241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1233 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_1533  NCS1 nucleoside transporter  88.47 
 
 
503 aa  883    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1233  transporter transmembrane protein  100 
 
 
502 aa  1001    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0759006  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2688  NCS1 nucleoside transporter family  88.87 
 
 
503 aa  887    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.931856  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5720  NCS1 nucleoside transporter  86.45 
 
 
502 aa  835    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244182  normal  0.497544 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6657  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  86.25 
 
 
502 aa  831    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  0.0268783 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5352  NCS1 nucleoside transporter  87.05 
 
 
502 aa  843    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.157454 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1430  NCS1 family nucleobase/cation symporter  88.07 
 
 
503 aa  884    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1594  NCS1 nucleoside transporter  86.85 
 
 
502 aa  850    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5964  NCS1 nucleoside transporter  86.65 
 
 
502 aa  837    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0145337  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2863  NCS1 nucleoside transporter  66.53 
 
 
497 aa  645    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6237  NCS1 nucleoside transporter  86.85 
 
 
502 aa  850    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6713  NCS1 nucleoside transporter  86.25 
 
 
502 aa  845    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2385  NCS1 nucleoside transporter family  61.81 
 
 
492 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3590  NCS1 nucleoside transporter  61.12 
 
 
490 aa  574  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.483466 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1985  NCS1 nucleoside transporter family  61.6 
 
 
517 aa  572  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.671932  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00768  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  57.94 
 
 
499 aa  553  1e-156  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1111  NCS1 nucleoside transporter  56.99 
 
 
494 aa  523  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.502762  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0338  NCS1 nucleoside transporter  56.2 
 
 
496 aa  494  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4536  NCS1 nucleoside transporter family  51.42 
 
 
533 aa  458  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.854613  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3444  NCS1 nucleoside transporter family  49.69 
 
 
507 aa  444  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000477865  normal  0.0865773 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4150  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  47.13 
 
 
494 aa  412  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0968  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  46.64 
 
 
489 aa  408  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.553781  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0222  NCS1 nucleoside transporter  46.78 
 
 
509 aa  402  1e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2101  NCS1 nucleoside transporter family  46.12 
 
 
500 aa  383  1e-105  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49824  NCS1 family transporter: cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin  45.26 
 
 
532 aa  380  1e-104  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5168  NCS1 nucleoside transporter family  44.47 
 
 
524 aa  360  2e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.409771 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2210  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  42.74 
 
 
502 aa  349  6e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4056  NCS1 nucleoside transporter  38.17 
 
 
515 aa  318  2e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3440  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  37.76 
 
 
494 aa  309  9e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.709152  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4035  NCS1 nucleoside transporter  38.26 
 
 
496 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1803  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  38.75 
 
 
496 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666463  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3637  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  38.7 
 
 
505 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1837  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  38.12 
 
 
500 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.524757  normal  0.0916284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05790  putative transporter  38.76 
 
 
496 aa  289  6e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0546  putative transporter  38.97 
 
 
496 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2834  NCS1 nucleoside transporter  35.67 
 
 
482 aa  281  2e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0230  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  33.07 
 
 
486 aa  250  5e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.239977 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4033  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.15 
 
 
497 aa  247  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0866  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.59 
 
 
494 aa  247  4e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1918  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.51 
 
 
503 aa  246  9.999999999999999e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.991169 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0898  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.8 
 
 
493 aa  239  6.999999999999999e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3578  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  34.32 
 
 
486 aa  236  7e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.190049 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4599  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  35.07 
 
 
490 aa  235  1.0000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1431  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.21 
 
 
486 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2680  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  30.61 
 
 
494 aa  234  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0268197 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1056  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  30.61 
 
 
494 aa  234  3e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2703  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.45 
 
 
492 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1110  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.41 
 
 
494 aa  233  8.000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.852121  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0400  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.79 
 
 
483 aa  233  8.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0075  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.72 
 
 
485 aa  232  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.82012  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5091  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.22 
 
 
483 aa  231  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415087  normal  0.0197454 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0913  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.54 
 
 
486 aa  230  5e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1389  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.29 
 
 
530 aa  230  6e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.461228  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1756  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  33.91 
 
 
514 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4336  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.99 
 
 
516 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0269962  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4030  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.99 
 
 
516 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0915622  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1836  NCS1 nucleoside transporter family protein  31.34 
 
 
487 aa  228  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.729443  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4265  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  35.77 
 
 
503 aa  227  4e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5371  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.65 
 
 
484 aa  227  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.583261  normal  0.663394 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3494  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.99 
 
 
516 aa  227  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000614437 
 
 
-
 
NC_004310  BR1908  NCS1 nucleoside transporter family protein  31.34 
 
 
487 aa  226  6e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.535002  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2039  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  32.48 
 
 
516 aa  226  7e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0859563  normal  0.104013 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0656  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.46 
 
 
494 aa  226  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.871285  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1871  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  31.34 
 
 
483 aa  224  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2764  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  32.56 
 
 
517 aa  224  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.63902 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3531  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  31.89 
 
 
483 aa  223  6e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0729525 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0843  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  35.11 
 
 
488 aa  223  7e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1558  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  31.74 
 
 
510 aa  223  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462684  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4309  NCS1 nucleoside transporter  31.74 
 
 
510 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747865  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3875  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.74 
 
 
510 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.245681  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1280  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.39 
 
 
483 aa  220  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08416  conserved hypothetical protein  32.84 
 
 
527 aa  219  8.999999999999998e-56  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2516  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.49 
 
 
479 aa  218  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.751632  normal  0.0734451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1778  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  35.86 
 
 
506 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06230  putative permease  34.85 
 
 
575 aa  217  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.037417 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2087  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.88 
 
 
485 aa  216  7e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.611219 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3935  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.28 
 
 
497 aa  216  9e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461112  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3636  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.65 
 
 
510 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.542262  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0335  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  31.79 
 
 
483 aa  216  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0582  putative permease  34.46 
 
 
575 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3810  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.69 
 
 
497 aa  214  3.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5237  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.41 
 
 
543 aa  211  2e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111402  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4869  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.18 
 
 
518 aa  210  6e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4958  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.18 
 
 
518 aa  210  6e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3170  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.85 
 
 
536 aa  209  8e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.185762  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5845  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.01 
 
 
499 aa  208  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149577 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0932  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  31.3 
 
 
517 aa  207  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0472  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.59 
 
 
478 aa  206  9e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1302  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.6 
 
 
498 aa  205  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.155408  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1098  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.45 
 
 
514 aa  202  8e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.286175  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1298  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.49 
 
 
496 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0843718  normal  0.321021 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00690  uracil permease, putative  30.23 
 
 
560 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1924  NCS1 family nucleobase/cation symporter  30.57 
 
 
493 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.713736 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3769  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.14 
 
 
547 aa  200  6e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6112  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.35 
 
 
494 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1965  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.35 
 
 
494 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0547  allantoin permease  29.52 
 
 
484 aa  196  9e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0568  allantoin permease  29.25 
 
 
484 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1305  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.03 
 
 
494 aa  196  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0354634 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2331  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.09 
 
 
493 aa  196  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.55059 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>