More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0304 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0287  Sigma 54 interacting domain protein  94.91 
 
 
494 aa  928    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0304  response regulator receiver protein  100 
 
 
541 aa  1116    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3031  sigma-54 dependent transcriptional regulator  54.58 
 
 
511 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2866  response regulator receiver protein  55.09 
 
 
509 aa  558  1e-158  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3363  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  55.44 
 
 
491 aa  523  1e-147  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0088  sigma-54 factor, interaction region  54.67 
 
 
491 aa  524  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00217013  hitchhiker  0.0000044852 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2774  putative two component response regulator  53.97 
 
 
491 aa  494  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000172283  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1096  response regulator receiver protein  54.77 
 
 
499 aa  482  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.31 
 
 
456 aa  172  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3391  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.28 
 
 
455 aa  170  8e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.111806  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1954  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  33.5 
 
 
455 aa  168  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  45.18 
 
 
515 aa  168  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2269  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  34.91 
 
 
456 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0762  putative PAS/PAC sensor protein  41.81 
 
 
457 aa  167  5e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2365  two component signal transduction response regulator  36.1 
 
 
575 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4373  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.1 
 
 
469 aa  166  8e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4396  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.1 
 
 
469 aa  166  8e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1954  transcriptional regulator FleQ  40.37 
 
 
491 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.145885  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2812  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.85 
 
 
466 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.6 
 
 
495 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  41.78 
 
 
668 aa  166  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3461  helix-turn-helix, Fis-type  40.37 
 
 
491 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.476212  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0143  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.35 
 
 
449 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.33 
 
 
668 aa  164  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.79 
 
 
515 aa  164  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
491 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.532257  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0291  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.36 
 
 
444 aa  164  4.0000000000000004e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00612417  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4240  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.72 
 
 
469 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.12 
 
 
451 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4373  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40 
 
 
491 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0965  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.45 
 
 
466 aa  164  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.605384  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1494  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
491 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.959617 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3698  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
491 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288124  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0776  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.36 
 
 
465 aa  163  7e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1532  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
491 aa  163  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497768  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3263  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.15 
 
 
464 aa  163  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000257125 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51000  Nif-specific sigma54-dependent transcriptional activator protein, NifA  40.37 
 
 
522 aa  163  8.000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.519777  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1510  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.17 
 
 
448 aa  163  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  32.58 
 
 
466 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3940  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.15 
 
 
467 aa  162  1e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000637809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4024  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.15 
 
 
467 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.42797e-16 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3475  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.98 
 
 
453 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0804749 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.67 
 
 
489 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.57 
 
 
489 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.57 
 
 
489 aa  162  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3413  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.98 
 
 
453 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0934  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.2 
 
 
461 aa  161  2e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0738273 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1028  response regulator receiver protein  38.6 
 
 
439 aa  162  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.163891  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0706  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.83 
 
 
560 aa  162  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.043111  normal  0.439486 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1319  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.25 
 
 
452 aa  161  3e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.11 
 
 
454 aa  161  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2552  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.36 
 
 
525 aa  161  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2456  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.36 
 
 
525 aa  161  3e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0352047  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6356  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.91 
 
 
336 aa  160  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.733129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4274  transcriptional regulator FleQ  43.53 
 
 
490 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.3 
 
 
462 aa  160  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4385  transcriptional regulatory protein ZraR  35.22 
 
 
441 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.712665 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1401  NifA subfamily transcriptional regulator  43.36 
 
 
562 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50220  transcriptional regulator FleQ  43.53 
 
 
490 aa  160  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000359147 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.08 
 
 
458 aa  160  5e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2312  sigma 54 dependent transcription regulator  44.35 
 
 
493 aa  160  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1973  response regulator receiver protein  40.6 
 
 
491 aa  160  6e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26490  sigma54-dependent activator protein  41.11 
 
 
485 aa  160  6e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.593646  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4176  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.36 
 
 
755 aa  160  6e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000648689  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.36 
 
 
756 aa  160  7e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  41.03 
 
 
505 aa  160  8e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0791  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC (Ornithine/argininedecarboxylase inhibitor)  34.11 
 
 
451 aa  160  8e-38  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.261898  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.15 
 
 
466 aa  159  9e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1785  NifA subfamily transcriptional regulator  34.74 
 
 
507 aa  159  9e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0764  transcriptional regulator NifA  40.57 
 
 
511 aa  159  1e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2829  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.16 
 
 
491 aa  159  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.280234  hitchhiker  0.00432701 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4505  transcriptional regulatory protein ZraR  34.93 
 
 
441 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.11324 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2095  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.79 
 
 
471 aa  159  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  36.97 
 
 
381 aa  159  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3802  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.26 
 
 
759 aa  159  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1275  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.83 
 
 
709 aa  159  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004047  C4-dicarboxylate transport transcriptional regulatory protein  36.55 
 
 
445 aa  159  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.114732  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4581  transcriptional regulatory protein ZraR  34.63 
 
 
441 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0915  transcriptional regulator FleQ  42.98 
 
 
471 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0884  transcriptional regulator FleQ  42.98 
 
 
471 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.46 
 
 
472 aa  158  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.334689  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4418  transcriptional regulatory protein ZraR  34.93 
 
 
441 aa  159  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.298897  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1388  NifA subfamily transcriptional regulator  40.59 
 
 
533 aa  158  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4549  transcriptional regulatory protein ZraR  36.58 
 
 
441 aa  159  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000369022  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3885  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.26 
 
 
759 aa  159  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03881  fused DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with ZraS: response regulator/sigma54 interaction protein  35.99 
 
 
441 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0124745  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1039  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  41.89 
 
 
566 aa  158  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03834  hypothetical protein  35.99 
 
 
441 aa  157  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0118236  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2506  sensory box protein/sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.26 
 
 
564 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.92979  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0913  sigma-54 dependent transcriptional regulator  40.27 
 
 
548 aa  158  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.635829  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1208  two component signal transduction response regulator  34 
 
 
470 aa  157  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0354694  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.29 
 
 
461 aa  158  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2187  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.67 
 
 
456 aa  158  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.71 
 
 
485 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4497  transcriptional regulatory protein ZraR  35.99 
 
 
441 aa  158  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000279415  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2001  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.15 
 
 
482 aa  158  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4021  transcriptional regulatory protein ZraR  35.99 
 
 
441 aa  157  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0128092  normal  0.0227655 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3989  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.99 
 
 
441 aa  157  4e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.716922  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2629  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.71 
 
 
483 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.14604  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3581  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.15 
 
 
490 aa  157  4e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0374719 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>