More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3850 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3824  cytochrome-c oxidase  55.76 
 
 		 825 aa  854    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.961299 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2314  cytochrome c oxidase, subunit I  58.21 
 
 		 839 aa  928    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.162476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1766  cytochrome c oxidase  43.51 
 
 		 853 aa  653    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00671331  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0117  cytochrome c oxidase, subunit I  44.56 
 
 		 857 aa  654    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3097  QoxA, quinol oxidase subunit I  56.01 
 
 		 825 aa  856    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.866737  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11180  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  58.76 
 
 		 835 aa  810    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00773028  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4762  cytochrome c oxidase subunit I type  43.25 
 
 		 840 aa  655    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.28484 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0155  cytochrome-c oxidase  82.7 
 
 		 841 aa  1374    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.479577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3669  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  55.95 
 
 		 825 aa  834    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0157977  normal  0.798163 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3850  cytochrome-c oxidase  100 
 
 		 840 aa  1652    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.550588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3891  cytochrome c oxidase subunit I type  55.21 
 
 		 853 aa  683    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.561544  normal  0.116226 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2267  cytochrome-c oxidase  58.96 
 
 		 843 aa  807    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0715373  hitchhiker  0.007718 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0564  cytochrome c oxidase subunit I type  58.33 
 
 		 840 aa  909    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1753  cytochrome-c oxidase  44.09 
 
 		 857 aa  650    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01476  putative cytochrome c oxidase subunit I  50.99 
 
 		 835 aa  801    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2791  cytochrome c oxidase, subunit I  46.79 
 
 		 845 aa  625  1e-177  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1704  cytochrome c, monohaem  55.06 
 
 		 878 aa  612  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6355  cytochrome c oxidase subunit I type  48.36 
 
 		 635 aa  600  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0696  cytochrome c oxidase, subunit I  49.84 
 
 		 662 aa  594  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1992  cytochrome c oxidase, subunit I  48.12 
 
 		 844 aa  594  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394035  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5827  cytochrome c oxidase, subunit I  48.72 
 
 		 635 aa  595  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5243  cytochrome c oxidase, subunit I  49.66 
 
 		 637 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.407043  normal  0.600413 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1448  cytochrome-c oxidase  48.46 
 
 		 631 aa  582  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0923755 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0095  cytochrome c oxidase, subunit I  46.99 
 
 		 638 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2990  cytochrome c oxidase, subunit I  47.54 
 
 		 638 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.155569  normal  0.0328949 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2348  cytochrome c oxidase, subunit I  47.83 
 
 		 638 aa  572  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0168  putative cytochrome c oxidase subunit I  46.65 
 
 		 877 aa  566  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.606404  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5490  cytochrome c oxidase, subunit I  46.53 
 
 		 669 aa  552  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0459  cytochrome-c oxidase  43.17 
 
 		 671 aa  550  1e-155  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2184  cytochrome-c oxidase  45.79 
 
 		 679 aa  547  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0453262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4793  cytochrome c oxidase, subunit I  40.75 
 
 		 874 aa  547  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.153175  normal  0.530231 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2027  cytochrome c oxidase, subunit I  44.73 
 
 		 678 aa  543  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000053383 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0080  putative cytochrome c oxidase subunit I  44.46 
 
 		 680 aa  545  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.150485  hitchhiker  0.00336295 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3380  cytochrome c oxidase, subunit I  44.34 
 
 		 650 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1293  cytochrome c oxidase, subunit I  44 
 
 		 879 aa  535  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.377928  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6145  cytochrome c oxidase, subunit I  45.13 
 
 		 1004 aa  534  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.564835  normal  0.440203 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6538  cytochrome c oxidase, subunit I  44 
 
 		 879 aa  535  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6287  cytochrome c oxidase, subunit I  44.34 
 
 		 879 aa  528  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.171761  normal  0.0477153 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6573  cytochrome c oxidase, subunit I  44.04 
 
 		 882 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0983225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0782  cytochrome c oxidase, subunit III:cytochrome c oxidase, subunit I  46.19 
 
 		 974 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0770  cytochrome c oxidase, subunit I/subunit III  46.19 
 
 		 962 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0306921  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0944  cytochrome C oxidase subunit I  46.19 
 
 		 950 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.358792  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5501  cytochrome c oxidase, subunit I  43.56 
 
 		 876 aa  522  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0931338 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2264  cytochrome-c oxidase  42.72 
 
 		 641 aa  508  9.999999999999999e-143  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3557  cytochrome c oxidase subunit I type  43.3 
 
 		 641 aa  506  9.999999999999999e-143  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0739643 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0105  cytochrome c oxidase subunit I type  47.62 
 
 		 615 aa  505  1e-141  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1909  cytochrome c oxidase, subunit I  45.66 
 
 		 566 aa  478  1e-133  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1823  cytochrome c oxidase, subunit I  45.98 
 
 		 563 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2071  cytochrome c oxidase, subunit I  41.85 
 
 		 661 aa  456  1e-127  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619356 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3686  cytochrome c oxidase, subunit I  39.45 
 
 		 620 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3703  cytochrome c oxidase, subunit I  39.45 
 
 		 620 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1194  cytochrome c oxidase, subunit I  43.37 
 
 		 620 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3958  cytochrome c oxidase, subunit I  39.45 
 
