74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3888 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3888  hypothetical protein  100 
 
 		 262 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00561363  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3976  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  94.54 
 
 		 262 aa  473  1e-132  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000541292 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1461  hypothetical protein  38 
 
 		 242 aa  179  2.9999999999999997e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0083992  normal  0.0205194 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4293  hypothetical protein  40 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3618  hypothetical protein  38.55 
 
 		 260 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115342  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4054  hypothetical protein  32.8 
 
 		 242 aa  146  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1698  hypothetical protein  38.25 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1700  hypothetical protein  39.15 
 
 		 261 aa  145  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02060  hypothetical protein  36.23 
 
 		 278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520939  normal  0.571612 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0245  hypothetical protein  36.23 
 
 		 278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3856  hypothetical protein  40 
 
 		 260 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00178481  normal  0.564772 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1576  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  39.6 
 
 		 260 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3073  hypothetical protein  37.77 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0238375  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3697  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  38.14 
 
 		 266 aa  141  9e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1804  hypothetical protein  39.57 
 
 		 261 aa  138  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0626239  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0462  hypothetical protein  34.4 
 
 		 250 aa  137  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00130481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3389  hypothetical protein  36.25 
 
 		 251 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00215189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4508  hypothetical protein  34.65 
 
 		 250 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.237235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2763  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  36.62 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.251865  normal  0.794833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0448  hypothetical protein  35.14 
 
 		 250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4131  hypothetical protein  34.75 
 
 		 250 aa  135  5e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3671  hypothetical protein  38.6 
 
 		 261 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3504  hypothetical protein  34.75 
 
 		 250 aa  135  8e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3679  hypothetical protein  34.75 
 
 		 250 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0284056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0413  hypothetical protein  34.36 
 
 		 250 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.977542  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4291  hypothetical protein  38.46 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1577  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  38.46 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3855  hypothetical protein  37.56 
 
 		 284 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0979699  normal  0.713498 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0489  hypothetical protein  34.75 
 
 		 250 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000981799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3617  hypothetical protein  38.29 
 
 		 261 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0375428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0468  hypothetical protein  34.75 
 
 		 250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000281501  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0544  hypothetical protein  35.36 
 
 		 250 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000326106  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3851  hypothetical protein  33.98 
 
 		 250 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0452291  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3402  hypothetical protein  34.39 
 
 		 250 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0492  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  33.98 
 
 		 250 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000160917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0461  hypothetical protein  32.68 
 
 		 250 aa  129  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0194  hypothetical protein  38.68 
 
 		 278 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.7975  normal  0.0633994 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3214  hypothetical protein  34.65 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2592  nucleoside-binding outer membrane protein  33.2 
 
 		 268 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.416008 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0198  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  34.96 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0187  hypothetical protein  34.96 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0177  hypothetical protein  35.22 
 
 		 265 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.713561  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0704  hypothetical protein  29.67 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4879  hypothetical protein  28.52 
 
 		 275 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000399602  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0870  hypothetical protein  26.98 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0854  hypothetical protein  26.3 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0640  hypothetical protein  23.6 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01608  hypothetical protein  26.2 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6735  hypothetical protein  27.63 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1772  hypothetical protein  25.78 
 
 		 284 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.807545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3454  hypothetical protein  23.37 
 
 		 274 aa  60.5  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0269965 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2143  putative signal peptide  25.86 
 
 		 339 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00697757  normal  0.275291 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6604  hypothetical protein  22.9 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.156691 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1228  hypothetical protein  22.9 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4345  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  27.8 
 
 		 323 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0802  hypothetical protein  26.03 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0320  hypothetical protein  22.31 
 
 		 277 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02890  hypothetical protein  20.53 
 
 		 277 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.585077  hitchhiker  0.00223005 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3379  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  27.27 
 
 		 278 aa  47.4  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000573921  hitchhiker  0.00247146 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1024  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  26.34 
 
 		 295 aa  45.8  0.0006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000282973  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1001  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  26.74 
 
 		 279 aa  46.2  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000919402  n/a   
 
 
 
NC_010725  Mpop_1122  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  24.37 
 
 		 331 aa  45.8  0.0007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1696  putative signal peptide  25.63 
 
 		 331 aa  45.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.109221  normal  0.128505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2015  putative signal peptide  25.63 
 
 		 331 aa  45.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.46412  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1215  outer membrane protein OmpK, putative  25.85 
 
 		 283 aa  44.7  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1036  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  29.92 
 
 		 279 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000103481  unclonable  0.0000000000147865 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1101  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  29.92 
 
 		 279 aa  44.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000152935  unclonable  0.0000213544 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3231  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.57 
 
 		 285 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000002039  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1040  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  29.13 
 
 		 279 aa  43.9  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000125932  unclonable  0.0000000000727651 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2823  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  25.58 
 
 		 279 aa  43.5  0.004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000597906  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0110  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  28.18 
 
 		 289 aa  42.7  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2816  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  27.1 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000631711  unclonable  0.00000283394 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3367  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  28.1 
 
 		 289 aa  43.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000101971  hitchhiker  0.00176833 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1139  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  28.7 
 
 		 283 aa  42  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567301  unclonable  0.00000000000471998 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>