More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2867 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2441  DNA primase  89.75 
 
 		 634 aa  1168    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0792467  normal  0.214631 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2867  DNA primase  100 
 
 		 633 aa  1292    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00143827  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6776  DNA primase  60.89 
 
 		 671 aa  511  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.255094 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4132  DNA primase  60.14 
 
 		 683 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1480  DNA primase  61.48 
 
 		 669 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1239  DNA primase  57.6 
 
 		 639 aa  506  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3973  DNA primase  59.66 
 
 		 685 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0970  DNA primase  59.45 
 
 		 680 aa  501  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0143224 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3298  DNA primase  53.93 
 
 		 665 aa  491  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.877456 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1626  DNA primase  56.19 
 
 		 647 aa  484  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00201523 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7521  DNA primase  49.18 
 
 		 629 aa  478  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6776  DNA primase  49.69 
 
 		 627 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.258909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0622  DNA primase  53.53 
 
 		 641 aa  462  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.156261 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0587  DNA primase  53.28 
 
 		 642 aa  462  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.356346  normal  0.0328717 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0611  DNA primase  53.28 
 
 		 641 aa  462  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753185  normal  0.102101 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2316  DNA primase  51.15 
 
 		 633 aa  458  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.102416  normal  0.0205007 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0572  DNA primase  47.08 
 
 		 629 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.26895  normal  0.474628 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0967  DNA primase  47.1 
 
 		 646 aa  420  1e-116  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0290559  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1480  DNA primase  47.83 
 
 		 655 aa  416  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1686  DNA primase  48.51 
 
 		 656 aa  418  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.481097  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1436  DNA primase  47.83 
 
 		 681 aa  415  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1464  DNA primase  40.17 
 
 		 639 aa  412  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2227  DNA primase  42 
 
 		 671 aa  403  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.914663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4263  DNA primase  47.79 
 
 		 641 aa  391  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.664624 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3106  DNA primase  38.39 
 
 		 678 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.529982  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2703  DNA primase  40.61 
 
 		 666 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2962  DNA primase  40 
 
 		 669 aa  380  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.137864 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2130  DNA primase  45.87 
 
 		 613 aa  382  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.281855 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0432  DNA primase  39.1 
 
 		 623 aa  367  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.401206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0980  DNA primase  41.85 
 
 		 625 aa  365  2e-99  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.416677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2883  DNA primase  37.06 
 
 		 620 aa  363  4e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.257666  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2234  DNA primase  40.44 
 
 		 621 aa  359  9.999999999999999e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2142  DNA primase  41.79 
 
 		 669 aa  333  5e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.512504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3449  DNA primase  33.71 
 
 		 646 aa  331  2e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.91477 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0397  DNA primase  41.79 
 
 		 643 aa  330  4e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0840  DNA primase  41.55 
 
 		 654 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.479198 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4073  DNA primase  41.96 
 
 		 646 aa  328  2.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.302431 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  44.39 
 
 		 613 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2050  DNA primase  41.55 
 
 		 643 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.279269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2262  DNA primase  37.9 
 
 		 650 aa  326  7e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.9199 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  38.11 
 
 		 581 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  38.11 
 
 		 581 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  38.11 
 
 		 581 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  38.11 
 
 		 581 aa  322  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  38.11 
 
 		 581 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  38.11 
 
 		 581 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  38.11 
 
 		 581 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  38.11 
 
 		 581 aa  322  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  38.11 
 
 		 581 aa  321  3e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  37.47 
 
 		 581 aa  316  9.999999999999999e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  38.03 
 
 		 582 aa  314  2.9999999999999996e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  38.03 
 
 		 582 aa  314  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  38.66 
 
 		 582 aa  314  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  38.03 
 
 		 582 aa  314  2.9999999999999996e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  41.69 
 
 		 663 aa  312  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  40.67 
 
 		 664 aa  312  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  36.65 
 
 		 584 aa  310  5.9999999999999995e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  36.84 
 
 		 584 aa  310  6.999999999999999e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  39.81 
 
 		 655 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  36.67 
 
 		 584 aa  307  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  36.67 
 
 		 584 aa  306  9.000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  41.67 
 
 		 638 aa  303  5.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  41.18 
 
 		 663 aa  301  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  39 
 
 		 660 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  36.58 
 
 		 581 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  36.58 
 
 		 581 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  36.58 
 
 		 581 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  36.58 
 
 		 581 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  39.95 
 
 		 656 aa  300  4e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  39.23 
 
 		 660 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  39.23 
 
 		 660 aa  300  6e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  36.52 
 
 		 574 aa  300  6e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000782839  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  36.36 
 
 		 581 aa  299  8e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  38.61 
 
 		 652 aa  299  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1145  DNA primase  36.31 
 
 		 574 aa  299  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000553498  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  41.01 
 
 		 574 aa  298  2e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  39 
 
 		 660 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  37.06 
 
 		 585 aa  297  3e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3034  DNA primase  35.28 
 
 		 619 aa  298  3e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.514313  normal  0.0365839 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1739  DNA primase  36.19 
 
 		 577 aa  297  4e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.768816  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3168  DNA primase  36.09 
 
 		 574 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00053583  normal  0.343709 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  36.02 
 
 		 574 aa  296  5e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1222  DNA primase  36.09 
 
 		 574 aa  296  7e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0573251  normal  0.615941 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  36.02 
 
 		 574 aa  296  7e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1807  DNA primase  37.95 
 
 		 577 aa  296  8e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  38.85 
 
 		 651 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1189  DNA primase  36.09 
 
 		 574 aa  296  1e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0497692  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  39.33 
 
 		 575 aa  296  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  40.21 
 
 		 576 aa  295  2e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000348842  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2708  DNA primase  41.79 
 
 		 549 aa  295  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0311  DNA primase  37.84 
 
 		 583 aa  294  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  35.94 
 
 		 573 aa  294  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0323  DNA primase  38.48 
 
 		 579 aa  294  3e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.119133 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  35.81 
 
 		 574 aa  294  3e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  35.67 
 
 		 574 aa  294  4e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  38.64 
 
 		 588 aa  293  5e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0264  DNA primase  41.38 
 
 		 594 aa  293  6e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.822275  normal  0.137236 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04097  DNA primase  35.31 
 
 		 582 aa  293  6e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  38.11 
 
 		 586 aa  291  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  36.52 
 
 		 576 aa  291  3e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>