136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1927 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1927  import inner membrane translocase, subunit Tim44  100 
 
 		 322 aa  650    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000885618  normal  0.873638 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1091  putative lipoprotein  65.63 
 
 		 321 aa  375  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000494647  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0901  import inner membrane translocase, subunit Tim44  54.3 
 
 		 314 aa  263  4e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000201824  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3566  import inner membrane translocase, subunit Tim44  49.69 
 
 		 317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000205074  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1284  import inner membrane translocase subunit Tim44  48.19 
 
 		 318 aa  246  4e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.45671e-16 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3295  import inner membrane translocase, subunit Tim44  52.12 
 
 		 318 aa  236  4e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00081668  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2938  import inner membrane translocase subunit Tim44  49.7 
 
 		 318 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000555932  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0785  import inner membrane translocase, subunit Tim44  52.94 
 
 		 314 aa  217  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0683467  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3250  import inner membrane translocase subunit Tim44  51.64 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1010  import inner membrane translocase subunit Tim44  50 
 
 		 322 aa  202  5e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1788  import inner membrane translocase, subunit Tim44  42.58 
 
 		 341 aa  179  8e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000825798  normal  0.448103 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0482  import inner membrane translocase, subunit Tim44  32.63 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2567  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.85 
 
 		 312 aa  105  7e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0544  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.92 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6540  import inner membrane translocase subunit Tim44  31.12 
 
 		 332 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.398166  normal  0.199544 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2165  hypothetical protein  30.38 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.810394 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0311  import inner membrane translocase subunit Tim44  38.84 
 
 		 320 aa  99.8  6e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.470069  normal  0.0470868 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6128  import inner membrane translocase subunit Tim44  32.34 
 
 		 331 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.418522  normal  0.280335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2207  import inner membrane translocase subunit Tim44  35.33 
 
 		 329 aa  87.4  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5490  hypothetical protein  37.6 
 
 		 325 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1701  import inner membrane translocase, subunit Tim44  36.8 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4404  import inner membrane translocase subunit Tim44  35.2 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583271  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3768  import inner membrane translocase, subunit Tim44  36.8 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1269  hypothetical protein  30.97 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.753871  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1921  import inner membrane translocase subunit Tim44  31.98 
 
 		 348 aa  81.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.464054  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5066  import inner membrane translocase, subunit Tim44  28.45 
 
 		 281 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1526  import inner membrane translocase, subunit Tim44  32.78 
 
 		 332 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.496585  normal  0.854494 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5517  hypothetical protein  27.62 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0214  import inner membrane translocase, subunit Tim44  27.67 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.525387  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5646  import inner membrane translocase, subunit Tim44  28.15 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0169336 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0334  import inner membrane translocase subunit Tim44  35.59 
 
 		 321 aa  77.8  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.137155 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72930  hypothetical protein  28.3 
 
 		 285 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5842  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.14 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0138  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.36 
 
 		 221 aa  74.3  0.000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2529  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.97 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5103  import inner membrane translocase subunit Tim44  37.93 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2254  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.97 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  0.0696359 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0538  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.48 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3268  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.72 
 
 		 325 aa  71.6  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2211  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.85 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.895169  normal  0.192893 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1858  import inner membrane translocase subunit Tim44  31.58 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767036  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0551  import inner membrane translocase subunit Tim44  33.91 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031829 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6329  hypothetical protein  28.88 
 
 		 281 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00430  Tim44-like domain protein  26.17 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.924994  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2686  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.77 
 
 		 462 aa  65.5  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.0000948216  normal  0.213043 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3590  hypothetical protein  26.7 
 
 		 270 aa  64.7  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2016  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.03 
 
 		 221 aa  62.4  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00392424 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0554  Tim44-like domain-contain protein  27.73 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0375  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.01 
 
