52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3452 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3452  LipA a lipoprotein  100 
 
 		 168 aa  332  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.123613 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1999  LipA a lipoprotein  91.79 
 
 		 173 aa  236  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.436971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2128  LipA a lipoprotein  79.1 
 
 		 154 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366844  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1832  LipA a lipoprotein  71.58 
 
 		 154 aa  150  5e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00124882  normal  0.497435 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1189  LipA a lipoprotein  50.72 
 
 		 142 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.788646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1435  LipA a lipoprotein  60.87 
 
 		 144 aa  125  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0789  17 kDa surface antigen  40.22 
 
 		 162 aa  77.4  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189654 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3178  LipA a lipoprotein  44.44 
 
 		 145 aa  72  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.065158 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0930  17 kDa surface antigen  41.49 
 
 		 165 aa  71.2  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1068  outer membrane lipoprotein-related protein  34.53 
 
 		 140 aa  70.9  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0632  putative outer-membranne lipoprotein  32.14 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0962709  normal  0.80655 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0919  outer membrane lipoprotein-related protein  33.8 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.439751  normal  0.101784 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0379  17 kDa surface antigen  33.55 
 
 		 156 aa  65.5  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.65511  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0606  outer membrane lipoprotein-related protein  30.26 
 
 		 161 aa  62.8  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.293548  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0605  outer membrane lipoprotein-related protein  30.26 
 
 		 161 aa  62.8  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2748  hypothetical protein  36.27 
 
 		 156 aa  61.6  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1361  lipoic acid synthetase  36.46 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3948  hypothetical protein  37.74 
 
 		 163 aa  60.8  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.933657  normal  0.916916 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4398  hypothetical protein  28.57 
 
 		 266 aa  60.1  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.758309 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2584  surface antigen protein  33.64 
 
 		 145 aa  59.7  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1390  hypothetical protein  34.58 
 
 		 136 aa  58.9  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0896  hypothetical protein  29.86 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2672  outer membrane lipoprotein-related protein  31.61 
 
 		 150 aa  55.1  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4294  hypothetical protein  38.82 
 
 		 196 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1069  hypothetical protein  39.13 
 
 		 166 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257533  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4663  hypothetical protein  38.82 
 
 		 180 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.185035 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4812  hypothetical protein  38.82 
 
 		 183 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0311  common antigen precursor-like protein  34.41 
 
 		 425 aa  53.1  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000389869  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1087  hypothetical protein  41.46 
 
 		 169 aa  52.4  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1122  17 kDa surface antigen  33.78 
 
 		 153 aa  50.8  0.000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.527278  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0626  17 kDa surface antigen  29 
 
 		 151 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.245463 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0579  17 kDa surface antigen  31.76 
 
 		 154 aa  50.4  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.313574  hitchhiker  0.00000000000560839 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0766  hypothetical protein  39.24 
 
 		 132 aa  50.4  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.209653  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1308  hypothetical protein  33.77 
 
 		 136 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1206  hypothetical protein  35.06 
 
 		 164 aa  50.4  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.651537 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1122  17 kDa surface antigen  33.33 
 
 		 430 aa  49.7  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0351  17 kDa surface antigen  33.93 
 
 		 155 aa  50.1  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1259  putative surface antigen precursor  33.71 
 
 		 163 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0198183 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1137  hypothetical protein  35.06 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.347857 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0623  hypothetical protein  36.71 
 
 		 128 aa  49.7  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.226854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1107  hypothetical protein  40.24 
 
 		 219 aa  48.5  0.00004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.659248  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2101  hypothetical protein  41.05 
 
 		 162 aa  47.8  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00853617 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2464  hypothetical protein  29.52 
 
 		 134 aa  47  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0533  hypothetical protein  35.71 
 
 		 190 aa  45.8  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302734  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0805  hypothetical protein  29.07 
 
 		 149 aa  44.7  0.0006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0776  hypothetical protein  29.07 
 
 		 149 aa  44.7  0.0006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1274  SH3 type 3 domain-containing protein  35.53 
 
 		 286 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1245  hypothetical protein  35.53 
 
 		 296 aa  44.3  0.0009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0601719  normal  0.653763 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4146  SH3 type 3 domain-containing protein  34.21 
 
 		 286 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643201 
 
 
-
 
NC_004310  BR0417  hypothetical protein  32.86 
 
 		 156 aa  42.4  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0425  hypothetical protein  32.86 
 
 		 156 aa  41.6  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1068  hypothetical protein  24.73 
 
 		 139 aa  40.8  0.009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.336246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>