More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_3363 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_3363  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  100 
 
 
491 aa  1013    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2866  response regulator receiver protein  57.89 
 
 
509 aa  598  1e-170  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1096  response regulator receiver protein  63.11 
 
 
499 aa  595  1e-169  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3031  sigma-54 dependent transcriptional regulator  56.82 
 
 
511 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2774  putative two component response regulator  58.61 
 
 
491 aa  543  1e-153  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000172283  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0088  sigma-54 factor, interaction region  55.51 
 
 
491 aa  537  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00217013  hitchhiker  0.0000044852 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0304  response regulator receiver protein  55.44 
 
 
541 aa  521  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0287  Sigma 54 interacting domain protein  55.56 
 
 
494 aa  518  1e-146  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.63 
 
 
467 aa  169  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.63 
 
 
467 aa  169  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0762  putative PAS/PAC sensor protein  41.74 
 
 
457 aa  167  5.9999999999999996e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.86 
 
 
459 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.29 
 
 
466 aa  164  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4153  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.29 
 
 
466 aa  164  5.0000000000000005e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.11717 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3671  Sigma 54 interacting domain protein  41.59 
 
 
657 aa  163  7e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.66 
 
 
464 aa  163  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.97 
 
 
448 aa  162  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  36.87 
 
 
491 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.4 
 
 
560 aa  162  1e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  39.02 
 
 
491 aa  162  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  38.64 
 
 
491 aa  161  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  42.61 
 
 
533 aa  161  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2786  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.59 
 
 
477 aa  161  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.56 
 
 
454 aa  161  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  38.32 
 
 
490 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  38.32 
 
 
490 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  44.21 
 
 
545 aa  160  7e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  44.21 
 
 
545 aa  160  7e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.45 
 
 
466 aa  160  7e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.26 
 
 
491 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.68 
 
 
482 aa  159  8e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.64 
 
 
491 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.26 
 
 
491 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.26 
 
 
491 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0344  two component Fis family transcriptional regulator  40.95 
 
 
452 aa  159  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0882822  normal  0.355114 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2095  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.47 
 
 
471 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2184  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.54 
 
 
497 aa  159  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.682977  normal  0.229753 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.39 
 
 
455 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  42.73 
 
 
515 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0501  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.51 
 
 
466 aa  159  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1883  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.42 
 
 
501 aa  158  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.725462 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2362  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.86 
 
 
479 aa  158  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.26 
 
 
491 aa  158  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2345  two component signal transduction response regulator  37.88 
 
 
455 aa  158  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00459366  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  40.55 
 
 
537 aa  159  2e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1746  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.12 
 
 
563 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.156999  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.38 
 
 
466 aa  158  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  42.11 
 
 
342 aa  158  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.36 
 
 
453 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1039  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.26 
 
 
566 aa  158  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  35.83 
 
 
471 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1446  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.97 
 
 
366 aa  157  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.396101  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1123  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.35 
 
 
444 aa  157  4e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02446  predicted DNA-binding response regulator in two-component system  40.35 
 
 
444 aa  157  4e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1114  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.35 
 
 
444 aa  157  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.922386  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2919  sigma-54 dependent response regulator  40.35 
 
 
444 aa  157  4e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.70731  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.84 
 
 
462 aa  157  4e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3788  sigma-54 dependent response regulator  40.35 
 
 
444 aa  157  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02410  hypothetical protein  40.35 
 
 
444 aa  157  4e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2955  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator, putative  34.4 
 
 
457 aa  157  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2839  sigma-54 dependent response regulator  40.35 
 
 
444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1624  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.95 
 
 
561 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.714408  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2707  sigma-54 dependent response regulator  40.35 
 
 
444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  40.87 
 
 
549 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2568  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.4 
 
 
457 aa  157  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0491002  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0884  NifA subfamily transcriptional regulator  40.66 
 
 
539 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.871675 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.86 
 
 
608 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2707  sigma-54 dependent response regulator  40.35 
 
 
444 aa  157  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  35.86 
 
 
608 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.27 
 
 
460 aa  157  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0594  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.93 
 
 
529 aa  157  6e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00846378  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1166  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.17 
 
 
447 aa  156  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.17 
 
 
544 aa  156  7e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  42.48 
 
 
471 aa  156  8e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3441  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.08 
 
 
451 aa  156  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260791  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.55 
 
 
457 aa  156  8e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  43.1 
 
 
542 aa  156  9e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3040  two component Fis family transcriptional regulator  40.6 
 
 
478 aa  156  9e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.35 
 
 
469 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.36 
 
 
525 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  43.36 
 
 
562 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0827  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  41.41 
 
 
460 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.158461 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.36 
 
 
525 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.2 
 
 
668 aa  155  1e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.35 
 
 
469 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.11 
 
 
452 aa  155  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.95 
 
 
461 aa  156  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.92 
 
 
453 aa  155  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.87 
 
 
491 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1498  flagellar regulatory protein A  39.91 
 
 
509 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.522741  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2763  transcriptional regulator ZraR  34.85 
 
 
445 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.69 
 
 
635 aa  155  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2938  transcriptional regulator ZraR  34.85 
 
 
445 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0879  two component Fis family transcriptional regulator  40.79 
 
 
488 aa  155  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000467826  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2721  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  34.85 
 
 
445 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  36.09 
 
 
608 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  35.64 
 
 
606 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1603  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.09 
 
 
449 aa  155  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1977  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.04 
 
 
447 aa  154  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2825  transcriptional regulator ZraR  34.85 
 
 
445 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.479389  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>