 		 331 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.473985 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0187  hypothetical protein  27.93 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2759  hypothetical protein  27.93 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2319  hypothetical protein  27.93 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2399  hypothetical protein  27.93 
 
 		 323 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3111  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.66 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.915706  normal  0.806338 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0773  hypothetical protein  30.37 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2135  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.38 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.326886 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0845  transmembrane protein  27.27 
 
 		 323 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.376855  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0668  Tim44-like domain-containing protein  26.9 
 
 		 324 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0305  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.38 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0299  import inner membrane translocase, subunit Tim44  28.57 
 
 		 233 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0684  Tim44-like domain-containing protein  27.27 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5402  import inner membrane translocase subunit Tim44  24.55 
 
 		 284 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0218  import inner membrane translocase subunit Tim44  24.78 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0107  hypothetical protein  26.17 
 
 		 234 aa  57  0.0000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0307388 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1012  hypothetical protein  27.74 
 
 		 273 aa  57.4  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1681  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.48 
 
 		 242 aa  57  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1839  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.81 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.661091  normal  0.32542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1560  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.81 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.69866 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3713  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.76 
 
 		 237 aa  57  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.500571 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1240  hypothetical protein  30.25 
 
 		 256 aa  56.6  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0197113  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5353  hypothetical protein  24.09 
 
 		 284 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.116139  normal  0.479711 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0400  import inner membrane translocase, subunit Tim44  27.65 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3047  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.83 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5131  import inner membrane translocase subunit Tim44  23.87 
 
 		 284 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.499992  normal  0.12698 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0421  import inner membrane translocase, subunit Tim44  26.19 
 
 		 235 aa  55.8  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2074  hypothetical protein  25.66 
 
 		 235 aa  55.1  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0990  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.43 
 
 		 295 aa  55.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2065  import inner membrane translocase subunit Tim44  27.34 
 
 		 320 aa  54.3  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0117  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.5 
 
 		 234 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0729784  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2548  hypothetical protein  21.73 
 
 		 270 aa  53.5  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3485  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.49 
 
 		 235 aa  53.9  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2786  import inner membrane translocase, subunit Tim44  28.21 
 
 		 218 aa  53.9  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0288  import inner membrane translocase subunit Tim44  26.79 
 
 		 226 aa  53.9  0.000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2192  hypothetical protein  25.9 
 
 		 311 aa  53.5  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3216  import inner membrane translocase subunit Tim44  25.87 
 
 		 234 aa  53.1  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2861  import inner membrane translocase subunit Tim44  26.63 
 
 		 308 aa  53.1  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5261  import inner membrane translocase, subunit Tim44  23.64 
 
 		 297 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1736  import inner membrane translocase subunit Tim44  23.83 
 
 		 308 aa  52.8  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000113621  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1994  hypothetical protein  25 
 
 		 231 aa  52.8  0.000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.289958  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2780  hypothetical protein  25 
 
 		 273 aa  52  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.300996 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3830  import inner membrane translocase, subunit Tim44  31.08 
 
 		 226 aa  52  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.492338  normal  0.0940527 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2676  hypothetical protein  21.73 
 
 		 270 aa  51.6  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0232  tim44-like domain-containing protein  23.24 
 
 		 212 aa  51.2  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.217806  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1896  import inner membrane translocase, subunit Tim44  28.03 
 
 		 303 aa  51.2  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0839059  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0998  import inner membrane translocase subunit Tim44  28.47 
 
 		 241 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0846  import inner membrane translocase subunit Tim44  24.24 
 
 		 231 aa  51.2  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.748239  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2119  import inner membrane translocase, subunit Tim44  23.96 
 
 		 343 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.434025  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2731  import inner membrane translocase, subunit Tim44  23.96 
 
 		 343 aa  50.8  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767216  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0156  hypothetical protein  27.14 
 
 		 233 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.865676 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1294  Tim44 domain-containing protein  25.17 
 
 		 230 aa  50.4  0.00004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.483295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>