165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0252 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0300  rubisco-like protein Rlp2  87.27 
 
 
431 aa  768    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.920574  normal  0.0975511 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0252  ribulose-bisphosphate carboxylase  100 
 
 
433 aa  875    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.243634  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0462  ribulose-bisphosphate carboxylase  89.58 
 
 
432 aa  786    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.754604  normal  0.105525 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0263  RiBisCO-like protein  87.04 
 
 
432 aa  768    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.724133  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1970  Ribulose-bisphosphate carboxylase  67.44 
 
 
433 aa  613  9.999999999999999e-175  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163094  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2334  Ribulose-bisphosphate carboxylase  66.51 
 
 
433 aa  605  9.999999999999999e-173  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0903327  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2001  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  64.9 
 
 
438 aa  604  9.999999999999999e-173  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000765161  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2007  Ribulose-bisphosphate carboxylase  66.43 
 
 
428 aa  601  1.0000000000000001e-171  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.167441 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0412  ribulose-bisphosphate carboxylase  67.14 
 
 
442 aa  599  1e-170  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1801  Ribulose-bisphosphate carboxylase  66.28 
 
 
428 aa  594  1e-169  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.48391 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1640  ribulose-bisphosphate carboxylase large chain  65.96 
 
 
432 aa  592  1e-168  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3435  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  34.93 
 
 
428 aa  208  2e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133451  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1732  ribulose-bisphosphate carboxylase  35.82 
 
 
423 aa  207  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0441  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  33.25 
 
 
432 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3215  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  32.85 
 
 
429 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7230  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.18 
 
 
432 aa  199  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0258  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.17 
 
 
399 aa  197  3e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5257  ribulose-bisphosphate carboxylase  34.09 
 
 
425 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1846  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.22 
 
 
425 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0119107 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5642  ribulose-bisphosphate carboxylase  30.66 
 
 
424 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.741434  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3067  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.96 
 
 
418 aa  190  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4762  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.13 
 
 
418 aa  189  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521713  normal  0.838014 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0732  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  31.31 
 
 
418 aa  186  7e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3724  ribulose-bisphosphate carboxylase  32.85 
 
 
418 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.630821  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1739  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.41 
 
 
421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000802921 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0902  ribulose bisophosphate carboxylase  30.89 
 
 
428 aa  184  3e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2747  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.47 
 
 
416 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.32552  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3063  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  35.84 
 
 
392 aa  182  8.000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.17372 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4649  Ribulose-bisphosphate carboxylase  32.22 
 
 
418 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.175751  normal  0.655836 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1084  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  35.34 
 
 
420 aa  180  4.999999999999999e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.518346  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2138  Ribulose-bisphosphate carboxylase  29.3 
 
 
420 aa  179  7e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.763721  normal  0.341388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3120  ribulose-bisphosphate carboxylase  28.4 
 
 
408 aa  179  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000815521 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1945  Ribulose-bisphosphate carboxylase  31.04 
 
 
423 aa  178  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1616  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.66 
 
 
390 aa  178  2e-43  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.43252  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0093  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  30.99 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1448  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.33 
 
 
420 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2026  Ribulose-bisphosphate carboxylase  33.33 
 
 
420 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.197307  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0558  ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase large subunit  32.35 
 
 
403 aa  173  5e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.0297277 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0032  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  30.83 
 
 
428 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.729398  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1067  ribulose-bisphosphate carboxylase  35.34 
 
 
421 aa  171  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782005  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2315  ribulose-bisphosphate carboxylase  31.6 
 
 
399 aa  170  5e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2766  ribulose bisophosphate carboxylase  30.94 
 
 
423 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0553432  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2924  ribulose-bisphosphate carboxylase  29.13 
 
 
414 aa  160  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1863  ribulose bisphosphate carboxylase, type III  31.54 
 
 
421 aa  154  2e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0013  Ribulose-bisphosphate carboxylase  30.67 
 
 
428 aa  151  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1105  ribulose bisophosphate carboxylase  29.26 
 
 
430 aa  147  5e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.199893 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1227  ribulose bisophosphate carboxylase  34.01 
 
 
443 aa  145  1e-33  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1325  ribulose bisophosphate carboxylase  29.27 
 
