More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2839 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1683  amino acid permease-associated region  75.21 
 
 		 501 aa  734    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.374924 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2831  amino acid permease-associated region  68.58 
 
 		 497 aa  660    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.820669 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2839  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 506 aa  998    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.703085 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1999  amino acid permease-associated region  39.53 
 
 		 490 aa  333  3e-90  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.352019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7711  amino acid permease-associated region  37.45 
 
 		 482 aa  291  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3068  amino acid permease-associated region  30.99 
 
 		 506 aa  172  9e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2850  amino acid permease-associated region  69.3 
 
 		 134 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.714945 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2522  amino acid permease-associated region  32.15 
 
 		 461 aa  147  5e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2285  amino acid permease-associated region  27.94 
 
 		 471 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207466 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2659  amino acid permease family protein  27.94 
 
 		 468 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.260834  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2580  amino acid permease-associated region  28.38 
 
 		 464 aa  137  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.871952  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1968  amino acid permease-associated region  29.15 
 
 		 495 aa  123  9e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.196311  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0232  amino acid permease-associated region  27.08 
 
 		 511 aa  120  6e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.188638  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7852  Amino acid transporter-like protein  30.48 
 
 		 489 aa  120  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0242  amino acid permease-associated region  27.12 
 
 		 502 aa  119  9e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.990635 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0222  amino acid permease-associated region  27.12 
 
 		 502 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0218084  normal  0.257393 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2919  amino acid permease-associated region  27.38 
 
 		 507 aa  118  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0553691 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0502  amino acid permease-associated region  27.16 
 
 		 492 aa  117  5e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0513  amino acid permease-associated region  27.16 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.120819  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0524  amino acid permease-associated region  27.16 
 
 		 492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.735838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0648  amino acid permease-associated region  25.95 
 
 		 469 aa  102  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.916187  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3953  amino acid permease-associated region  31.14 
 
 		 485 aa  101  3e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  25.07 
 
 		 449 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0188  amino acid permease-associated region  27.57 
 
 		 510 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.215217 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0199  amino acid permease-associated region  27.57 
 
 		 510 aa  99.4  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0208  amino acid permease-associated region  27.57 
 
 		 510 aa  99.4  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.350417  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1229  amino acid ABC transporter permease  25.8 
 
 		 450 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.674288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1258  amino acid permease-associated region  25.55 
 
 		 450 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.101609  normal  0.957729 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3983  amino acid permease-associated region  26.63 
 
 		 450 aa  97.4  5e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0207  amino acid permease-associated region  25.13 
 
 		 469 aa  96.7  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2756  amino acid permease-associated region  28.37 
 
 		 497 aa  96.7  9e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00077559 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4189  amino acid permease-associated region  25.36 
 
 		 450 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.121323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  26.73 
 
 		 449 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  26.73 
 
 		 449 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2557  amino acid permease-associated region  27.08 
 
 		 484 aa  94.4  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.549104  normal  0.058591 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1168  amino acid transporter  24.46 
 
 		 478 aa  93.6  7e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0306264  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0907  amino acid transporter  24.77 
 
 		 486 aa  93.6  8e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.555245  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3054  amino acid permease-associated region  26.72 
 
 		 506 aa  92.8  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.479156  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5564  amino acid permease-associated region  25.25 
 
 		 510 aa  92.8  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1795  amino acid permease-associated region  25.83 
 
 		 516 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.829801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1969  amino acid permease-associated region  26.25 
 
 		 487 aa  92.4  2e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0135269  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  24.87 
 
 		 454 aa  91.3  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7499  amino acid permease-associated region  29.6 
 
 		 495 aa  90.9  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1035  amino acid permease-associated region  25.51 
 
 		 477 aa  90.5  7e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1778  amino acid permease-associated region  25.14 
 
 		 475 aa  90.1  8e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1312  amino acid permease-associated region  25.69 
 
 		 450 aa  89.7  1e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.3758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2069  amino acid permease-associated region  22.72 
 
 		 456 aa  89.4  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2626  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 521 aa  88.6  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1920  amino acid permease-associated region  27.14 
 
