More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2234 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_2234  DNA primase  100 
 
 
621 aa  1248    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0980  DNA primase  55.61 
 
 
625 aa  615  1e-175  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.416677  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0432  DNA primase  53.39 
 
 
623 aa  593  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401206  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2316  DNA primase  42.11 
 
 
633 aa  436  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.102416  normal  0.0205007 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0970  DNA primase  49.64 
 
 
680 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0143224 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6776  DNA primase  44.44 
 
 
627 aa  395  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.258909  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7521  DNA primase  45.06 
 
 
629 aa  391  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1239  DNA primase  47.82 
 
 
639 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0572  DNA primase  43.38 
 
 
629 aa  392  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.26895  normal  0.474628 
 
 
-
 
NC_004310  BR1480  DNA primase  49.1 
 
 
655 aa  382  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0622  DNA primase  46.05 
 
 
641 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.156261 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0611  DNA primase  45.61 
 
 
641 aa  380  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753185  normal  0.102101 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1436  DNA primase  49.1 
 
 
681 aa  382  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1464  DNA primase  41.79 
 
 
639 aa  380  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1686  DNA primase  49.65 
 
 
656 aa  381  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481097  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0587  DNA primase  47.24 
 
 
642 aa  381  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.356346  normal  0.0328717 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2142  DNA primase  39.47 
 
 
669 aa  377  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512504  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3298  DNA primase  41.99 
 
 
665 aa  375  1e-103  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.877456 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4263  DNA primase  42.22 
 
 
641 aa  374  1e-102  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.664624 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6776  DNA primase  48.81 
 
 
671 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2883  DNA primase  43.2 
 
 
620 aa  370  1e-101  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.257666  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4073  DNA primase  41.63 
 
 
646 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.302431 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1480  DNA primase  39.93 
 
 
669 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2130  DNA primase  41.99 
 
 
613 aa  371  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.281855 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2227  DNA primase  46.53 
 
 
671 aa  368  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.914663  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0397  DNA primase  43.24 
 
 
643 aa  365  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3973  DNA primase  45.96 
 
 
685 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2050  DNA primase  40.12 
 
 
643 aa  364  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.279269  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3449  DNA primase  38.85 
 
 
646 aa  362  1e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.91477 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4132  DNA primase  41.17 
 
 
683 aa  361  2e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0840  DNA primase  46.79 
 
 
654 aa  360  4e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2703  DNA primase  41.03 
 
 
666 aa  360  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2962  DNA primase  40.07 
 
 
669 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2867  DNA primase  40.44 
 
 
633 aa  359  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00143827  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1626  DNA primase  36.48 
 
 
647 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00201523 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0967  DNA primase  38.73 
 
 
646 aa  357  5e-97  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0290559  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2441  DNA primase  40.35 
 
 
634 aa  356  6.999999999999999e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0792467  normal  0.214631 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3106  DNA primase  45.6 
 
 
678 aa  355  1e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529982  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0641  DNA primase  45.39 
 
 
572 aa  349  7e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2262  DNA primase  43.08 
 
 
650 aa  336  9e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.9199 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0861  DNA primase  48.56 
 
 
609 aa  335  2e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0925176  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  41.88 
 
 
581 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  41.88 
 
 
581 aa  332  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  41.88 
 
 
581 aa  332  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  41.88 
 
 
581 aa  332  1e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  41.88 
 
 
581 aa  332  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  41.88 
 
 
581 aa  332  1e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  41.88 
 
 
581 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  41.78 
 
 
585 aa  332  2e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  41.65 
 
 
581 aa  330  7e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  41.65 
 
 
581 aa  330  7e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3034  DNA primase  40.86 
 
 
619 aa  328  3e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.514313  normal  0.0365839 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  43.85 
 
 
613 aa  326  6e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0659  DNA primase  41.63 
 
 
583 aa  325  1e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.250836  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  38.14 
 
 
586 aa  325  2e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  39.77 
 
 
584 aa  324  2e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  40.33 
 
 
584 aa  323  5e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  41.97 
 
 
582 aa  322  9.999999999999999e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  39.73 
 
 
582 aa  322  9.999999999999999e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  41.97 
 
 
582 aa  322  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  41.97 
 
 
582 aa  322  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  39.22 
 
 
574 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  39.22 
 
 
574 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0806  DNA primase  36 
 
 
639 aa  320  5e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  42.68 
 
 
576 aa  320  6e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000348842  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1145  DNA primase  39.71 
 
 
574 aa  320  6e-86  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000553498  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  43.04 
 
 
581 aa  320  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  38.65 
 
 
575 aa  320  7e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  43.04 
 
 
581 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  43.04 
 
 
581 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  43.04 
 
 
581 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  43.04 
 
 
581 aa  319  7.999999999999999e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  40.47 
 
 
581 aa  318  1e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  39.22 
 
 
574 aa  319  1e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  39.34 
 
 
574 aa  318  2e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000782839  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  38.81 
 
 
574 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1222  DNA primase  39.5 
 
 
574 aa  317  3e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0573251  normal  0.615941 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3168  DNA primase  39.5 
 
 
574 aa  317  4e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00053583  normal  0.343709 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  43.32 
 
 
576 aa  317  4e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  43.12 
 
 
660 aa  317  5e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1189  DNA primase  39.29 
 
 
574 aa  317  6e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0497692  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  39.45 
 
 
575 aa  316  7e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  42.89 
 
 
660 aa  316  8e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0959  DNA primase  39.53 
 
 
576 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000094448  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  41.84 
 
 
655 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  42.35 
 
 
656 aa  315  1.9999999999999998e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  36.76 
 
 
652 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  38.81 
 
 
573 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  42.49 
 
 
663 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  40.47 
 
 
584 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  39.86 
 
 
609 aa  313  3.9999999999999997e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0264  DNA primase  40.74 
 
 
594 aa  313  4.999999999999999e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.822275  normal  0.137236 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  43.5 
 
 
638 aa  313  5.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  42.66 
 
 
660 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  42.42 
 
 
660 aa  312  1e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  37.48 
 
 
574 aa  312  1e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  39.76 
 
 
584 aa  311  2e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  42.25 
 
 
664 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  41.61 
 
 
651 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  38.38 
 
 
601 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>