64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4293 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4293  hypothetical protein  100 
 
 		 260 aa  533  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1576  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  99.62 
 
 		 260 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3856  hypothetical protein  95.77 
 
 		 260 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00178481  normal  0.564772 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3618  hypothetical protein  93.08 
 
 		 260 aa  500  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1698  hypothetical protein  81.85 
 
 		 261 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1700  hypothetical protein  72.31 
 
 		 261 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1804  hypothetical protein  75.29 
 
 		 261 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0626239  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3671  hypothetical protein  78.48 
 
 		 261 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4291  hypothetical protein  71.9 
 
 		 261 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3855  hypothetical protein  71.9 
 
 		 284 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0979699  normal  0.713498 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1577  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  71.9 
 
 		 261 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3617  hypothetical protein  71.9 
 
 		 261 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0375428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02060  hypothetical protein  65.94 
 
 		 278 aa  363  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520939  normal  0.571612 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0245  hypothetical protein  65.94 
 
 		 278 aa  363  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3697  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  63.67 
 
 		 266 aa  328  8e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2592  nucleoside-binding outer membrane protein  55.14 
 
 		 268 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.416008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3214  hypothetical protein  51.97 
 
 		 268 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0489  hypothetical protein  46.36 
 
 		 250 aa  215  5e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000981799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0461  hypothetical protein  46.69 
 
 		 250 aa  214  8e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0468  hypothetical protein  46.36 
 
 		 250 aa  214  8e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000281501  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3389  hypothetical protein  46.39 
 
 		 251 aa  214  8e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00215189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0462  hypothetical protein  47.1 
 
 		 250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00130481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3851  hypothetical protein  46.77 
 
 		 250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0452291  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0492  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  46.77 
 
 		 250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000160917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0544  hypothetical protein  45 
 
 		 250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000326106  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3073  hypothetical protein  49.59 
 
 		 251 aa  212  3.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0238375  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0448  hypothetical protein  45.38 
 
 		 250 aa  211  9e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3679  hypothetical protein  45.38 
 
 		 250 aa  211  1e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0284056  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4131  hypothetical protein  45.38 
 
 		 250 aa  211  1e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3504  hypothetical protein  45.38 
 
 		 250 aa  211  1e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0413  hypothetical protein  45.38 
 
 		 250 aa  209  4e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.977542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4508  hypothetical protein  45.31 
 
 		 250 aa  205  6e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.237235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3402  hypothetical protein  46.15 
 
 		 250 aa  204  8e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2763  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  40.57 
 
 		 286 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.251865  normal  0.794833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4054  hypothetical protein  36.88 
 
 		 242 aa  149  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3888  hypothetical protein  40.27 
 
 		 262 aa  139  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00561363  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3976  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  39.37 
 
 		 262 aa  139  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000541292 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1461  hypothetical protein  33.49 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0083992  normal  0.0205194 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0704  hypothetical protein  32.95 
 
 		 256 aa  116  5e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4879  hypothetical protein  33.96 
 
 		 275 aa  109  5e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000399602  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01608  hypothetical protein  29.56 
 
 		 259 aa  85.1  9e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0194  hypothetical protein  32.04 
 
 		 278 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.7975  normal  0.0633994 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0854  hypothetical protein  23.66 
 
 		 314 aa  74.3  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0870  hypothetical protein  24.24 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0198  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.68 
 
 		 265 aa  72.4  0.000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02890  hypothetical protein  24.54 
 
 		 277 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.585077  hitchhiker  0.00223005 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0187  hypothetical protein  29.22 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0320  hypothetical protein  24.9 
 
 		 277 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0177  hypothetical protein  28.44 
 
 		 265 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.713561  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0640  hypothetical protein  21.48 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1772  hypothetical protein  23.18 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.807545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0802  hypothetical protein  22.8 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3454  hypothetical protein  25.1 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0269965 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1228  hypothetical protein  33.63 
 
 		 260 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6604  hypothetical protein  33.63 
 
 		 260 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.156691 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6735  hypothetical protein  22.75 
 
 		 286 aa  50.4  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6201  putative signal peptide  24.62 
 
 		 338 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.224106 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1024  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  26.5 
 
 		 295 aa  48.1  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000282973  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002697  outer membrane protein OmpK  24.84 
 
 		 272 aa  47.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.302081  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1122  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  23.28 
 
 		 331 aa  44.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1893  nucleoside-specific channel-forming protein  25.44 
 
 		 296 aa  44.3  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2015  putative signal peptide  22.52 
 
 		 331 aa  43.5  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.46412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1696  putative signal peptide  22.52 
 
 		 331 aa  43.9  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.109221  normal  0.128505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4806  putative signal peptide  23.66 
 
 		 371 aa  42.4  0.008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal  0.0595664 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>