18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1245 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1245  hypothetical protein  100 
 
 		 296 aa  603  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0601719  normal  0.653763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1274  SH3 type 3 domain-containing protein  99.65 
 
 		 286 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.321624 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4146  SH3 type 3 domain-containing protein  97.55 
 
 		 286 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.643201 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3912  SH3 type 3 domain-containing protein  93.71 
 
 		 285 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2345  17 kDa surface antigen  31.71 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0379  17 kDa surface antigen  33.88 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.65511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1062  SH3 type 3 domain-containing protein  30.63 
 
 		 193 aa  58.9  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2748  hypothetical protein  34.62 
 
 		 156 aa  54.7  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1843  17 kDa surface antigen  31.39 
 
 		 150 aa  52.4  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000317779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00820  hypothetical protein  38.1 
 
 		 263 aa  50.8  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0250  17 kDa surface antigen  21.89 
 
 		 263 aa  50.4  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315994  normal  0.537403 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001654  hypothetical protein  45.1 
 
 		 265 aa  48.1  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2016  SH3 type 3 domain-containing protein  37.29 
 
 		 773 aa  47.4  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000554023  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1353  NLP/P60 family protein, enterotoxin  36.84 
 
 		 549 aa  43.5  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.185421  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1562  NlpC/P60 family protein  35.09 
 
 		 553 aa  43.5  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000246871  n/a   
 
 
-
 
NC_008263  CPR_A0006  bacteriocin  39.29 
 
 		 1067 aa  43.1  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0640  peptidase M23B  38.89 
 
 		 386 aa  42.7  0.008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000535366  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2128  LipA a lipoprotein  33.75 
 
 		 154 aa  42.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.366844  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>