More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1795 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008726  Mvan_5564  amino acid permease-associated region  63.44 
 
 		 510 aa  653    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1244  amino acid permease-associated region  64.43 
 
 		 513 aa  666    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.000000642825  decreased coverage  0.00000288489 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1795  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 516 aa  1030    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.829801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0188  amino acid permease-associated region  65.02 
 
 		 510 aa  670    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.215217 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0667  amino acid permease-associated region  70.25 
 
 		 474 aa  688    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.819834  decreased coverage  0.000117019 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0199  amino acid permease-associated region  65.02 
 
 		 510 aa  670    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0208  amino acid permease-associated region  65.02 
 
 		 510 aa  670    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.350417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0605  amino acid permease-associated region  48.3 
 
 		 504 aa  466  9.999999999999999e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139482  normal  0.912711 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2078  amino acid permease-associated region  48.74 
 
 		 527 aa  437  1e-121  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.491472  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1999  amino acid permease-associated region  33.81 
 
 		 483 aa  286  9e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.597442 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2557  amino acid permease-associated region  35.01 
 
 		 484 aa  267  4e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.549104  normal  0.058591 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0436  amino acid permease-associated region  34.42 
 
 		 467 aa  263  4e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6478  amino acid permease-associated region  34.55 
 
 		 479 aa  257  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6713  amino acid permease-associated region  34.55 
 
 		 479 aa  257  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1922  amino acid permease-associated region  37.91 
 
 		 485 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.255466  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4433  amino acid permease-associated region  34.14 
 
 		 484 aa  244  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000491134  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1105  amino acid permease-associated region  34.74 
 
 		 516 aa  244  3e-63  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.536968  normal  0.272162 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0252  amino acid permease-associated region  36.57 
 
 		 485 aa  241  2e-62  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7499  amino acid permease-associated region  32.87 
 
 		 495 aa  239  6.999999999999999e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3239  amino acid permease-associated region  34.84 
 
 		 464 aa  238  3e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1630  amino acid permease-associated region  39.21 
 
 		 497 aa  237  3e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4735  amino acid permease-associated region  33.27 
 
 		 488 aa  234  3e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673378  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1170  amino acid permease family protein  36.34 
 
 		 497 aa  233  7.000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.381443  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3507  amino acid permease-associated region  32.84 
 
 		 491 aa  216  8e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3579  amino acid permease-associated region  34.26 
 
 		 496 aa  214  1.9999999999999998e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1037  amino acid permease-associated region  33.7 
 
 		 509 aa  213  7.999999999999999e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.809227  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2722  amino acid permease-associated region  31.47 
 
 		 486 aa  212  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1046  amino acid permease-associated region  30.65 
 
 		 492 aa  205  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20672  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3953  amino acid permease-associated region  32.18 
 
 		 485 aa  202  9e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0767  amino acid permease-associated region  30.02 
 
 		 490 aa  195  1e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.184256 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3754  amino acid permease-associated region  29.56 
 
 		 485 aa  191  4e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3067  amino acid permease-associated region  33.93 
 
 		 498 aa  185  2.0000000000000003e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0955  amino acid transporter  27.25 
 
 		 481 aa  184  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4853  amino acid permease-associated region  29.88 
 
 		 493 aa  179  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.983882  normal  0.590068 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00320  amino acid transporter  34.48 
 
 		 483 aa  176  9.999999999999999e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1731  amino acid permease-associated region  29.59 
 
 		 509 aa  172  1e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.177585  decreased coverage  0.00117638 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1747  amino acid permease-associated region  30.02 
 
 		 510 aa  171  4e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.318843 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0153  amino acid permease-associated region  29.65 
 
 		 487 aa  168  2e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0145  amino acid permease-associated region  28.28 
 
 		 486 aa  165  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3178  amino acid permease-associated region  29.81 
 
 		 502 aa  151  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00000963226  hitchhiker  0.000000000995055 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8962  amino acid permease-associated region  29.32 
 
 		 504 aa  146  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.354248 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2522  amino acid permease-associated region  29.58 
 
 		 461 aa  130  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1999  amino acid permease-associated region  25.36 
 
 		 490 aa  113  8.000000000000001e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.352019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4018  amino acid permease-associated region  28.42 
 
 		 507 aa  110  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.536093  hitchhiker  0.00116869 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0648  amino acid permease-associated region  26.21 
 
