76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3697 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3697  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  100 
 
 		 266 aa  541  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02060  hypothetical protein  59.23 
 
 		 278 aa  351  7e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520939  normal  0.571612 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0245  hypothetical protein  59.23 
 
 		 278 aa  351  7e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1700  hypothetical protein  62.22 
 
 		 261 aa  351  8e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1698  hypothetical protein  61.11 
 
 		 261 aa  343  1e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3618  hypothetical protein  61.42 
 
 		 260 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115342  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4293  hypothetical protein  60.37 
 
 		 260 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1576  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  60.67 
 
 		 260 aa  335  5e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3856  hypothetical protein  60.3 
 
 		 260 aa  330  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00178481  normal  0.564772 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3671  hypothetical protein  59.26 
 
 		 261 aa  322  5e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1804  hypothetical protein  58.15 
 
 		 261 aa  315  4e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0626239  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3855  hypothetical protein  60.82 
 
 		 284 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0979699  normal  0.713498 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3617  hypothetical protein  60.82 
 
 		 261 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0375428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4291  hypothetical protein  60.41 
 
 		 261 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1577  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  60.41 
 
 		 261 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3214  hypothetical protein  53.85 
 
 		 268 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2592  nucleoside-binding outer membrane protein  53.08 
 
 		 268 aa  271  7e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.416008 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0461  hypothetical protein  44.49 
 
 		 250 aa  203  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0462  hypothetical protein  43.02 
 
 		 250 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00130481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3073  hypothetical protein  43.65 
 
 		 251 aa  193  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0238375  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0413  hypothetical protein  42.64 
 
 		 250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.977542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3389  hypothetical protein  43.61 
 
 		 251 aa  188  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00215189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4508  hypothetical protein  40 
 
 		 250 aa  183  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.237235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0492  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  39.33 
 
 		 250 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000160917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0489  hypothetical protein  38.95 
 
 		 250 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000981799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0468  hypothetical protein  38.95 
 
 		 250 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000281501  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3851  hypothetical protein  39.33 
 
 		 250 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0452291  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0544  hypothetical protein  37.97 
 
 		 250 aa  175  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000326106  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3679  hypothetical protein  39.53 
 
 		 250 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0284056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3504  hypothetical protein  39.53 
 
 		 250 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0448  hypothetical protein  39.53 
 
 		 250 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4131  hypothetical protein  39.7 
 
 		 250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3402  hypothetical protein  42.48 
 
 		 250 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2763  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  40.14 
 
 		 286 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.251865  normal  0.794833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4054  hypothetical protein  37.97 
 
 		 242 aa  152  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3976  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  39.5 
 
 		 262 aa  146  3e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000541292 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3888  hypothetical protein  38.24 
 
 		 262 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00561363  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0704  hypothetical protein  36.86 
 
 		 256 aa  137  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1461  hypothetical protein  33.48 
 
 		 242 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0083992  normal  0.0205194 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4879  hypothetical protein  31.39 
 
 		 275 aa  112  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000399602  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0870  hypothetical protein  28.57 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01608  hypothetical protein  26.81 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0854  hypothetical protein  27.44 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0194  hypothetical protein  33.02 
 
 		 278 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.7975  normal  0.0633994 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1228  hypothetical protein  41.59 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6604  hypothetical protein  41.59 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.156691 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0640  hypothetical protein  26.32 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0198  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  34.18 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0187  hypothetical protein  33.54 
 
 		 265 aa  62.4  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002697  outer membrane protein OmpK  27.69 
 
 		 272 aa  60.8  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.302081  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0177  hypothetical protein  33.54 
 
 		 265 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.713561  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3454  hypothetical protein  25.8 
 
 		 274 aa  58.9  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0269965 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1772  hypothetical protein  21.32 
 
 		 284 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.807545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0802  hypothetical protein  24.39 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1893  nucleoside-specific channel-forming protein  28.42 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03287  hypothetical protein  26.6 
 
 		 273 aa  57  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02890  hypothetical protein  20.86 
 
 		 277 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.585077  hitchhiker  0.00223005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0320  hypothetical protein  21.4 
 
 		 277 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1024  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  26.19 
 
 		 295 aa  49.3  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000282973  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3231  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  27.09 
 
 		 285 aa  48.9  0.00009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000002039  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2816  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  24.26 
 
 		 277 aa  48.5  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000631711  unclonable  0.00000283394 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2823  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  28.89 
 
 		 279 aa  47  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000597906  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1139  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.73 
 
 		 283 aa  45.8  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567301  unclonable  0.00000000000471998 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01770  putative nucleoside-binding outer membrane protein  30.3 
 
 		 282 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0718  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3367  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  26.57 
 
 		 289 aa  45.8  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000101971  hitchhiker  0.00176833 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3573  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  30.61 
 
 		 286 aa  44.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.772906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1001  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  27.78 
 
 		 279 aa  43.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000919402  n/a   
 
 
 
NC_009436  Ent638_0879  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  27.2 
 
 		 294 aa  43.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.543775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0451  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  27.78 
 
 		 287 aa  42.7  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0453  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  27.78 
 
 		 287 aa  42.7  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0471  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  27.78 
 
 		 287 aa  42.7  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0513  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  27.78 
 
 		 287 aa  42.7  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0459  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  27.78 
 
 		 287 aa  42.7  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1101  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  27.78 
 
 		 279 aa  42.4  0.008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000152935  unclonable  0.0000213544 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1036  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  27.78 
 
 		 279 aa  42.4  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000103481  unclonable  0.0000000000147865 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1040  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  26.67 
 
 		 279 aa  42  0.01  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000125932  unclonable  0.0000000000727651 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>