 
430 aa  144  2e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2420  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  28.1 
 
 
414 aa  142  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2322  ribulose bisphosphate carboxylase  28.46 
 
 
474 aa  140  3e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0850  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  31.76 
 
 
413 aa  136  9e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000268657  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1745  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  30.09 
 
 
413 aa  130  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1195  ribulose bisophosphate carboxylase  27.85 
 
 
484 aa  127  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0459854 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0958  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.14 
 
 
387 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1747  ribulose bisophosphate carboxylase  28.21 
 
 
485 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6397  ribulose bisophosphate carboxylase  27.59 
 
 
486 aa  126  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.869882  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4049  ribulose bisophosphate carboxylase  28.39 
 
 
488 aa  125  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.542382  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2735  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  27.88 
 
 
414 aa  125  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000131902  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2929  ribulose bisophosphate carboxylase  27.27 
 
 
489 aa  124  4e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.880284  normal  0.859268 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0451  ribulose bisophosphate carboxylase  26.84 
 
 
488 aa  124  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0411359 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3751  ribulose bisophosphate carboxylase  28.14 
 
 
488 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1655  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.92 
 
 
482 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.471875  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1373  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  26.79 
 
 
551 aa  121  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3722  ribulose bisophosphate carboxylase  27.85 
 
 
485 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0880816  hitchhiker  0.00193394 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3793  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  30.29 
 
 
414 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00837999  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3964  ribulose bisophosphate carboxylase  26.58 
 
 
485 aa  120  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.909404  normal  0.170199 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2400  ribulose bisphosphate carboxylase  29.57 
 
 
466 aa  119  9e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.9177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1327  ribulose bisophosphate carboxylase  27.2 
 
 
523 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.180974  normal  0.453958 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3865  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.5 
 
 
414 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.581822  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4103  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.71 
 
 
414 aa  117  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.325839  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4145  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.71 
 
 
414 aa  117  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0141097  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4057  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  30 
 
 
414 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4167  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.71 
 
 
414 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000888995  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3946  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  30 
 
 
414 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3778  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  30 
 
 
414 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.659425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4255  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  30 
 
 
414 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1093  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.71 
 
 
414 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1699  ribulose bisophosphate carboxylase  27.85 
 
 
487 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.118082  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2712  ribulose bisophosphate carboxylase  26.9 
 
 
486 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0824  ribulose bisophosphate carboxylase  27.86 
 
 
493 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2072  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  25.78 
 
 
361 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1426  ribulose bisophosphate carboxylase  27.96 
 
 
472 aa  114  3e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4410  ribulose bisophosphate carboxylase  26.95 
 
 
476 aa  114  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2096  Ribulose-bisphosphate carboxylase  25.52 
 
 
361 aa  113  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.556355 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1282  ribulose bisophosphate carboxylase  26.9 
 
 
486 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2941  ribulose bisophosphate carboxylase  26.9 
 
 
486 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3255  Ribulose-bisphosphate carboxylase  27.51 
 
 
480 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.936346  normal  0.393847 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0096  2,3-diketo-5-methylthiopentyl-1-phosphate enolase  29.79 
 
 
411 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0453072  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0333  ribulose bisophosphate carboxylase  28.14 
 
 
492 aa  110  6e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000001817  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2782  ribulose bisophosphate carboxylase  25.92 
 
 
521 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0434  ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit 2  26.8 
 
 
390 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.746407  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4332  ribulose bisophosphate carboxylase  30.06 
 
 
473 aa  108  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0596  ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit  26.8 
 
 
390 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.582324  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2641  ribulose bisophosphate carboxylase  28.25 
 
 
479 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3924  ribulose bisophosphate carboxylase  26.9 
 
 
486 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3907  ribulose bisophosphate carboxylase  26.24 
 
 
476 aa  107  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2453  ribulose bisophosphate carboxylase  27.04 
 
 
499 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.182624 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6497  ribulose bisophosphate carboxylase  27.27 
 
 
501 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0522154 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0686  ribulose bisophosphate carboxylase  27.17 
 
 
489 aa  107  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.153221  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4020  ribulose bisphosphate carboxylase  26.43 
 
 
461 aa  107  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>