 		 469 aa  107  5e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.916187  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0502  amino acid permease-associated region  25.38 
 
 		 492 aa  105  3e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1778  amino acid permease-associated region  27.42 
 
 		 475 aa  104  3e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0232  amino acid permease-associated region  27.21 
 
 		 511 aa  103  9e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.188638  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2919  amino acid permease-associated region  26.43 
 
 		 507 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0553691 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0513  amino acid permease-associated region  25.38 
 
 		 492 aa  103  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.120819  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0242  amino acid permease-associated region  27.12 
 
 		 502 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.990635 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0524  amino acid permease-associated region  25.38 
 
 		 492 aa  103  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.735838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0222  amino acid permease-associated region  27.12 
 
 		 502 aa  102  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0218084  normal  0.257393 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2831  amino acid permease-associated region  27 
 
 		 497 aa  94  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.820669 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2478  amino acid permease-associated region  23.19 
 
 		 459 aa  91.3  4e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.65738  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7711  amino acid permease-associated region  26.56 
 
 		 482 aa  91.3  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1683  amino acid permease-associated region  24.5 
 
 		 501 aa  90.1  9e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.374924 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2839  amino acid permease-associated region  25.83 
 
 		 506 aa  88.6  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.703085 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17740  amino acid ABC transporter permease  25.75 
 
 		 440 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1968  amino acid permease-associated region  26.39 
 
 		 495 aa  87.8  5e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.196311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  24.24 
 
 		 441 aa  87  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1544  putative amino acid permease  26.22 
 
 		 440 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7852  Amino acid transporter-like protein  27.47 
 
 		 489 aa  85.9  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2080  amino acid permease-associated region  26.24 
 
 		 447 aa  85.1  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.88578  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1312  amino acid permease-associated region  26.32 
 
 		 450 aa  83.6  0.000000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.3758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1969  amino acid permease-associated region  27.98 
 
 		 487 aa  83.6  0.000000000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0135269  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0060  amino acid permease-associated region  25.58 
 
 		 440 aa  81.6  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1529  amino acid permease-associated region  25.61 
 
 		 473 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.327796  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6300  amino acid permease-associated region  25.61 
 
 		 473 aa  81.3  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819384 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  25.42 
 
 		 454 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3068  amino acid permease-associated region  26.46 
 
 		 506 aa  79.3  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0679  amino acid permease-associated region  26.26 
 
 		 517 aa  79.3  0.0000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  26.09 
 
 		 468 aa  78.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2626  amino acid permease-associated region  22.55 
 
 		 521 aa  78.2  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  25.79 
 
 		 455 aa  77.8  0.0000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6959  amino acid permease-associated region  25.61 
 
 		 473 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.576881  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  24.71 
 
 		 449 aa  76.6  0.0000000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0116  amino acid transporter  26.73 
 
 		 443 aa  76.6  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  24.24 
 
 		 449 aa  74.7  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  25.11 
 
 		 461 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  25 
 
 		 456 aa  73.9  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3299  amino acid permease-associated region  25.5 
 
 		 491 aa  73.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  24.89 
 
 		 461 aa  73.2  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1035  amino acid permease-associated region  23.89 
 
 		 477 aa  73.2  0.00000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  24.67 
 
 		 461 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  25.22 
 
 		 461 aa  72.4  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  24.67 
 
 		 461 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3295  amino acid permease-associated region  24.83 
 
 		 486 aa  72  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  24.49 
 
 		 449 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  24.67 
 
 		 461 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  24.67 
 
 		 461 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  24 
 
 		 456 aa  71.2  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2350  amino acid permease-associated region  24.73 
 
 		 461 aa  70.5  0.00000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  25.06 
 
 		 461 aa  70.5  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6732  amino acid transporter  23.7 
 
 		 489 aa  69.7  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.156437  normal  0.210596 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  23.92 
 
 		 465 aa  68.6  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2069  amino acid permease-associated region  23.6 
 
 		 456 aa  68.6  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0042  amino acid permease-associated region  24.18 
 
 		 507 aa  68.6  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0710  amino acid permease-associated region  21.28 
 
 		 513 aa  68.2  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.146713  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1229  amino acid ABC transporter permease  23.96 
 
 		 450 aa  67.4  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.674288 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>