More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0436 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0436  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 467 aa  927    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3239  amino acid permease-associated region  79.43 
 
 		 464 aa  695    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1999  amino acid permease-associated region  44.28 
 
 		 483 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.597442 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6478  amino acid permease-associated region  42.83 
 
 		 479 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6713  amino acid permease-associated region  42.83 
 
 		 479 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4433  amino acid permease-associated region  36.98 
 
 		 484 aa  305  8.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000491134  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1922  amino acid permease-associated region  40.74 
 
 		 485 aa  305  8.000000000000001e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.255466  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1170  amino acid permease family protein  39.23 
 
 		 497 aa  299  9e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.381443  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1105  amino acid permease-associated region  40.04 
 
 		 516 aa  297  3e-79  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.536968  normal  0.272162 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7499  amino acid permease-associated region  38.36 
 
 		 495 aa  293  5e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1037  amino acid permease-associated region  36.53 
 
 		 509 aa  281  2e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.809227  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5564  amino acid permease-associated region  34.4 
 
 		 510 aa  278  1e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1244  amino acid permease-associated region  33.69 
 
 		 513 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.000000642825  decreased coverage  0.00000288489 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0199  amino acid permease-associated region  33.33 
 
 		 510 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0188  amino acid permease-associated region  33.33 
 
 		 510 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.215217 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0208  amino acid permease-associated region  33.33 
 
 		 510 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.350417  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3953  amino acid permease-associated region  37.55 
 
 		 485 aa  271  2e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2557  amino acid permease-associated region  37.06 
 
 		 484 aa  266  4e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.549104  normal  0.058591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1795  amino acid permease-associated region  34.42 
 
 		 516 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.829801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0955  amino acid transporter  34.65 
 
 		 481 aa  262  8e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2722  amino acid permease-associated region  35.27 
 
 		 486 aa  259  5.0000000000000005e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1630  amino acid permease-associated region  39.9 
 
 		 497 aa  259  1e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0605  amino acid permease-associated region  33.18 
 
 		 504 aa  258  2e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139482  normal  0.912711 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4735  amino acid permease-associated region  37.24 
 
 		 488 aa  253  4.0000000000000004e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3067  amino acid permease-associated region  40.47 
 
 		 498 aa  249  8e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0767  amino acid permease-associated region  33.55 
 
 		 490 aa  249  1e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.184256 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0252  amino acid permease-associated region  34.73 
 
 		 485 aa  248  2e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4853  amino acid permease-associated region  34.95 
 
 		 493 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.983882  normal  0.590068 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1731  amino acid permease-associated region  35.28 
 
 		 509 aa  244  3e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.177585  decreased coverage  0.00117638 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3507  amino acid permease-associated region  36.67 
 
 		 491 aa  243  6e-63  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3579  amino acid permease-associated region  37.1 
 
 		 496 aa  242  1e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0667  amino acid permease-associated region  32.57 
 
 		 474 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.819834  decreased coverage  0.000117019 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1747  amino acid permease-associated region  34.26 
 
 		 510 aa  235  1.0000000000000001e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.318843 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3754  amino acid permease-associated region  31.2 
 
 		 485 aa  227  4e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1046  amino acid permease-associated region  34.4 
 
 		 492 aa  224  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20672  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2078  amino acid permease-associated region  32.06 
 
 		 527 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.491472  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0145  amino acid permease-associated region  32.47 
 
 		 486 aa  211  3e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3178  amino acid permease-associated region  32.66 
 
 		 502 aa  205  1e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00000963226  hitchhiker  0.000000000995055 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0153  amino acid permease-associated region  30.41 
 
 		 487 aa  203  5e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00320  amino acid transporter  34.65 
 
 		 483 aa  200  5e-50  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8962  amino acid permease-associated region  29.55 
 
 		 504 aa  175  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.354248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4018  amino acid permease-associated region  30.79 
 
 		 507 aa  157  5.0000000000000005e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.536093  hitchhiker  0.00116869 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2522  amino acid permease-associated region  29.86 
 
 		 461 aa  114  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1683  amino acid permease-associated region  25.42 
 
 		 501 aa  97.8  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.374924 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0232  amino acid permease-associated region  25.95 
 
 		 511 aa  96.7  9e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.188638  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0242  amino acid permease-associated region  25.95 
 
 		 502 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.990635 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0513  amino acid permease-associated region  23.99 
 
 		 492 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.120819  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0502  amino acid permease-associated region  23.99 
 
