87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2025 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2025  cyclase family protein  100 
 
 		 311 aa  630  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0926  cyclase family protein  80.77 
 
 		 312 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4855  cyclase family protein  83.74 
 
 		 320 aa  496  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5448  putative cyclase  83.27 
 
 		 314 aa  478  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5414  cyclase family protein  83.27 
 
 		 314 aa  478  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00312327 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3020  putative cyclase  49.51 
 
 		 311 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.653188 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4717  hypothetical protein  51.04 
 
 		 319 aa  315  8e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.718426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2432  putative cyclase  49.68 
 
 		 315 aa  315  8e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  0.086653 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3668  putative polyketide cyclase  49.68 
 
 		 321 aa  302  4.0000000000000003e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.670549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4354  putative cyclase  35.88 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4416  putative cyclase  35.88 
 
 		 351 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.225331  normal  0.145715 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1287  putative cyclase  32.51 
 
 		 398 aa  143  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.468573  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3501  putative cyclase  29.59 
 
 		 329 aa  139  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0591  cyclase family protein  29.25 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2775  cyclase  28.29 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2377  cyclase family protein  28.72 
 
 		 335 aa  134  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.359406  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1165  cyclase family protein  32.01 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4084  cyclase family protein  31.48 
 
 		 280 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2952  putative cyclase SCIF3.09c  32.67 
 
 		 318 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00019311 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0367  putative cyclase  30.23 
 
 		 269 aa  124  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.43914  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2102  cyclase family protein  28.15 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.29081  normal  0.93943 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0352  putative cyclase  30.15 
 
 		 270 aa  118  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746436  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3785  hypothetical protein  29.38 
 
 		 329 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.0079208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3781  hypothetical protein  29.38 
 
 		 329 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3854  hypothetical protein  29.38 
 
 		 329 aa  107  3e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.381388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8748  putative cyclase  27.18 
 
 		 311 aa  100  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0905009 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4240  hypothetical protein  27.19 
 
 		 332 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2406  hypothetical protein  27.19 
 
 		 332 aa  98.2  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3546  cyclase SCIF309c  26.81 
 
 		 344 aa  97.4  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2682  cyclase family protein  27.8 
 
 		 287 aa  97.4  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2868  hypothetical protein  27.09 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1553  hypothetical protein  29.49 
 
 		 321 aa  95.9  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0929  hypothetical protein  28.9 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18600  predicted metal-dependent hydrolase  29.59 
 
 		 273 aa  94.4  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4455  hypothetical protein  26.33 
 
 		 320 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.875794  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1999  cyclase family protein  25.25 
 
 		 307 aa  89.4  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.505446 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0661  hypothetical protein  26.33 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.474211  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1691  hypothetical protein  26.16 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6632  cyclase family protein  27 
 
 		 265 aa  86.3  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0115766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0433  hypothetical protein  27.03 
 
 		 331 aa  86.3  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2407  putative cyclase  30.92 
 
 		 267 aa  85.5  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0264873  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5118  hypothetical protein  26.71 
 
 		 342 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3024  hypothetical protein  25.66 
 
 		 342 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0340585 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4678  hypothetical protein  26.52 
 
 		 344 aa  79.3  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1239  hypothetical protein  25.57 
 
 		 322 aa  77.8  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1722  metal-dependent hydrolase  23.94 
 
 		 342 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3327  hypothetical protein  29.88 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0321448  decreased coverage  0.00361328 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3942  hypothetical protein  24.23 
 
 		 356 aa  75.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.05744  normal  0.099663 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1718  hypothetical protein  25.59 
 
 		 340 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4678  hypothetical protein  23.82 
 
 		 352 aa  75.1  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0128593  normal  0.183965 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2579  metal-dependent hydrolase  25.94 
 
 		 348 aa  73.9  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05060  conserved hypothetical protein  27.13 
 
 		 343 aa  73.9  0.000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.103413  hitchhiker  0.0000000000000229017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1814  hypothetical protein  26.96 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00302698 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3764  hypothetical protein  24.29 
 
 		 350 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0102457 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_11053  conserved hypothetical protein  25.99 
 
 		 337 aa  69.3  0.00000000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.270252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2733  cyclase family protein  29.06 
 
 		 270 aa  68.6  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.146195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2912  hypothetical protein  24.56 
 
 		 345 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1270  hypothetical protein  24.93 
 
 		 335 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.515426  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0099  hypothetical protein  25.32 
 
 		 327 aa  67  0.0000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5324  hypothetical protein  23.2 
 
 		 318 aa  66.6  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.312028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2893  hypothetical protein  23.4 
 
 		 372 aa  66.6  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3037  hypothetical protein  24.27 
 
 		 344 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3027  hypothetical protein  24.63 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1259  hypothetical protein  24.63 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2224  hypothetical protein  24.63 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2232  hypothetical protein  24.05 
 
 		 335 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0716  hypothetical protein  23.66 
 
 		 354 aa  60.1  0.00000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.582207 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01054  conserved hypothetical protein  25.75 
 
 		 382 aa  59.3  0.00000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0710075 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00020  expressed protein  21.83 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  decreased coverage  0.00164795  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4953  hypothetical protein  25.42 
 
 		 340 aa  55.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.682064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3848  hypothetical protein  22.81 
 
 		 362 aa  52.8  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3121  hypothetical protein  22.81 
 
 		 362 aa  52.8  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1641  hypothetical protein  22.36 
 
 		 352 aa  52.8  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5006  cyclase family protein  23.27 
 
 		 264 aa  50.8  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3888  hypothetical protein  21.75 
 
 		 353 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273042  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11731  hypothetical protein  34.48 
 
 		 276 aa  47  0.0004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000634695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1543  cyclase family protein  32.43 
 
 		 255 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.874935  normal  0.46134 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05068  conserved hypothetical protein  24.64 
 
 		 347 aa  47.4  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000733902  hitchhiker  0.000114711 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1641  cyclase family protein  28.18 
 
 		 254 aa  45.8  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5058  cyclase family protein  39.62 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.281204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2300  cyclase family protein  37.5 
 
 		 253 aa  43.9  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.408163 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3915  cyclase family protein  24.43 
 
 		 249 aa  44.3  0.003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.229122  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1541  cyclase family protein  36.36 
 
 		 253 aa  43.5  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.711446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1761  cyclase family protein  27.78 
 
 		 213 aa  42.7  0.008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10146  conserved hypothetical protein  20.94 
 
 		 326 aa  42.7  0.008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5495  cyclase  33.33 
 
 		 258 aa  42.7  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.245157  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4390  putative cyclase  30.63 
 
 		 236 aa  42.7  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>