165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3724 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012848  Rleg_4762  Ribulose-bisphosphate carboxylase  79.67 
 
 
418 aa  683    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521713  normal  0.838014 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4649  Ribulose-bisphosphate carboxylase  78.47 
 
 
418 aa  669    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.175751  normal  0.655836 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3724  ribulose-bisphosphate carboxylase  100 
 
 
418 aa  852    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.630821  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3067  ribulose-bisphosphate carboxylase  77.78 
 
 
418 aa  657    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2747  Ribulose-bisphosphate carboxylase  47.2 
 
 
416 aa  399  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.32552  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2138  Ribulose-bisphosphate carboxylase  48.42 
 
 
420 aa  389  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.763721  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  46 
 
 
424 aa  388  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  45.37 
 
 
429 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  44.04 
 
 
425 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3120  ribulose-bisphosphate carboxylase  43.9 
 
 
408 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000815521 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  47.82 
 
 
428 aa  361  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  45.95 
 
 
423 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  44.04 
 
 
425 aa  345  1e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0093  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  44.63 
 
 
413 aa  333  4e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1945  Ribulose-bisphosphate carboxylase  42.07 
 
 
423 aa  329  4e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0441  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  41.75 
 
 
432 aa  320  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  41.11 
 
 
432 aa  320  3e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2924  ribulose-bisphosphate carboxylase  44.25 
 
 
414 aa  313  4.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1067  ribulose-bisphosphate carboxylase  44.44 
 
 
421 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782005  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0032  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  40.2 
 
 
428 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.729398  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3063  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  44.87 
 
 
392 aa  296  6e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.17372 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2026  Ribulose-bisphosphate carboxylase  42.39 
 
 
420 aa  289  6e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.197307  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1448  Ribulose-bisphosphate carboxylase  42.39 
 
 
420 aa  289  6e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1739  Ribulose-bisphosphate carboxylase  40.05 
 
 
421 aa  288  1e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000802921 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2420  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  41.71 
 
 
414 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0252  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.85 
 
 
433 aa  186  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243634  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0263  RiBisCO-like protein  31.07 
 
 
432 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.724133  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0462  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.55 
 
 
432 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.105525 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.68 
 
 
399 aa  179  1e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  31.22 
 
 
420 aa  178  2e-43  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  28.43 
 
 
390 aa  176  5e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2007  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.37 
 
 
428 aa  173  5.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.167441 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1801  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.81 
 
 
428 aa  172  1e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0300  rubisco-like protein Rlp2  29.71 
 
 
431 aa  170  5e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.920574  normal  0.0975511 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  32.12 
 
 
421 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  28.19 
 
 
432 aa  160  4e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  30.73 
 
 
428 aa  160  5e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2001  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  28.47 
 
 
438 aa  159  7e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000765161  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0412  ribulose-bisphosphate carboxylase  28.92 
 
 
442 aa  158  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.86 
 
 
399 aa  158  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.38 
 
 
433 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.75 
 
 
433 aa  154  2e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  29.15 
 
 
403 aa  151  2e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  27.96 
 
 
418 aa  150  3e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0013  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.5 
 
 
428 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  29.93 
 
 
430 aa  144  4e-33  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  29.93 
 
 
443 aa  140  6e-32  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  28.01 
 
 
474 aa  139  1e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  29.16 
 
 
430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1745  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  28.31 
 
 
413 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  27.76 
 
 
423 aa  127  3e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  28.04 
 
 
492 aa  124  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  28.01 
 
 
482 aa  124  4e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  27.67 
 
 
486 aa  120  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  27.67 
 
 
486 aa  120  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  27.53 
 
 
489 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0850  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  25.77 
 
 
413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000268657  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  26 
 
 
466 aa  116  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  26.56 
 
 
485 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  27.3 
 
 
485 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0958  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.34 
 
 
387 aa  116  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3032  ribulose bisophosphate carboxylase  27.84 
 
 
488 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135333  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  27.01 
 
 
486 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  26.72 
 
 
489 aa  114  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1046  ribulose bisophosphate carboxylase  25.59 
 
 
473 aa  114  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00838845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  26.72 
 
 
485 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1918  ribulose bisophosphate carboxylase  26.55 
 
 
488 aa  114  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  27.49 
 
 
486 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0096  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  30.14 
 
 
411 aa  113  6e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0453072  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  27.04 
 
 
486 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0752  ribulose bisophosphate carboxylase  26.68 
 
 
471 aa  112  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.538188  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1054  ribulose bisphosphate carboxylase  25.76 
 
 
461 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.559684  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  26.44 
 
 
488 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  26.81 
 
 
523 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  26.69 
 
 
499 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  26.44 
 
 
488 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  27.51 
 
 
493 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  27.3 
 
 
488 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  25.32 
 
 
484 aa  110  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  26.51 
 
 
487 aa  111  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  26.42 
 
 
521 aa  111  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  25.89 
 
 
461 aa  110  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3203  ribulose bisophosphate carboxylase  27.01 
 
 
473 aa  110  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0752569  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  26.09 
 
 
480 aa  110  6e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0951  ribulose bisphosphate carboxylase  25.29 
 
 
461 aa  109  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1478  ribulose bisophosphate carboxylase  26.05 
 
 
488 aa  108  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.263508  normal  0.452968 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  25.2 
 
 
479 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2624  ribulose bisophosphate carboxylase  27.62 
 
 
473 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1614  ribulose bisophosphate carboxylase  27.06 
 
 
470 aa  108  2e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.036297  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5122  ribulose bisphosphate carboxylase  25.06 
 
 
461 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2895  ribulose bisphosphate carboxylase  25.29 
 
 
461 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.109037 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0119  ribulose bisophosphate carboxylase  25.26 
 
 
473 aa  107  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.254906  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3271  ribulose bisphosphate carboxylase  25.97 
 
 
459 aa  107  5e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.841857  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  26.01 
 
 
473 aa  107  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4004  ribulose bisphosphate carboxylase  25.97 
 
 
459 aa  107  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.988794  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2743  ribulose bisophosphate carboxylase  25.47 
 
 
473 aa  106  6e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_08081  ribulose bisophosphate carboxylase  26.42 
 
 
470 aa  106  8e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1987  ribulose bisophosphate carboxylase  26.15 
 
 
473 aa  106  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.581742  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05521  ribulose bisophosphate carboxylase  26.61 
 
 
470 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2096  Ribulose-bisphosphate carboxylase  26.75 
 
 
361 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.556355 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>