215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0338 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0338  NCS1 nucleoside transporter  100 
 
 
496 aa  983    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1111  NCS1 nucleoside transporter  77.55 
 
 
494 aa  780    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.502762  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00768  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  63.1 
 
 
499 aa  593  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2385  NCS1 nucleoside transporter family  57.2 
 
 
492 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1985  NCS1 nucleoside transporter family  56.78 
 
 
517 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.671932  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2863  NCS1 nucleoside transporter  54.18 
 
 
497 aa  519  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1233  transporter transmembrane protein  56.2 
 
 
502 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0759006  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1533  NCS1 nucleoside transporter  56.53 
 
 
503 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.578632  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5720  NCS1 nucleoside transporter  57.17 
 
 
502 aa  502  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.244182  normal  0.497544 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1430  NCS1 family nucleobase/cation symporter  54.62 
 
 
503 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5964  NCS1 nucleoside transporter  57.17 
 
 
502 aa  502  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0145337  normal  0.627469 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5352  NCS1 nucleoside transporter  56.96 
 
 
502 aa  501  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.157454 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2688  NCS1 nucleoside transporter family  55.58 
 
 
503 aa  500  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.931856  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1594  NCS1 nucleoside transporter  55.89 
 
 
502 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6237  NCS1 nucleoside transporter  55.89 
 
 
502 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.155037 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6713  NCS1 nucleoside transporter  55.67 
 
 
502 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6657  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  56.32 
 
 
502 aa  490  1e-137  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14689  normal  0.0268783 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4536  NCS1 nucleoside transporter family  53.78 
 
 
533 aa  456  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.854613  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3590  NCS1 nucleoside transporter  50.84 
 
 
490 aa  457  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.483466 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3444  NCS1 nucleoside transporter family  49.49 
 
 
507 aa  443  1e-123  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000477865  normal  0.0865773 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4150  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  45.85 
 
 
494 aa  400  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0222  NCS1 nucleoside transporter  47.24 
 
 
509 aa  398  1e-109  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0968  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  46.11 
 
 
489 aa  395  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.553781  normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_49824  NCS1 family transporter: cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin  46.78 
 
 
532 aa  384  1e-105  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4056  NCS1 nucleoside transporter  43.12 
 
 
515 aa  377  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2210  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  44.49 
 
 
502 aa  367  1e-100  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2101  NCS1 nucleoside transporter family  43.31 
 
 
500 aa  357  3.9999999999999996e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5168  NCS1 nucleoside transporter family  43.72 
 
 
524 aa  347  3e-94  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.409771 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3440  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  40.75 
 
 
494 aa  347  4e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.709152  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3637  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  41.96 
 
 
505 aa  346  6e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1803  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  41.58 
 
 
496 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666463  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4035  NCS1 nucleoside transporter  41.58 
 
 
496 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1837  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  41.91 
 
 
500 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.524757  normal  0.0916284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05790  putative transporter  41.83 
 
 
496 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0546  putative transporter  41.63 
 
 
496 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0230  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  34.82 
 
 
486 aa  265  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.239977 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2516  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  35.34 
 
 
479 aa  247  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.751632  normal  0.0734451 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2703  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.54 
 
 
492 aa  243  7.999999999999999e-63  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1908  NCS1 nucleoside transporter family protein  34.38 
 
 
487 aa  242  1e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.535002  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1836  NCS1 nucleoside transporter family protein  34.38 
 
 
487 aa  242  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.729443  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0400  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  34.42 
 
 
483 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3578  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  34.99 
 
 
486 aa  239  9e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.190049 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5371  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  34.38 
 
 
484 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.583261  normal  0.663394 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5091  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  33.61 
 
 
483 aa  236  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.415087  normal  0.0197454 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1431  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  33.65 
 
 
486 aa  235  2.0000000000000002e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4336  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.52 
 
 
516 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0269962  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4030  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.52 
 
 
516 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0915622  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1871  cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein  33.12 
 
 
483 aa  231  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2834  NCS1 nucleoside transporter  31.17 
 
 
482 aa  231  3e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3494  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.52 
 
 
516 aa  230  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000614437 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3531  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.7 
 
 
483 aa  229  9e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0729525 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2039  cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin transporter  32.86 
 
 
516 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0859563  normal  0.104013 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08416  conserved hypothetical protein  33.76 
 
 
527 aa  228  2e-58  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1756  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.7 
 
 
514 aa  226  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1110  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.51 
 
 
494 aa  225  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.852121  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2680  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  31.51 
 
 
494 aa  225  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0268197 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1056  cytosine/purines/uracil/thiamine/allantoin family permease  31.51 
 
 
494 aa  225  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1918  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  31.95 
 
 
503 aa  224  3e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.991169 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4033  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  33.41 
 
 
497 aa  223  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0866  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.74 
 
 
494 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3636  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.8 
 
 
510 aa  220  6e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.542262  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1280  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.79 
 
 
483 aa  219  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4309  NCS1 nucleoside transporter  32.86 
 
 
510 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.747865  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1558  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  32.66 
 
 
510 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462684  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3875  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.63 
 
 
510 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.245681  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1389  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30 
 
 
530 aa  215  1.9999999999999998e-54  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.461228  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0774  NCS1 nucleoside transporter family protein  30.33 
 
 
494 aa  211  3e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182472 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2087  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.72 
 
 
485 aa  210  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.611219 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06230  putative permease  33.13 
 
 
575 aa  210  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.037417 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0898  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.33 
 
 
493 aa  210  5e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4265  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.82 
 
 
503 aa  209  7e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.864327 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0913  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.85 
 
 
486 aa  209  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4869  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  31.03 
 
 
518 aa  209  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4958  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  31.03 
 
 
518 aa  209  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0582  putative permease  33.07 
 
 
575 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5237  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.91 
 
 
543 aa  208  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111402  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1778  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  33.19 
 
 
506 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0932  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.72 
 
 
517 aa  206  6e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0075  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.98 
 
 
485 aa  206  8e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.82012  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00690  uracil permease, putative  30.06 
 
 
560 aa  202  9.999999999999999e-51  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2027  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  33.33 
 
 
515 aa  202  9.999999999999999e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0656  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.62 
 
 
494 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.871285  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0335  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  31.59 
 
 
483 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2764  permease for cytosine/purine, uracil, thiamine, allantoin  32.51 
 
 
517 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.63902 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3170  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  31.35 
 
 
536 aa  200  6e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.185762  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1298  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.37 
 
 
496 aa  196  7e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0843718  normal  0.321021 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3810  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.64 
 
 
497 aa  196  8.000000000000001e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4599  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  31.71 
 
 
490 aa  196  8.000000000000001e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3194  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  32.06 
 
 
522 aa  196  1e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0472  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.64 
 
 
478 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3935  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.28 
 
 
497 aa  190  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.461112  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1098  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.43 
 
 
514 aa  188  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.286175  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5845  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.34 
 
 
499 aa  187  3e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149577 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3430  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  30.12 
 
 
520 aa  187  3e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3413  permease for cytosine/purines, uracil, thiamine, allantoin  32.87 
 
 
569 aa  187  5e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1302  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.84 
 
 
498 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.155408  normal 
 
 
-
 
NC_006682  CNM00460  allantoin permease, putative  29.64 
 
 
546 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2331  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  30.32 
 
 
493 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.55059 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1924  NCS1 family nucleobase/cation symporter  29.84 
 
 
493 aa  184  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.713736 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3769  permease for cytosine/purines uracil thiamine allantoin  29.45 
 
 
547 aa  183  7e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>