More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0287 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0287  Sigma 54 interacting domain protein  100 
 
 
494 aa  1014    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0304  response regulator receiver protein  94.91 
 
 
541 aa  929    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3031  sigma-54 dependent transcriptional regulator  57.02 
 
 
511 aa  561  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2866  response regulator receiver protein  55.44 
 
 
509 aa  550  1e-155  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0088  sigma-54 factor, interaction region  56.78 
 
 
491 aa  523  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00217013  hitchhiker  0.0000044852 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3363  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  55.56 
 
 
491 aa  521  1e-146  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2774  putative two component response regulator  54.12 
 
 
491 aa  491  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000172283  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1096  response regulator receiver protein  55.19 
 
 
499 aa  482  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.69 
 
 
456 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.38 
 
 
456 aa  169  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0143  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.59 
 
 
449 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.1 
 
 
455 aa  169  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0762  putative PAS/PAC sensor protein  37.28 
 
 
457 aa  167  5e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.41 
 
 
495 aa  167  5e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.23 
 
 
451 aa  166  8e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0776  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.62 
 
 
465 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  45.18 
 
 
515 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.39 
 
 
455 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.68 
 
 
462 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0769  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.13 
 
 
453 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165448  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  37.09 
 
 
668 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.1 
 
 
469 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.1 
 
 
469 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  37.63 
 
 
439 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.73 
 
 
668 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.97 
 
 
466 aa  163  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.23 
 
 
515 aa  163  7e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.15 
 
 
467 aa  163  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.15 
 
 
467 aa  163  7e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.28 
 
 
469 aa  162  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0934  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.05 
 
 
461 aa  162  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0738273 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.98 
 
 
453 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  36.63 
 
 
491 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.98 
 
 
453 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.17 
 
 
454 aa  162  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  39.08 
 
 
522 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.83 
 
 
560 aa  161  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004047  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  37.24 
 
 
445 aa  161  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.114732  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2365  two component signal transduction response regulator  41.15 
 
 
575 aa  161  3e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.52 
 
 
466 aa  160  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0291  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.31 
 
 
444 aa  161  3e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00612417  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.13 
 
 
489 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  39.01 
 
 
491 aa  160  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.13 
 
 
489 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.81 
 
 
756 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.85 
 
 
448 aa  160  4e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  42.04 
 
 
507 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.75 
 
 
466 aa  160  5e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.54 
 
 
489 aa  160  5e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.43 
 
 
452 aa  160  5e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  39.01 
 
 
491 aa  160  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  39.72 
 
 
485 aa  160  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.36 
 
 
461 aa  159  9e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2506  sensory box protein/sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.31 
 
 
564 aa  159  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.92979  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.65 
 
 
491 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4176  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.91 
 
 
755 aa  159  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000648689  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2955  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator, putative  36.71 
 
 
457 aa  159  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.82 
 
 
464 aa  159  1e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.65 
 
 
491 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.98 
 
 
748 aa  159  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.09 
 
 
458 aa  159  1e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.65 
 
 
491 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.49 
 
 
515 aa  159  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2568  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.71 
 
 
457 aa  159  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0491002  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2095  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.53 
 
 
471 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1275  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  40.25 
 
 
709 aa  159  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3581  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.5 
 
 
490 aa  159  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0374719 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.77 
 
 
336 aa  158  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.733129 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  42.98 
 
 
471 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  40.46 
 
 
471 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2039  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.62 
 
 
476 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.238588  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.08 
 
 
491 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3802  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.26 
 
 
759 aa  158  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.29 
 
 
470 aa  158  2e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3721  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.4 
 
 
501 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3885  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.26 
 
 
759 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.08 
 
 
491 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  43.91 
 
 
493 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2187  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.67 
 
 
456 aa  157  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  34.43 
 
 
441 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1986  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.8 
 
 
457 aa  157  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.546437 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.71 
 
 
485 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.71 
 
 
483 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  34.44 
 
 
441 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.48 
 
 
525 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.48 
 
 
525 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  42.21 
 
 
490 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.71 
 
 
480 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  42.48 
 
 
562 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  34.44 
 
 
441 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1117  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 
466 aa  157  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  42.21 
 
 
490 aa  157  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1039  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.05 
 
 
566 aa  156  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  40.17 
 
 
505 aa  156  8e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.27 
 
 
483 aa  156  8e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0776  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.36 
 
 
454 aa  156  8e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2914  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.41 
 
 
459 aa  156  8e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  39.75 
 
 
688 aa  156  8e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2653  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.11 
 
 
482 aa  156  8e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  37.2 
 
 
511 aa  156  9e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>