92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3020 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3020  putative cyclase  100 
 
 		 311 aa  630  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.653188 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2432  putative cyclase  91.11 
 
 		 315 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  0.086653 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4717  hypothetical protein  76.8 
 
 		 319 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.718426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3668  putative polyketide cyclase  64.4 
 
 		 321 aa  421  1e-117  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.670549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0926  cyclase family protein  51.9 
 
 		 312 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.858473  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4855  cyclase family protein  52.94 
 
 		 320 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2025  cyclase family protein  51.04 
 
 		 311 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5448  putative cyclase  51.43 
 
 		 314 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5414  cyclase family protein  51.43 
 
 		 314 aa  299  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00312327 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4354  putative cyclase  36.39 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4416  putative cyclase  36.39 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.225331  normal  0.145715 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3501  putative cyclase  33.78 
 
 		 329 aa  152  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0352  putative cyclase  35.98 
 
 		 270 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746436  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1165  cyclase family protein  32.08 
 
 		 342 aa  139  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1287  putative cyclase  31.17 
 
 		 398 aa  139  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.468573  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0591  cyclase family protein  30.85 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2952  putative cyclase SCIF3.09c  33.88 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00019311 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2377  cyclase family protein  31.19 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.359406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2775  cyclase  30.56 
 
 		 329 aa  132  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0367  putative cyclase  32.43 
 
 		 269 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.43914  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3785  hypothetical protein  32.39 
 
 		 329 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  decreased coverage  0.0079208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3854  hypothetical protein  32.39 
 
 		 329 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.381388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3781  hypothetical protein  32.39 
 
 		 329 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1553  hypothetical protein  30.64 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2102  cyclase family protein  29.07 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.29081  normal  0.93943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2406  hypothetical protein  32.5 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4084  cyclase family protein  30.34 
 
 		 280 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4240  hypothetical protein  31.99 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0433  hypothetical protein  31.31 
 
 		 331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3546  cyclase SCIF309c  29.45 
 
 		 344 aa  110  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8748  putative cyclase  30.23 
 
 		 311 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0905009 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0661  hypothetical protein  27.53 
 
 		 322 aa  105  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.474211  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18600  predicted metal-dependent hydrolase  32.57 
 
 		 273 aa  105  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2407  putative cyclase  30.3 
 
 		 267 aa  100  3e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0264873  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1999  cyclase family protein  27.81 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.505446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1691  hypothetical protein  26.64 
 
 		 320 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2682  cyclase family protein  28.86 
 
 		 287 aa  98.6  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4455  hypothetical protein  27.48 
 
 		 320 aa  96.3  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.875794  normal  0.0452854 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6632  cyclase family protein  29.04 
 
 		 265 aa  95.5  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0115766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0929  hypothetical protein  27.97 
 
 		 327 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2868  hypothetical protein  27.45 
 
 		 317 aa  93.2  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1239  hypothetical protein  26.71 
 
 		 322 aa  93.2  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5118  hypothetical protein  27.98 
 
 		 342 aa  92.8  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2579  metal-dependent hydrolase  27.2 
 
 		 348 aa  89.4  8e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5324  hypothetical protein  26.64 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.312028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3024  hypothetical protein  27.6 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0340585 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4678  hypothetical protein  25.52 
 
 		 344 aa  82.4  0.000000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0716  hypothetical protein  25 
 
 		 354 aa  81.6  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.582207 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2733  cyclase family protein  30.22 
 
 		 270 aa  80.9  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.146195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1722  metal-dependent hydrolase  23.7 
 
 		 342 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2232  hypothetical protein  27.06 
 
 		 335 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2893  hypothetical protein  25.36 
 
 		 372 aa  77  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3327  hypothetical protein  27.42 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0321448  decreased coverage  0.00361328 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3764  hypothetical protein  24.21 
 
 		 350 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0102457 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2224  hypothetical protein  27.08 
 
 		 336 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1814  hypothetical protein  26.65 
 
 		 341 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00302698 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0099  hypothetical protein  26.56 
 
 		 327 aa  72  0.00000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2912  hypothetical protein  26.53 
 
 		 345 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4678  hypothetical protein  22.16 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0128593  normal  0.183965 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3037  hypothetical protein  25.95 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1259  hypothetical protein  26.77 
 
 		 336 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1270  hypothetical protein  25.59 
 
 		 335 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.515426  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3942  hypothetical protein  24.71 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.05744  normal  0.099663 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3027  hypothetical protein  26.61 
 
 		 336 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1718  hypothetical protein  23.62 
 
 		 340 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897514  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05060  conserved hypothetical protein  28.39 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.103413  hitchhiker  0.0000000000000229017 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1641  hypothetical protein  22.62 
 
 		 352 aa  65.9  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.549123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4953  hypothetical protein  23.82 
 
 		 340 aa  65.5  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.682064  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA00020  expressed protein  25.08 
 
 		 320 aa  64.3  0.000000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  decreased coverage  0.00164795  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3121  hypothetical protein  22.28 
 
 		 362 aa  62.8  0.000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3848  hypothetical protein  22.28 
 
 		 362 aa  62.8  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3888  hypothetical protein  22.69 
 
 		 353 aa  60.1  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273042  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_11053  conserved hypothetical protein  23.3 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000008  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.270252  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3915  cyclase family protein  30.08 
 
 		 249 aa  58.5  0.0000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.229122  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01054  conserved hypothetical protein  23.26 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0710075 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1761  cyclase family protein  29.34 
 
 		 213 aa  53.9  0.000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05068  conserved hypothetical protein  27.09 
 
 		 347 aa  50.8  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.0000733902  hitchhiker  0.000114711 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10146  conserved hypothetical protein  23.75 
 
 		 326 aa  50.1  0.00004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1251  hypothetical protein  27.13 
 
 		 248 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.378284  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0965  hypothetical protein  27.13 
 
 		 248 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2226  hypothetical protein  27.13 
 
 		 248 aa  48.9  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.906086  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1948  hypothetical protein  27.27 
 
 		 239 aa  48.1  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.645975  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1310  cyclase family protein  31.25 
 
 		 216 aa  47  0.0004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.308551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1342  hypothetical protein  45.9 
 
 		 68 aa  46.2  0.0007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0259834 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5006  cyclase family protein  26.92 
 
 		 264 aa  45.8  0.0009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1663  cyclase family protein  32.94 
 
 		 220 aa  45.4  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.673184  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2548  cyclase family protein  34.25 
 
 		 253 aa  44.3  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0956  cyclase family protein  27.1 
 
 		 223 aa  45.1  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.161877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0480  putative cyclase  23.53 
 
 		 261 aa  43.5  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1641  cyclase family protein  28.92 
 
 		 254 aa  42.7  0.008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1936  hypothetical protein  27.42 
 
 		 215 aa  42.7  0.009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2262  cyclase family protein  26.39 
 
 		 236 aa  42.7  0.009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>