55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3379 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3379  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  100 
 
 		 278 aa  559  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000573921  hitchhiker  0.00247146 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2816  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  76.62 
 
 		 277 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000631711  unclonable  0.00000283394 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3049  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  74.57 
 
 		 287 aa  391  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000184608  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3550  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  75.36 
 
 		 277 aa  388  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000115802  decreased coverage  0.000000668539 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1215  outer membrane protein OmpK, putative  73.43 
 
 		 283 aa  384  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1001  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  70.92 
 
 		 279 aa  384  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000919402  n/a   
 
 
 
NC_008577  Shewana3_1040  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  69.5 
 
 		 279 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000125932  unclonable  0.0000000000727651 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1036  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  69.86 
 
 		 279 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000103481  unclonable  0.0000000000147865 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1101  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  69.86 
 
 		 279 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000152935  unclonable  0.0000213544 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1139  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  70.57 
 
 		 283 aa  364  1e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567301  unclonable  0.00000000000471998 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2823  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  68.44 
 
 		 279 aa  358  5e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000597906  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1024  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  64.98 
 
 		 295 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000282973  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3231  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  66.32 
 
 		 285 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000002039  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3367  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  65.64 
 
 		 289 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000101971  hitchhiker  0.00176833 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3228  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  62.5 
 
 		 301 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000169174  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03287  hypothetical protein  60.84 
 
 		 273 aa  317  2e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1893  nucleoside-specific channel-forming protein  60.08 
 
 		 296 aa  310  2e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002697  outer membrane protein OmpK  60.46 
 
 		 272 aa  309  2.9999999999999997e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.302081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0110  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  41.7 
 
 		 289 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01770  putative nucleoside-binding outer membrane protein  35.45 
 
 		 282 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0718  normal  0.572812 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3757  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  33.33 
 
 		 319 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3858  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  33.13 
 
 		 319 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.297258 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2072  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.71 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4122  nucleoside-specific channel-forming protein  33.13 
 
 		 304 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0629  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  26.8 
 
 		 287 aa  86.3  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0668  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  27.49 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0453  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  29.79 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0451  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  29.79 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0471  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  29.79 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0513  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  29.79 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0459  nucleoside-specific channel-forming protein tsx  29.79 
 
 		 287 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0445  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.05 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0482  nucleoside-specific channel-forming protein  29.05 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00363  hypothetical protein  29.05 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.502644  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0493  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.05 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.521942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3222  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.05 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.904335  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3198  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  29.05 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0134636  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0442  nucleoside-specific channel-forming protein  29.05 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00359  nucleoside channel, receptor of phage T6 and colicin K  29.05 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.527354  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0332  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  28.63 
 
 		 294 aa  75.5  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.188825  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3573  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  28.02 
 
 		 286 aa  75.1  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.772906  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0879  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  31.68 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.543775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3759  Nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx-like protein  28.02 
 
 		 270 aa  74.3  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4384  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  27 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.605519 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4054  hypothetical protein  24.77 
 
 		 242 aa  56.6  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2763  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  28.64 
 
 		 286 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.251865  normal  0.794833 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3402  hypothetical protein  28.8 
 
 		 250 aa  46.2  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3888  hypothetical protein  33.64 
 
 		 262 aa  45.8  0.0007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00561363  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0492  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  24.65 
 
 		 250 aa  45.8  0.0008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000160917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3976  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  32.71 
 
 		 262 aa  45.8  0.0008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000541292 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3851  hypothetical protein  24.76 
 
 		 250 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0452291  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0489  hypothetical protein  23.47 
 
 		 250 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000981799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3073  hypothetical protein  28.46 
 
 		 251 aa  44.3  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0238375  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0468  hypothetical protein  23.47 
 
 		 250 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000281501  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3389  hypothetical protein  27.16 
 
 		 251 aa  42.7  0.006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00215189  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>