 		 492 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0524  amino acid permease-associated region  23.99 
 
 		 492 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.735838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0222  amino acid permease-associated region  25.68 
 
 		 502 aa  94.7  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0218084  normal  0.257393 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2626  amino acid permease-associated region  24.61 
 
 		 521 aa  94  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3299  amino acid permease-associated region  24.76 
 
 		 491 aa  93.2  9e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0648  amino acid permease-associated region  24.23 
 
 		 469 aa  92.8  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.916187  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1035  amino acid permease-associated region  26.74 
 
 		 477 aa  92.4  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1312  amino acid permease-associated region  28.62 
 
 		 450 aa  92  2e-17  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.3758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2919  amino acid permease-associated region  25.31 
 
 		 507 aa  91.3  3e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0553691 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2478  amino acid permease-associated region  26.51 
 
 		 459 aa  88.6  2e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.65738  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1968  amino acid permease-associated region  24.54 
 
 		 495 aa  87.8  4e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.196311  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7711  amino acid permease-associated region  27.39 
 
 		 482 aa  87.4  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3252  amino acid permease-associated region  26.54 
 
 		 464 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.719385  normal  0.223004 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1999  amino acid permease-associated region  23.08 
 
 		 490 aa  85.1  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.352019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3130  amino acid permease-associated region  25.45 
 
 		 460 aa  83.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2586  amino acid ABC transporter permease  25.19 
 
 		 470 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163018  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  26.85 
 
 		 449 aa  82.4  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04210  putative transporter  27.64 
 
 		 464 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0415  putative transporter  28.14 
 
 		 464 aa  80.9  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.824759  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3068  amino acid permease-associated region  25.26 
 
 		 506 aa  79.7  0.0000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7852  Amino acid transporter-like protein  21.71 
 
 		 489 aa  79  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2573  amino acid permease-associated region  23.72 
 
 		 457 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3295  amino acid permease-associated region  23.61 
 
 		 486 aa  76.6  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1778  amino acid permease-associated region  22.73 
 
 		 475 aa  76.6  0.0000000000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2839  amino acid permease-associated region  22.35 
 
 		 506 aa  75.9  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.703085 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1182  amino acid permease-associated region  22.64 
 
 		 472 aa  75.5  0.000000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.616059 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3790  amino acid permease-associated region  25.18 
 
 		 491 aa  75.1  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.198748  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12343  cationic amino acid transport integral membrane protein rocE  22.77 
 
 		 471 aa  74.3  0.000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2069  amino acid permease-associated region  23.6 
 
 		 456 aa  73.9  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  24.32 
 
 		 449 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35860  amino acid permease  25.7 
 
 		 434 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000332281  decreased coverage  9.326859999999999e-20 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2029  amino acid permease family protein  25.07 
 
 		 442 aa  72  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  25.82 
 
 		 456 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2857  amino acid permease-associated region  28.21 
 
 		 504 aa  72.4  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.660626  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4556  amino acid permease-associated region  26.84 
 
 		 441 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  24.11 
 
 		 454 aa  71.2  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  27.17 
 
 		 455 aa  71.6  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1969  amino acid permease-associated region  26.63 
 
 		 487 aa  71.2  0.00000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0135269  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5732  amino acid permease-associated region  25.74 
 
 		 462 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0357  amino acid permease-associated region  25.12 
 
 		 449 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.183416  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6096  amino acid permease-associated region  25.74 
 
 		 462 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6579  amino acid permease-associated region  25.73 
 
 		 462 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0989749  decreased coverage  0.00384925 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2831  amino acid permease-associated region  24.37 
 
 		 497 aa  70.9  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.820669 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1676  amino acid permease-associated region  27.37 
 
 		 469 aa  70.1  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.047453  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02208  amino acid transporter  27.51 
 
 		 460 aa  69.7  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.411846  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0409  amino acid permease-associated region  24.83 
 
 		 526 aa  69.7  0.0000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3063  amino acid permease-associated region  25.48 
 
 		 468 aa  69.7  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.313511  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7548  amino acid transporter  26 
 
 		 463 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.219639 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  23.32 
 
 		 450 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  24.86 
 
 		 465 aa  69.7  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0018  amino acid permease-associated region  24.23 
 
 		 510 aa  68.6  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.190747 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6016  amino acid permease-associated region  25.36 
 
 		 463 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.838168  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0746  amino acid permease-associated region  28.7 
 
 		 716 aa  68.9  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.200674  normal  0.311948 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>