04 
 
 
390 aa  171  2e-41  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0412  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.13 
 
 
442 aa  170  4e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.03 
 
 
433 aa  170  4e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  31.17 
 
 
428 aa  170  5e-41  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  30.73 
 
 
432 aa  169  6e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1801  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.38 
 
 
428 aa  169  8e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  27.95 
 
 
420 aa  166  6.9999999999999995e-40  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2001  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  30.45 
 
 
438 aa  164  3e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000765161  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.4 
 
 
433 aa  162  9e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  30.28 
 
 
403 aa  161  2e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  33.61 
 
 
443 aa  160  4e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  30.4 
 
 
421 aa  158  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  31 
 
 
399 aa  155  1e-36  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  30.75 
 
 
418 aa  144  2e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  29.67 
 
 
430 aa  141  3e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0013  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.07 
 
 
428 aa  139  7e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  30.11 
 
 
430 aa  132  9e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1745  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.98 
 
 
413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  31.13 
 
 
493 aa  124  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  30.5 
 
 
486 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  30.5 
 
 
486 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  29.07 
 
 
485 aa  123  8e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0958  Ribulose-bisphosphate carboxylase  26.83 
 
 
387 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  28.78 
 
 
486 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  28.04 
 
 
484 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0850  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  28.54 
 
 
413 aa  121  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000268657  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  29.4 
 
 
466 aa  121  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.21 
 
 
482 aa  121  3e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  29.28 
 
 
485 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  30.19 
 
 
486 aa  121  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  29.28 
 
 
485 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  29.31 
 
 
423 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  28.49 
 
 
488 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  29.65 
 
 
489 aa  119  7e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  29.39 
 
 
488 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  28.24 
 
 
486 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  24.87 
 
 
474 aa  117  3e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  28.78 
 
 
488 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  28.49 
 
 
487 aa  116  6.9999999999999995e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  28.02 
 
 
492 aa  116  7.999999999999999e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  28.71 
 
 
523 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  28.78 
 
 
488 aa  116  8.999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  29.9 
 
 
501 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  29.28 
 
 
479 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  28.91 
 
 
488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  28.06 
 
 
489 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  29.02 
 
 
521 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  27.87 
 
 
473 aa  111  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0858  Ribulose-bisphosphate carboxylase  25.54 
 
 
473 aa  110  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  28.78 
 
 
473 aa  109  8.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  28.34 
 
 
488 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.12 
 
 
480 aa  108  1e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2072  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  28.62 
 
 
361 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1549  ribulose bisophosphate carboxylase  26.67 
 
 
472 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2096  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.3 
 
 
361 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.556355 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  27.66 
 
 
473 aa  107  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  25.7 
 
 
473 aa  107  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2660  ribulose bisophosphate carboxylase  28.49 
 
 
473 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3051  ribulose bisophosphate carboxylase  28.49 
 
 
473 aa  105  2e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  27.49 
 
 
461 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  26.03 
 
 
473 aa  104  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  27.49 
 
 
461 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  27.79 
 
 
499 aa  104  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1501  ribulose bisophosphate carboxylase  28.65 
 
 
473 aa  103  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0011462  normal  0.0288871 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  25.42 
 
 
473 aa  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0424  ribulose bisphosphate carboxylase  25.91 
 
 
459 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.657605  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  26.18 
 
 
472 aa  102  1e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  26.73 
 
 
461 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2836  ribulose bisophosphate carboxylase  25.39 
 
 
473 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>