210 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1778 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3875  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  66.6 
 
 
510 aa  647    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.245681  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4309  NCS1 nucleoside transporter  65.92 
 
 
510 aa  642    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747865  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1756  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  67.55 
 
 
514 aa  679    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3636  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  67.29 
 
 
510 aa  637    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.542262  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2039  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  65.28 
 
 
516 aa  655    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0859563  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4336  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  65.49 
 
 
516 aa  653    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0269962  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06230  putative permease  77.41 
 
 
575 aa  739    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.037417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0582  putative permease  77.41 
 
 
575 aa  741    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4030  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  65.49 
 
 
516 aa  653    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0915622  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3494  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  65.9 
 
 
516 aa  656    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000614437 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1558  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  65.31 
 
 
510 aa  640    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462684  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1778  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  100 
 
 
506 aa  1007    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3170  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  58.1 
 
 
536 aa  571  1e-161  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.185762  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2027  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  58.96 
 
 
515 aa  556  1e-157  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  54.95 
 
 
522 aa  546  1e-154  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3413  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  57.62 
 
 
569 aa  544  1e-153  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2834  NCS1 nucleoside transporter  50 
 
 
482 aa  457  1e-127  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1098  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  42.98 
 
 
514 aa  380  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.286175  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3935  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  40.08 
 
 
497 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461112  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1924  NCS1 family nucleobase/cation symporter  43.16 
 
 
493 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.713736 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4265  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  42.24 
 
 
503 aa  378  1e-103  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1871  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  40.42 
 
 
483 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3531  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  40.33 
 
 
483 aa  373  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0729525 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2331  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  43.34 
 
 
493 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.55059 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3810  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.8 
 
 
497 aa  372  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1302  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  42.16 
 
 
498 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.155408  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  39.78 
 
 
488 aa  366  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5280  permease  42.12 
 
 
494 aa  366  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0491741 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6112  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  42.68 
 
 
494 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1965  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  42.68 
 
 
494 aa  366  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1989  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  42.46 
 
 
494 aa  365  1e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.598133  normal  0.623135 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2065  NCS1 nucleoside transporter family protein  44.18 
 
 
496 aa  365  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5845  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  41.72 
 
 
499 aa  364  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149577 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0866  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  38.52 
 
 
494 aa  364  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1880  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  43.52 
 
 
494 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.425689  normal  0.296294 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1305  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  42.61 
 
 
494 aa  362  6e-99  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0354634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4869  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.54 
 
 
518 aa  362  8e-99  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4958  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.54 
 
 
518 aa  362  8e-99  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1953  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  42.18 
 
 
494 aa  362  9e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5237  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.33 
 
 
543 aa  361  2e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111402  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2434  NCS1 nucleoside transporter family protein  43.1 
 
 
510 aa  359  6e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2009  NCS1 nucleoside transporter family protein  43.1 
 
 
510 aa  359  7e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1510  NCS1 nucleoside transporter family protein  43.1 
 
 
496 aa  359  8e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2390  NCS1 nucleoside transporter family protein  43.1 
 
 
496 aa  359  8e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1281  NCS1 nucleoside transporter family protein  43.1 
 
 
496 aa  359  8e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.425173  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2535  NCS1 nucleoside transporter family protein  43.1 
 
 
534 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.173195  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3301  NCS1 nucleoside transporter family protein  43.1 
 
 
534 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1110  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  40.13 
 
 
494 aa  352  5.9999999999999994e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.852121  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4599  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  38.16 
 
 
490 aa  352  5.9999999999999994e-96  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1056  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  40.13 
 
 
494 aa  352  8.999999999999999e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2680  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  40.13 
 
 
494 aa  352  8.999999999999999e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0268197 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1298  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  41.44 
 
 
496 aa  351  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0843718  normal  0.321021 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0913  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  39.28 
 
 
486 aa  351  2e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0932  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  41.28 
 
 
517 aa  348  2e-94  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4033  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  39.62 
 
 
497 aa  346  7e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0898  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  38.49 
 
 
493 aa  341  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3769  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  38.97 
 
 
547 aa  337  3.9999999999999995e-91  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1814  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  42.92 
 
 
522 aa  335  1e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.627915  normal  0.010101 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0656  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  39.06 
 
 
494 aa  333  5e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.871285  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0472  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  39.65 
 
 
478 aa  326  6e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3430  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  38.49 
 
 
520 aa  317  4e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0075  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  36.97 
 
 
485 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.82012  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1918  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  34.24 
 
 
503 aa  302  7.000000000000001e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.991169 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2764  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  36.79 
 
 
517 aa  301  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.63902 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3578  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  37.42 
 
 
486 aa  296  9e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.190049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1280  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  35.97 
 
 
483 aa  294  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0400  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  35.98 
 
 
483 aa  292  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1836  NCS1 nucleoside transporter family protein  34.76 
 
 
487 aa  291  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.729443  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5091  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  36.61 
 
 
483 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415087  normal  0.0197454 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5371  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  36.42 
 
 
484 aa  288  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.583261  normal  0.663394 
 
 
-
 
NC_004310  BR1908  NCS1 nucleoside transporter family protein  35.5 
 
 
487 aa  287  4e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.535002  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2087  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  36.38 
 
 
485 aa  283  7.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.611219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0335  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  35.22 
 
 
483 aa  279  7e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5168  NCS1 nucleoside transporter family  34.65 
 
 
524 aa  257  4e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.409771 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2863  NCS1 nucleoside transporter  33.4 
 
 
497 aa  244  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2101  NCS1 nucleoside transporter family  32.74 
 
 
500 aa  237  4e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2385  NCS1 nucleoside transporter family  33.54 
 
 
492 aa  237  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1985  NCS1 nucleoside transporter family  32.92 
 
 
517 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.671932  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1533  NCS1 nucleoside transporter  34.75 
 
 
503 aa  232  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1233  transporter transmembrane protein  35.86 
 
 
502 aa  228  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0759006  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1430  NCS1 family nucleobase/cation symporter  34.02 
 
 
503 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3590  NCS1 nucleoside transporter  33.69 
 
 
490 aa  226  5.0000000000000005e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.483466 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2688  NCS1 nucleoside transporter family  34.18 
 
 
503 aa  226  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.931856  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00768  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  33.12 
 
 
499 aa  224  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1111  NCS1 nucleoside transporter  31.92 
 
 
494 aa  224  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.502762  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5352  NCS1 nucleoside transporter  33.75 
 
 
502 aa  223  7e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.157454 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0222  NCS1 nucleoside transporter  32.67 
 
 
509 aa  219  1e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5720  NCS1 nucleoside transporter  33.55 
 
 
502 aa  216  8e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244182  normal  0.497544 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0568  allantoin permease  30.91 
 
 
484 aa  216  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5964  NCS1 nucleoside transporter  33.76 
 
 
502 aa  216  9e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0145337  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6713  NCS1 nucleoside transporter  31.97 
 
 
502 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6657  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  32.29 
 
 
502 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  0.0268783 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1594  NCS1 nucleoside transporter  32.11 
 
 
502 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6237  NCS1 nucleoside transporter  32.11 
 
 
502 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0575  allantoin permease  30.71 
 
 
484 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.240762  normal  0.88047 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0570  allantoin permease  30.71 
 
 
484 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.635464  normal  0.884181 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0553  allantoin permease  30.91 
 
 
484 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.962113 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0629  allantoin permease  30.71 
 
 
484 aa  213  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0611  allantoin permease  32.24 
 
 
463 aa  213  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4056  NCS1 nucleoside transporter  30.12 
 
 
515 aa  212  2e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>