More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0139 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_0139  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 288 aa  592  1e-168  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.204224  normal  0.0449534 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0150  shikimate 5-dehydrogenase  86.41 
 
 		 288 aa  489  1e-137  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  67.15 
 
 		 294 aa  379  1e-104  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  42.86 
 
 		 265 aa  208  7e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  44.6 
 
 		 292 aa  205  8e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  44.24 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  44.24 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  44.52 
 
 		 282 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  44.18 
 
 		 282 aa  201  9e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  44.18 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  44.71 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  45.42 
 
 		 271 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  44.03 
 
 		 282 aa  199  5e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 292 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  44.73 
 
 		 271 aa  195  6e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  42.49 
 
 		 287 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  42.71 
 
 		 270 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  43.9 
 
 		 290 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  44.04 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  45.04 
 
 		 290 aa  188  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  45.71 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  43.8 
 
 		 266 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  45.36 
 
 		 288 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  42.21 
 
 		 277 aa  185  9e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  41.02 
 
 		 275 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  43.8 
 
 		 287 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 273 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  43.75 
 
 		 274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  45.52 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  40.96 
 
 		 273 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  41.81 
 
 		 271 aa  182  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  43.8 
 
 		 287 aa  182  7e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  44.84 
 
 		 288 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  42.56 
 
 		 272 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  40.42 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  40.21 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  40.88 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  42.36 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  42.36 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  43.4 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  42.36 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  42.36 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  42.36 
 
 		 272 aa  180  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  43.06 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  40.77 
 
 		 277 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  42.21 
 
 		 272 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  42.71 
 
 		 274 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  43.93 
 
 		 288 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3713  shikimate 5-dehydrogenase  43.43 
 
 		 272 aa  179  5.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00019377  normal  0.0271258 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  39.65 
 
 		 270 aa  179  7e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  40.97 
 
 		 278 aa  178  8e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  42.21 
 
 		 272 aa  178  8e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  42.07 
 
 		 282 aa  178  8e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 		 301 aa  178  8e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  40.48 
 
 		 274 aa  177  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  44.13 
 
 		 288 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  44.13 
 
 		 288 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  44.13 
 
 		 288 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  39.66 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  40.21 
 
 		 273 aa  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  40.21 
 
 		 273 aa  176  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  40.21 
 
 		 273 aa  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  38.68 
 
 		 273 aa  175  8e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  41.87 
 
 		 274 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  39.65 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  43.07 
 
 		 274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  42.76 
 
 		 275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  41.32 
 
 		 272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  38.18 
 
 		 265 aa  173  3.9999999999999995e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0052  shikimate dehydrogenase  45.82 
 
 		 278 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0642399  normal  0.0742475 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 		 274 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 		 286 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  42.86 
 
 		 272 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  41.98 
 
 		 275 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  40.91 
 
 		 272 aa  171  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  40.62 
 
 		 273 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  38.46 
 
 		 265 aa  170  2e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  40.14 
 
 		 275 aa  169  4e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  41.13 
 
 		 279 aa  169  5e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  40.14 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  42.03 
 
 		 273 aa  165  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3597  shikimate 5-dehydrogenase  42.03 
 
 		 273 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016966  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0444  shikimate 5-dehydrogenase  41.39 
 
 		 275 aa  165  9e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0043385  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  38.65 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3856  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 281 aa  163  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.824661  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3768  shikimate 5-dehydrogenase  42.34 
 
 		 272 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0463839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  41.97 
 
 		 272 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3598  shikimate 5-dehydrogenase  41.97 
 
 		 272 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00141014  normal  0.799601 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1054  shikimate 5-dehydrogenase  44.29 
 
 		 270 aa  162  7e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.456181  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0026  shikimate dehydrogenase  40 
 
 		 278 aa  161  9e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  36.01 
 
 		 275 aa  161  9e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  40.41 
 
 		 273 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>