 		 466 aa  88.6  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000169214  normal  0.866406 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1244  amino acid permease-associated region  25.19 
 
 		 513 aa  89  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.000000642825  decreased coverage  0.00000288489 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4081  amino acid permease  24.38 
 
 		 443 aa  88.6  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5815  amino acid permease-associated region  24.6 
 
 		 465 aa  87.4  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.327327  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2924  amino acid permease-associated region  26.85 
 
 		 473 aa  87.4  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.670343  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3634  amino acid permease-associated region  24.58 
 
 		 443 aa  87  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5732  amino acid permease-associated region  28.12 
 
 		 462 aa  87  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6096  amino acid permease-associated region  28.12 
 
 		 462 aa  87  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6579  amino acid permease-associated region  28.12 
 
 		 462 aa  86.7  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0989749  decreased coverage  0.00384925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3458  amino acid permease-associated region  24.31 
 
 		 443 aa  86.7  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2478  amino acid permease-associated region  26.42 
 
 		 459 aa  86.3  0.000000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.65738  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1057  amino acid permease-associated region  24.08 
 
 		 490 aa  86.3  0.000000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.422812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  23.87 
 
 		 456 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0250  amino acid permease-associated region  23.92 
 
 		 465 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  26.02 
 
 		 468 aa  85.5  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2078  amino acid permease-associated region  25.96 
 
 		 527 aa  85.5  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.491472  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4433  amino acid permease-associated region  27.17 
 
 		 484 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000491134  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3677  amino acid permease-associated region  27.39 
 
 		 482 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.386944 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7548  amino acid transporter  27.27 
 
 		 463 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.219639 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1630  amino acid permease-associated region  27.84 
 
 		 497 aa  84.7  0.000000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1274  amino acid permease-associated region  24.79 
 
 		 458 aa  85.1  0.000000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  23.23 
 
 		 456 aa  85.1  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0116  amino acid transporter  25.67 
 
 		 443 aa  85.1  0.000000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3299  amino acid permease-associated region  24.23 
 
 		 491 aa  84.3  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0492  amino acid permease-associated region  24.38 
 
 		 443 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1922  amino acid permease-associated region  25.8 
 
 		 485 aa  84.3  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.255466  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1784  amino acid permease-associated region  26.22 
 
 		 475 aa  84  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.157275 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1930  amino acid permease-associated region  29.57 
 
 		 463 aa  84  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000372004  hitchhiker  0.00366235 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1651  amino acid permease-associated region  25.25 
 
 		 501 aa  83.2  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1170  amino acid permease family protein  26.11 
 
 		 497 aa  83.2  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.381443  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6404  amino acid tranporter  25.27 
 
 		 468 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1963  amino acid permease-associated region  26.42 
 
 		 468 aa  82.8  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.281005 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  24.59 
 
 		 461 aa  82.4  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2164  amino acid permease-associated region  25.1 
 
 		 455 aa  82  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  24.59 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00320  amino acid transporter  29.39 
 
 		 483 aa  82  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4174  amino acid permease-associated region  24.62 
 
 		 478 aa  82.4  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.427253  normal  0.28467 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5856  amino acid permease-associated region  24 
 
 		 463 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3239  amino acid permease-associated region  23.92 
 
 		 464 aa  81.3  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1769  amino acid permease-associated region  27.51 
 
 		 439 aa  81.6  0.00000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  24.59 
 
 		 461 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  24.36 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  24.36 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  24.36 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  24.36 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1532  amino acid permease  23.64 
 
 		 461 aa  81.3  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1634  amino acid permease-associated region  25.4 
 
 		 476 aa  81.3  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.131349  normal  0.325388 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3075  amino acid permease-associated region  25.27 
 
 		 468 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0667  amino acid permease-associated region  23.86 
 
 		 474 aa  80.9  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.819834  decreased coverage  0.000117019 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0436  amino acid permease-associated region  22.07 
 
 		 467 aa  80.9  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1962  amino acid permease-associated region  25.34 
 
 		 476 aa  80.9  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.921716 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6094  amino acid permease-associated region  25.8 
 
 		 463 aa  80.5  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679218  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>