 		 620 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4045  cytochrome c oxidase, subunit I  43.37 
 
 		 620 aa  453  1.0000000000000001e-126  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.505439  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3990  cytochrome c oxidase, subunit I  43.18 
 
 		 611 aa  451  1e-125  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.819255  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3855  cytochrome c oxidase subunit I  39.29 
 
 		 620 aa  452  1e-125  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4061  cytochrome c oxidase, subunit I  43.18 
 
 		 620 aa  451  1e-125  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2645  cytochrome c oxidase subunit I type  43.79 
 
 		 620 aa  451  1e-125  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.260433  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4153  cytochrome c oxidase subunit I  39.29 
 
 		 611 aa  451  1e-125  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2622  cytochrome c oxidase, subunit I  44.19 
 
 		 594 aa  446  1.0000000000000001e-124  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2942  cytochrome c oxidase, subunit I  43.35 
 
 		 581 aa  445  1e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2015  cytochrome c oxidase, subunit I  43.08 
 
 		 574 aa  440  9.999999999999999e-123  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.466392  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1668  cytochrome c oxidase, subunit I  44.32 
 
 		 580 aa  439  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.136706  normal  0.0936951 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3541  cytochrome c oxidase, subunit I  43.86 
 
 		 743 aa  441  9.999999999999999e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0490  cytochrome-c oxidase  44.1 
 
 		 589 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.575526  normal  0.236102 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1901  cytochrome c oxidase, subunit I  44.47 
 
 		 559 aa  439  1e-121  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0984776  normal  0.277007 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1452  cytochrome c oxidase, subunit I  43.48 
 
 		 583 aa  437  1e-121  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0835225  normal  0.133355 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2081  cytochrome c oxidase, subunit I  44.51 
 
 		 607 aa  438  1e-121  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2671  Cytochrome-c oxidase  44.51 
 
 		 554 aa  434  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.352805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1517  cytochrome c oxidase subunit I  42.86 
 
 		 572 aa  434  1e-120  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0873125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12210  cytochrome c oxidase, subunit I  44.04 
 
 		 551 aa  433  1e-120  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0161218  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15640  cytochrome c oxidase, subunit I  44.23 
 
 		 595 aa  430  1e-119  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.315417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3769  cytochrome c oxidase subunit I type  43.18 
 
 		 620 aa  432  1e-119  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6353  Cytochrome-c oxidase  43.8 
 
 		 557 aa  429  1e-119  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0569681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0895  cytochrome c oxidase subunit I type  42.77 
 
 		 561 aa  431  1e-119  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.822333  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14130  cytochrome c oxidase, subunit I  42.69 
 
 		 570 aa  430  1e-119  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.341017  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4865  cytochrome-c oxidase  44.4 
 
 		 567 aa  431  1e-119  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0590  cytochrome aa3 quinol oxidase subunit I  40 
 
 		 644 aa  429  1e-118  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29310  cytochrome c oxidase, subunit I  44.12 
 
 		 594 aa  428  1e-118  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.426648 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3574  cytochrome c oxidase subunit I  43.17 
 
 		 564 aa  427  1e-118  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3281  cytochrome c oxidase, subunit I  41.13 
 
 		 593 aa  428  1e-118  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0529  cytochrome c oxidase, subunit I  40.73 
 
 		 575 aa  426  1e-118  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1856  cytochrome c oxidase, subunit I  40.59 
 
 		 623 aa  429  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3116  cytochrome-c oxidase  43.35 
 
 		 560 aa  428  1e-118  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.605031 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2198  cytochrome c oxidase, subunit I  43.86 
 
 		 589 aa  429  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552552  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0989  cytochrome c oxidase, subunit I  43.69 
 
 		 596 aa  428  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3140  cytochrome-c oxidase  43.44 
 
 		 582 aa  429  1e-118  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2216  cytochrome-c oxidase  43.86 
 
 		 575 aa  429  1e-118  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00587232  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1094  cytochrome-c oxidase  43.91 
 
 		 644 aa  424  1e-117  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.284884 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0881  cytochrome-c oxidase  43.16 
 
 		 560 aa  423  1e-117  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2493  cytochrome-c oxidase  44.57 
 
 		 605 aa  426  1e-117  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.526922  normal  0.741402 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3821  cytochrome-c oxidase  43.35 
 
 		 609 aa  426  1e-117  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00155592  normal  0.0385819 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1953  cytochrome c oxidase, subunit I  44.04 
 
 		 575 aa  426  1e-117  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000175318 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1931  cytochrome c oxidase, subunit I  43.8 
 
 		 560 aa  425  1e-117  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.768884  normal  0.452055 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3649  cytochrome c oxidase, subunit I  43.47 
 
 		 582 aa  425  1e-117  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000010381  normal  0.149508 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1802  cytochrome c oxidase subunit I type  42.77 
 
 		 568 aa  420  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.115752 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0983  cytochrome c oxidase subunit I type  43.6 
 
 		 585 aa  422  1e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.615245  decreased coverage  0.000770913 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1886  cytochrome c oxidase, subunit I  42.75 
 
 		 594 aa  422  1e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00704167 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2009  cytochrome-c oxidase  43.38 
 
 		 571 aa  421  1e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1960  cytochrome c oxidase, subunit I  43.13 
 
 		 561 aa  420  1e-116  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00322963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>