52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3454 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3454  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  555  1e-157  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0269965 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0802  hypothetical protein  42.11 
 
 		 286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0640  hypothetical protein  37.69 
 
 		 295 aa  178  8e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0870  hypothetical protein  40.43 
 
 		 304 aa  177  1e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0854  hypothetical protein  39.58 
 
 		 314 aa  174  9.999999999999999e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1772  hypothetical protein  35.97 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.807545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02890  hypothetical protein  33.21 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.585077  hitchhiker  0.00223005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0320  hypothetical protein  33.72 
 
 		 277 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4345  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  29.03 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2143  putative signal peptide  33.74 
 
 		 339 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00697757  normal  0.275291 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4879  hypothetical protein  27.04 
 
 		 275 aa  96.7  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000399602  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1696  putative signal peptide  31.7 
 
 		 331 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.109221  normal  0.128505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2015  putative signal peptide  31.7 
 
 		 331 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.46412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6201  putative signal peptide  32.93 
 
 		 338 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.224106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1122  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  30.94 
 
 		 331 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4806  putative signal peptide  29.05 
 
 		 371 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.974296  normal  0.0595664 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3618  hypothetical protein  27.17 
 
 		 260 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115342  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3671  hypothetical protein  25.2 
 
 		 261 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3856  hypothetical protein  26.36 
 
 		 260 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00178481  normal  0.564772 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1698  hypothetical protein  25.19 
 
 		 261 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425272  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4293  hypothetical protein  25.3 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1576  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  25.3 
 
 		 260 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1804  hypothetical protein  25 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0626239  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2064  hypothetical protein  31.54 
 
 		 364 aa  65.9  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.186488  normal  0.204631 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3697  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  24.81 
 
 		 266 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1461  hypothetical protein  23.91 
 
 		 242 aa  63.5  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0083992  normal  0.0205194 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3214  hypothetical protein  25.9 
 
 		 268 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1700  hypothetical protein  22.5 
 
 		 261 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2592  nucleoside-binding outer membrane protein  25.98 
 
 		 268 aa  62.4  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.416008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0245  hypothetical protein  24.3 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3976  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  24.05 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000541292 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2061  hypothetical protein  26.95 
 
 		 364 aa  62  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.377707 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02060  hypothetical protein  24.3 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520939  normal  0.571612 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3888  hypothetical protein  24.05 
 
 		 262 aa  59.7  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00561363  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4054  hypothetical protein  23.14 
 
 		 242 aa  59.7  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3855  hypothetical protein  22.87 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0979699  normal  0.713498 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0194  hypothetical protein  25.3 
 
 		 278 aa  56.2  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.7975  normal  0.0633994 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2062  hypothetical protein  25.53 
 
 		 364 aa  55.8  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.335089  normal  0.204631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1577  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  22.87 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4291  hypothetical protein  22.87 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0413  hypothetical protein  25.9 
 
 		 250 aa  55.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.977542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3617  hypothetical protein  21.71 
 
 		 261 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0375428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0462  hypothetical protein  26.91 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00130481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3389  hypothetical protein  26.36 
 
 		 251 aa  51.2  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00215189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2763  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  24.52 
 
 		 286 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.251865  normal  0.794833 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0177  hypothetical protein  26.03 
 
 		 265 aa  48.9  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.713561  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01608  hypothetical protein  23.75 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0187  hypothetical protein  26.03 
 
 		 265 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0198  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  25.86 
 
 		 265 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3073  hypothetical protein  27.47 
 
 		 251 aa  48.5  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0238375  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0461  hypothetical protein  27.52 
 
 		 250 aa  47.8  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4508  hypothetical protein  22.66 
 
 		 250 aa  44.3  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.237235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>