More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4800 on replicon NC_008761
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008761  Pnap_4800  zinc finger, CHC2-family protein  100 
 
 		 2510 aa  5104    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0650684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  29.11 
 
 		 576 aa  113  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0659  DNA primase  28.97 
 
 		 583 aa  110  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.250836  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1895  DNA primase  30.29 
 
 		 573 aa  105  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.158344  normal  0.0137969 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  27.74 
 
 		 575 aa  105  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0432  DNA primase  30.43 
 
 		 623 aa  105  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1014  DNA primase  28.18 
 
 		 588 aa  105  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.394769  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  27.32 
 
 		 574 aa  103  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  28.47 
 
 		 601 aa  103  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  26.57 
 
 		 586 aa  103  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  27.83 
 
 		 574 aa  102  8e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  27.72 
 
 		 574 aa  102  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  27.48 
 
 		 574 aa  101  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  27.48 
 
 		 574 aa  101  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  27.09 
 
 		 574 aa  100  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000782839  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1344  DNA primase  29.6 
 
 		 565 aa  99.8  6e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0114942  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2703  DNA primase  28.04 
 
 		 666 aa  99.8  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3034  DNA primase  29.18 
 
 		 619 aa  99.4  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.514313  normal  0.0365839 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1145  DNA primase  27.85 
 
 		 574 aa  99.4  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000553498  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2053  DNA primase  27.27 
 
 		 576 aa  99  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.399908  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0912  hypothetical protein  25.86 
 
 		 640 aa  98.6  1e-18  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.121689 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1189  DNA primase  27.85 
 
 		 574 aa  99  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0497692  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3168  DNA primase  27.85 
 
 		 574 aa  98.6  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00053583  normal  0.343709 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1222  DNA primase  27.85 
 
 		 574 aa  99  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0573251  normal  0.615941 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  27.63 
 
 		 576 aa  98.6  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000094448  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  26.37 
 
 		 588 aa  98.2  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0462  DNA primase  28.57 
 
 		 559 aa  97.8  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2234  DNA primase  29.59 
 
 		 621 aa  98.2  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  26.9 
 
 		 584 aa  97.8  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  27.71 
 
 		 573 aa  97.8  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2962  DNA primase  27.54 
 
 		 669 aa  97.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0861  DNA primase  30.61 
 
 		 609 aa  97.1  4e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0925176  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0761  DNA primase  29.01 
 
 		 623 aa  96.7  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4073  DNA primase  29.05 
 
 		 646 aa  96.3  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.302431 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1342  DNA primase  28.03 
 
 		 565 aa  95.9  9e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000143  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  27.71 
 
 		 575 aa  95.9  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  28.87 
 
 		 584 aa  95.5  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  29.49 
 
 		 584 aa  95.1  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0980  DNA primase  28.06 
 
 		 625 aa  95.5  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.416677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2128  DNA primase  30.93 
 
 		 624 aa  95.5  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1039  DNA primase  26.33 
 
 		 588 aa  95.5  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00521157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  27.98 
 
 		 581 aa  94.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  28 
 
 		 645 aa  95.1  2e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0348  DNA primase  26.72 
 
 		 582 aa  95.1  2e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  28.24 
 
 		 666 aa  95.1  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  27.98 
 
 		 581 aa  94.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4594  DNA primase  29.55 
 
 		 632 aa  94.4  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.220802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  27.98 
 
 		 581 aa  94.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  27.98 
 
 		 581 aa  94.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  28.16 
 
 		 593 aa  95.1  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1783  DNA primase  26.55 
 
 		 553 aa  94.4  3e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.461465  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  27.98 
 
 		 581 aa  94.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0394  DNA primase  26.55 
 
 		 572 aa  94  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  25.87 
 
 		 609 aa  93.2  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0271  DNA primase  26.19 
 
 		 675 aa  92.8  7e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.59752  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  27.42 
 
 		 581 aa  92.4  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0641  DNA primase  29.64 
 
 		 572 aa  92.4  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4814  DNA primase  29.73 
 
 		 636 aa  92.4  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  25.51 
 
 		 584 aa  92  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  26.6 
 
 		 586 aa  92.4  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7521  DNA primase  28.86 
 
 		 629 aa  92.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0175  DNA primase  25.51 
 
 		 600 aa  91.3  2e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1739  DNA primase  29.51 
 
 		 577 aa  91.7  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.768816  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07051  DNA primase  27.93 
 
 		 679 aa  91.7  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0886385 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  28.26 
 
 		 592 aa  91.3  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1807  DNA primase  29.51 
 
 		 577 aa  91.7  2e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  27.64 
 
 		 581 aa  91.3  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  27.66 
 
 		 582 aa  91.3  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  29.14 
 
 		 585 aa  90.5  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1261  DNA primase  28.5 
 
 		 588 aa  90.5  3e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2323  DNA primase  28.65 
 
 		 576 aa  90.9  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128644  hitchhiker  0.00849609 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04097  DNA primase  30.57 
 
 		 582 aa  90.9  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1464  DNA primase  28.1 
 
 		 639 aa  90.9  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  27.02 
 
 		 581 aa  90.5  4e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  27.02 
 
 		 581 aa  90.5  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  27.02 
 
 		 581 aa  90.5  4e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1799  DNA primase  28.11 
 
 		 616 aa  90.1  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  27.02 
 
 		 581 aa  90.5  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  26.59 
 
 		 656 aa  90.5  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  27.02 
 
 		 581 aa  90.5  4e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  27.02 
 
 		 581 aa  90.5  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0314  DNA primase  25.66 
 
 		 604 aa  90.1  5e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1417  DNA primase  27.74 
 
 		 652 aa  90.1  5e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2458  DNA primase  27.87 
 
 		 567 aa  89.7  6e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00693823  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  29.48 
 
 		 579 aa  89.7  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1295  DNA primase  28.64 
 
 		 686 aa  89.7  6e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.830099  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13800  DNA primase  27.03 
 
 		 657 aa  90.1  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0288236  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6776  DNA primase  29.31 
 
 		 627 aa  89.4  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.258909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2227  DNA primase  28.61 
 
 		 671 aa  89.7  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.914663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2526  DNA primase  30.21 
 
 		 624 aa  89.4  8e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1519  DNA primase  30.21 
 
 		 624 aa  89.4  8e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2385  DNA primase  30.21 
 
 		 624 aa  89.4  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0338  DNA primase  30.21 
 
 		 624 aa  89.4  8e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0372  DNA primase  30.21 
 
 		 624 aa  89.4  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0834  DNA primase  30.21 
 
 		 624 aa  89.4  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1712  DNA primase  30.21 
 
 		 624 aa  89.4  8e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3782  DNA primase  28.96 
 
 		 622 aa  89.4  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.18227  normal  0.0180999 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2867  DNA primase  28.46 
 
 		 633 aa  89.4  9e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00143827  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3256  DNA primase  28.96 
 
 		 622 aa  89.4  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0530643 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0967  DNA primase  26.58 
 
 		 646 aa  89  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0290559  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>