More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1233 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1233  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.333382 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2008  two component transcriptional regulator  87.83 
 
 		 251 aa  378  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.857325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3011  two component transcriptional regulator, winged helix family  72 
 
 		 226 aa  322  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.267721  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3012  two component transcriptional regulator  68.97 
 
 		 258 aa  318  3.9999999999999996e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.642179 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1641  two component transcriptional regulator  70.22 
 
 		 243 aa  312  1.9999999999999998e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179821  normal  0.0712727 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2073  two component transcriptional regulator, winged helix family  70.22 
 
 		 228 aa  312  2.9999999999999996e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.847769  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2517  two component transcriptional regulator  70.04 
 
 		 240 aa  309  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0413154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2570  two component transcriptional regulator  66.67 
 
 		 222 aa  287  9e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000747651 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3437  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 225 aa  179  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3585  two component transcriptional regulator  48.43 
 
 		 224 aa  179  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2964  transcriptional regulator TctD  45.74 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947102 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2981  transcriptional regulator TctD  45.74 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.510212 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3084  transcriptional regulator TctD  45.74 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2928  transcriptional regulatory protein TctD  45.74 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.501058  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2897  DNA-binding response regulator TctD  45.74 
 
 		 224 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1627  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 		 230 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3332  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.22 
 
 		 221 aa  175  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3340  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 		 224 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0836001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0160  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.49 
 
 		 229 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4141  two component transcriptional regulator  46.02 
 
 		 224 aa  172  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0723203  normal  0.19792 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1764  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 226 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.807336  hitchhiker  0.00538862 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3270  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 224 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424776  normal  0.538433 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4247  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 224 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29812  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4119  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 224 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386662  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3669  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 224 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2101  two component transcriptional regulator  45.74 
 
 		 226 aa  169  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49450  response regulator TctD  45.29 
 
 		 223 aa  169  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.537816  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3934  DNA-binding response regulator  42.6 
 
 		 223 aa  168  8e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2935  putative response regulator transcription regulator protein  47.79 
 
 		 235 aa  166  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3212  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.419022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2755  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.795661  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2865  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.98 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4343  two component transcriptional regulator  45.98 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5339  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 222 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1724  DNA-binding response regulator TctD  44.69 
 
 		 267 aa  165  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0825207  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  43.05 
 
 		 221 aa  165  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3802  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711494  normal  0.282515 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0952  DNA-binding response regulator TctD  45.09 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1459  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  45.09 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  45.09 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1501  DNA-binding response regulator TctD  45.09 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1127  DNA-binding response regulator TctD  45.29 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2277  DNA-binding response regulator TctD  45.09 
 
 		 287 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3228  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.74 
 
 		 236 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2580  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.3 
 
 		 231 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2401  two component transcriptional regulator  43.42 
 
 		 227 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5059  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.7 
 
 		 222 aa  161  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4764  two-component response regulator  43.36 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343356  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0008  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3924  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.26 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.154255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4231  DNA-binding response regulator TctD  43.05 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3965  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  43.05 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3057  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 228 aa  159  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1354  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.776412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10613  two component system DNA binding transcriptional regulatory protein tcrA  42.79 
 
 		 253 aa  159  3e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499525  normal  0.750249 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1364  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.74 
 
 		 224 aa  159  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3958  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 237 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  45.61 
 
 		 220 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3535  two component transcriptional regulator  42.49 
 
 		 234 aa  158  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.58717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0074  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.948307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3256  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0093  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.51453 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2980  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0066  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.530384  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0075  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0075  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.280185  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1060  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 223 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54510  two-component response regulator  42.48 
 
 		 223 aa  157  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.377152 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4078  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0729773  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2924  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_4004  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0429  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.6 
 
 		 223 aa  157  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.199286  decreased coverage  0.000258733 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1619  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0208  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.857207  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3339  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2983  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1450  two component transcriptional regulator  42.48 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3386  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1421  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.6 
 
 		 230 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283266  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.73 
 
 		 220 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0454  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 235 aa  156  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3552  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.45 
 
 		 236 aa  156  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4301  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 		 223 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6288  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.05 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0171319  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0357  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 226 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3389  two component transcriptional regulator  42.06 
 
 		 234 aa  156  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4391  two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 223 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1420  winged helix family two component transcriptional regulator  43.05 
 
 		 223 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.448392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1533  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 223 aa  155  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.649703 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0498  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 223 aa  155  7e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313695 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0813  DNA-binding response regulator  41.26 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0618873  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2700  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 282 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.469389  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0809  DNA-binding response regulator  40.81 
 
 		 247 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0286  response regulator receiver protein  41.26 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3120  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 239 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3950  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0496  two component transcriptional regulator  41.07 
 
 		 225 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 223 aa  153  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>