65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3856 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3856  hypothetical protein  100 
 
 		 260 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00178481  normal  0.564772 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4293  hypothetical protein  95.77 
 
 		 260 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1576  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  96.15 
 
 		 260 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3618  hypothetical protein  91.15 
 
 		 260 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1698  hypothetical protein  81.47 
 
 		 261 aa  433  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1700  hypothetical protein  71.92 
 
 		 261 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1804  hypothetical protein  76.83 
 
 		 261 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0626239  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3671  hypothetical protein  79.75 
 
 		 261 aa  394  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3855  hypothetical protein  72.31 
 
 		 284 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0979699  normal  0.713498 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4291  hypothetical protein  71.9 
 
 		 261 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3617  hypothetical protein  72.31 
 
 		 261 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0375428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1577  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  71.9 
 
 		 261 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0245  hypothetical protein  64.86 
 
 		 278 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02060  hypothetical protein  64.86 
 
 		 278 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520939  normal  0.571612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3697  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  63.27 
 
 		 266 aa  323  2e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2592  nucleoside-binding outer membrane protein  54.32 
 
 		 268 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.416008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3214  hypothetical protein  51.57 
 
 		 268 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0462  hypothetical protein  47.08 
 
 		 250 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00130481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0461  hypothetical protein  45.21 
 
 		 250 aa  210  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3073  hypothetical protein  48.35 
 
 		 251 aa  208  7e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0238375  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3389  hypothetical protein  46.72 
 
 		 251 aa  207  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00215189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4508  hypothetical protein  45.21 
 
 		 250 aa  206  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.237235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0489  hypothetical protein  44.06 
 
 		 250 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000981799  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3679  hypothetical protein  44.23 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0284056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0468  hypothetical protein  44.06 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000281501  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3504  hypothetical protein  44.23 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0448  hypothetical protein  44.23 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4131  hypothetical protein  44.23 
 
 		 250 aa  206  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0544  hypothetical protein  43.46 
 
 		 250 aa  205  7e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000326106  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3851  hypothetical protein  44.49 
 
 		 250 aa  204  9e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0452291  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0492  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  44.49 
 
 		 250 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000160917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0413  hypothetical protein  43.85 
 
 		 250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.977542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3402  hypothetical protein  45.38 
 
 		 250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2763  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  41.84 
 
 		 286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.251865  normal  0.794833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4054  hypothetical protein  36.5 
 
 		 242 aa  152  7e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3976  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  40.27 
 
 		 262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000541292 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3888  hypothetical protein  40.72 
 
 		 262 aa  140  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00561363  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0704  hypothetical protein  33.72 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1461  hypothetical protein  33.49 
 
 		 242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0083992  normal  0.0205194 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4879  hypothetical protein  34.12 
 
 		 275 aa  113  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000399602  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01608  hypothetical protein  29.21 
 
 		 259 aa  85.1  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0854  hypothetical protein  24.43 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0870  hypothetical protein  25 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02890  hypothetical protein  24.63 
 
 		 277 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.585077  hitchhiker  0.00223005 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0194  hypothetical protein  31.07 
 
 		 278 aa  76.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.7975  normal  0.0633994 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0198  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  30.14 
 
 		 265 aa  75.9  0.0000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0320  hypothetical protein  24.9 
 
 		 277 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0187  hypothetical protein  29.68 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0177  hypothetical protein  28.9 
 
 		 265 aa  72.8  0.000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.713561  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0640  hypothetical protein  22.54 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1772  hypothetical protein  24.88 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.807545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0802  hypothetical protein  22.09 
 
 		 286 aa  62.8  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3454  hypothetical protein  25.48 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0269965 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6735  hypothetical protein  23.11 
 
 		 286 aa  53.5  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1228  hypothetical protein  34.51 
 
 		 260 aa  52.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6604  hypothetical protein  34.51 
 
 		 260 aa  52.4  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.156691 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002697  outer membrane protein OmpK  26.09 
 
 		 272 aa  50.4  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.302081  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1024  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  28.65 
 
 		 295 aa  50.1  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000282973  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6201  putative signal peptide  24.61 
 
 		 338 aa  47.8  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.224106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1122  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  23.66 
 
 		 331 aa  47  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2015  putative signal peptide  22.9 
 
 		 331 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.46412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1893  nucleoside-specific channel-forming protein  26.04 
 
 		 296 aa  46.6  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1696  putative signal peptide  22.9 
 
 		 331 aa  46.6  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.109221  normal  0.128505 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2143  putative signal peptide  24.5 
 
 		 339 aa  45.8  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00697757  normal  0.275291 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4345  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  23.23 
 
 		 323 aa  44.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>