75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0400 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0400  import inner membrane translocase, subunit Tim44  100 
 
 		 235 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0421  import inner membrane translocase, subunit Tim44  90.99 
 
 		 235 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0305  import inner membrane translocase subunit Tim44  86.27 
 
 		 235 aa  420  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0299  import inner membrane translocase, subunit Tim44  78.11 
 
 		 233 aa  380  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0107  hypothetical protein  75.54 
 
 		 234 aa  363  1e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0307388 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0117  import inner membrane translocase, subunit Tim44  72.96 
 
 		 234 aa  353  2e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0729784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0156  hypothetical protein  69.66 
 
 		 233 aa  333  2e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.865676 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2048  import inner membrane translocase subunit Tim44  58.97 
 
 		 250 aa  264  8e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.476328  normal  0.72544 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1374  import inner membrane translocase subunit Tim44  52.79 
 
 		 238 aa  239  4e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.314839  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0998  import inner membrane translocase subunit Tim44  53.19 
 
 		 241 aa  231  6e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3713  import inner membrane translocase subunit Tim44  49.57 
 
 		 237 aa  221  8e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.500571 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3485  import inner membrane translocase, subunit Tim44  48.95 
 
 		 235 aa  219  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1839  import inner membrane translocase subunit Tim44  50 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.661091  normal  0.32542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1560  import inner membrane translocase subunit Tim44  50 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.69866 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3216  import inner membrane translocase subunit Tim44  48.75 
 
 		 234 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1681  import inner membrane translocase subunit Tim44  48.73 
 
 		 242 aa  214  9e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2074  hypothetical protein  50.66 
 
 		 235 aa  204  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1994  hypothetical protein  50.22 
 
 		 231 aa  202  3e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.289958  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1142  import inner membrane translocase subunit Tim44  43.98 
 
 		 239 aa  202  3e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00140401 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0009  Membrane associated transporter protein  47.66 
 
 		 232 aa  202  4e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0846  import inner membrane translocase subunit Tim44  48.9 
 
 		 231 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.748239  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3942  import inner membrane translocase subunit Tim44  45.8 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.851876  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4268  import inner membrane translocase subunit Tim44  46.22 
 
 		 234 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.331754 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1248  import inner membrane translocase subunit Tim44  46.32 
 
 		 247 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.99982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3111  import inner membrane translocase subunit Tim44  41.3 
 
 		 260 aa  177  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.915706  normal  0.806338 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1294  Tim44 domain-containing protein  41.1 
 
 		 230 aa  174  8e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.483295  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3608  hypothetical protein  39.74 
 
 		 219 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.765658  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1239  hypothetical protein  35.83 
 
 		 219 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2676  import inner membrane translocase, subunit Tim44  34.17 
 
 		 219 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.458481  normal  0.659475 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2900  import inner membrane translocase, subunit Tim44  35.42 
 
 		 219 aa  142  4e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.203769  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2786  import inner membrane translocase, subunit Tim44  38.96 
 
 		 218 aa  140  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0584  import inner membrane translocase, subunit Tim44  37.93 
 
 		 247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0642637  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2016  import inner membrane translocase, subunit Tim44  36.09 
 
 		 221 aa  136  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392424 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2855  import inner membrane translocase, subunit Tim44  33.33 
 
 		 218 aa  135  7.000000000000001e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.37899  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3445  import inner membrane translocase  36.05 
 
 		 221 aa  132  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3830  import inner membrane translocase, subunit Tim44  36.64 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.492338  normal  0.0940527 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0138  import inner membrane translocase, subunit Tim44  33.62 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5038  import inner membrane translocase subunit Tim44  35.27 
 
 		 199 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.356912 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0191  import inner membrane translocase, subunit Tim44  33.93 
 
 		 235 aa  115  5e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0778  membrane translocase, subunit Tim44  28.51 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.132332  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0288  import inner membrane translocase subunit Tim44  32.48 
 
 		 226 aa  95.1  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0107  hypothetical protein  28.02 
 
 		 216 aa  93.2  3e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.262774  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2980  import inner membrane translocase, subunit Tim44  31.58 
 
 		 206 aa  93.2  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0232  tim44-like domain-containing protein  27.03 
 
 		 212 aa  92  8e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.217806  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0360  Tim44-like domain-containing protein  29.41 
 
 		 208 aa  82  0.000000000000006  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0482  import inner membrane translocase, subunit Tim44  27.66 
 
 		 331 aa  73.9  0.000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3119  hypothetical protein  28 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.448764 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1927  import inner membrane translocase, subunit Tim44  28.24 
 
 		 322 aa  55.8  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000885618  normal  0.873638 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1091  putative lipoprotein  24.69 
 
 		 321 aa  55.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000494647  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_94921  MPT family transporter: inner membrane translocase (import) Tim44  23.45 
 
 		 286 aa  53.5  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.417325  normal  0.107445 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3607  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.86 
 
 		 291 aa  52.4  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1284  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.33 
 
 		 318 aa  50.4  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.45671e-16 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4024  import inner membrane translocase subunit Tim44  25.54 
 
 		 287 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.149443  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4340  hypothetical protein  26.29 
 
 		 291 aa  50.8  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4001  import inner membrane translocase subunit Tim44  23.38 
 
 		 287 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3590  hypothetical protein  33.33 
 
 		 270 aa  49.7  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4117  import inner membrane translocase subunit Tim44  25 
 
 		 287 aa  49.3  0.00005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1256  hypothetical protein  30.37 
 
 		 204 aa  48.9  0.00006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3566  import inner membrane translocase, subunit Tim44  27.71 
 
 		 317 aa  48.1  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000205074  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3925  import inner membrane translocase subunit Tim44  24.68 
 
 		 287 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0544  import inner membrane translocase subunit Tim44  25.41 
 
 		 295 aa  46.2  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004023  hypothetical protein  21.7 
 
 		 290 aa  45.4  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000578853  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2938  import inner membrane translocase subunit Tim44  25.85 
 
 		 318 aa  45.4  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000555932  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0785  import inner membrane translocase, subunit Tim44  26.39 
 
 		 314 aa  44.7  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0683467  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1788  import inner membrane translocase, subunit Tim44  23.28 
 
 		 341 aa  44.7  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000825798  normal  0.448103 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1004  putative transport protein  25.38 
 
 		 316 aa  44.3  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0311  import inner membrane translocase subunit Tim44  26.79 
 
 		 320 aa  44.3  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.470069  normal  0.0470868 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1010  import inner membrane translocase subunit Tim44  25.16 
 
 		 322 aa  43.9  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3250  import inner membrane translocase subunit Tim44  25 
 
 		 321 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_33251  predicted protein  23.57 
 
 		 221 aa  43.1  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1601  import inner membrane translocase subunit Tim44  23.84 
 
 		 303 aa  42.7  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1858  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.06 
 
 		 333 aa  43.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767036  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3295  import inner membrane translocase, subunit Tim44  24.83 
 
 		 318 aa  42.7  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00081668  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0901  import inner membrane translocase, subunit Tim44  27.11 
 
 		 314 aa  42.7  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000201824  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1550  hypothetical protein  25 
 
 		 291 aa  42  0.008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0535221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>