87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3402 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3402  hypothetical protein  100 
 
 		 250 aa  513  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3679  hypothetical protein  75.2 
 
 		 250 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0284056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3504  hypothetical protein  75.2 
 
 		 250 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3389  hypothetical protein  76 
 
 		 251 aa  410  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00215189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0448  hypothetical protein  74.8 
 
 		 250 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0544  hypothetical protein  74 
 
 		 250 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000326106  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4131  hypothetical protein  74.4 
 
 		 250 aa  409  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0492  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  72.8 
 
 		 250 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000160917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0489  hypothetical protein  73.2 
 
 		 250 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000981799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0468  hypothetical protein  73.2 
 
 		 250 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000281501  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3851  hypothetical protein  72.4 
 
 		 250 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0452291  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0413  hypothetical protein  71.2 
 
 		 250 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.977542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0462  hypothetical protein  67.2 
 
 		 250 aa  375  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00130481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3073  hypothetical protein  69.32 
 
 		 251 aa  368  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0238375  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4508  hypothetical protein  64 
 
 		 250 aa  358  4e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.237235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0461  hypothetical protein  64.8 
 
 		 250 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3618  hypothetical protein  48.28 
 
 		 260 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1698  hypothetical protein  46.97 
 
 		 261 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425272  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4293  hypothetical protein  46.15 
 
 		 260 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1576  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  45.77 
 
 		 260 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3856  hypothetical protein  46.36 
 
 		 260 aa  205  5e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00178481  normal  0.564772 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0245  hypothetical protein  45.45 
 
 		 278 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02060  hypothetical protein  45.45 
 
 		 278 aa  195  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520939  normal  0.571612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1700  hypothetical protein  44.36 
 
 		 261 aa  195  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1804  hypothetical protein  46.09 
 
 		 261 aa  193  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0626239  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3671  hypothetical protein  45.68 
 
 		 261 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3855  hypothetical protein  45.49 
 
 		 284 aa  185  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0979699  normal  0.713498 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3617  hypothetical protein  44.44 
 
 		 261 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0375428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1577  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  44.67 
 
 		 261 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4291  hypothetical protein  44.67 
 
 		 261 aa  181  7e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3697  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  43.37 
 
 		 266 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2592  nucleoside-binding outer membrane protein  39.23 
 
 		 268 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.416008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3214  hypothetical protein  37.93 
 
 		 268 aa  158  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2763  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  34.98 
 
 		 286 aa  141  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.251865  normal  0.794833 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3976  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  35.62 
 
 		 262 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000541292 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3888  hypothetical protein  35.62 
 
 		 262 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00561363  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4054  hypothetical protein  33.33 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1461  hypothetical protein  31.67 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0083992  normal  0.0205194 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0704  hypothetical protein  33.2 
 
 		 256 aa  113  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4879  hypothetical protein  32.31 
 
 		 275 aa  86.3  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000399602  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0194  hypothetical protein  32.46 
 
 		 278 aa  81.6  0.000000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.7975  normal  0.0633994 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0198  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  31.6 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0187  hypothetical protein  30.13 
 
 		 265 aa  67  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0177  hypothetical protein  30.13 
 
 		 265 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.713561  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1024  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  26.29 
 
 		 295 aa  62.4  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000282973  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1001  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  27.19 
 
 		 279 aa  60.5  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000919402  n/a   
 
 
 
NC_011138  MADE_01608  hypothetical protein  26.27 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1215  outer membrane protein OmpK, putative  31.97 
 
 		 283 aa  55.8  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0879  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  24.32 
 
 		 294 aa  52.4  0.000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.543775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2816  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  27.97 
 
 		 277 aa  51.6  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000631711  unclonable  0.00000283394 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1139  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  26.24 
 
 		 283 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567301  unclonable  0.00000000000471998 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1036  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  25.98 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000103481  unclonable  0.0000000000147865 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1101  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  25.98 
 
 		 279 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000152935  unclonable  0.0000213544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1040  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  25.49 
 
 		 279 aa  50.4  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000125932  unclonable  0.0000000000727651 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2823  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  25.74 
 
 		 279 aa  50.1  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000597906  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3231  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  26.24 
 
 		 285 aa  49.7  0.00005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000002039  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2072  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  24.1 
 
 		 293 aa  48.9  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3228  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  23.63 
 
 		 301 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000169174  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3367  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  25.37 
 
 		 289 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000101971  hitchhiker  0.00176833 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0453  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  29.79 
 
 		 287 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0451  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  29.79 
 
 		 287 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0802  hypothetical protein  23.1 
 
 		 286 aa  47  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0513  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  29.79 
 
 		 287 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0459  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  29.79 
 
 		 287 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0471  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  29.79 
 
 		 287 aa  47  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3573  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.76 
 
 		 286 aa  47  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.772906  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3379  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  25.57 
 
 		 278 aa  46.6  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000573921  hitchhiker  0.00247146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00363  hypothetical protein  23.46 
 
 		 294 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.502644  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3198  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  23.46 
 
 		 294 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0134636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0493  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  23.46 
 
 		 294 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.521942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6735  hypothetical protein  22.47 
 
 		 286 aa  45.8  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0445  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  23.46 
 
 		 294 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3222  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  23.46 
 
 		 294 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.904335  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0442  nucleoside-specific channel-forming protein  23.46 
 
 		 294 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0482  nucleoside-specific channel-forming protein  23.46 
 
 		 294 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00359  nucleoside channel, receptor of phage T6 and colicin K  23.46 
 
 		 294 aa  45.8  0.0007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.527354  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3550  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  30.25 
 
 		 277 aa  45.4  0.0008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000115802  decreased coverage  0.000000668539 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3759  Nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx-like protein  29.33 
 
 		 270 aa  45.4  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002697  outer membrane protein OmpK  30.43 
 
 		 272 aa  45.4  0.0008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.302081  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01770  putative nucleoside-binding outer membrane protein  29.66 
 
 		 282 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0718  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0332  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  23.08 
 
 		 294 aa  43.9  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.188825  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0668  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  23.47 
 
 		 287 aa  43.5  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0110  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  26.32 
 
 		 289 aa  42.7  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0629  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  26.63 
 
 		 287 aa  42.7  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6604  hypothetical protein  33.82 
 
 		 260 aa  42  0.009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.156691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1228  hypothetical protein  33.82 
 
 		 260 aa  42  0.009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3049  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  24.34 
 
 		 287 aa  42  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000184608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>