56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3389 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3389  hypothetical protein  100 
 
 		 251 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00215189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0462  hypothetical protein  79.2 
 
 		 250 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00130481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4508  hypothetical protein  76 
 
 		 250 aa  410  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.237235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0461  hypothetical protein  74.4 
 
 		 250 aa  400  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0413  hypothetical protein  74 
 
 		 250 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.977542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3679  hypothetical protein  72.8 
 
 		 250 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0284056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3504  hypothetical protein  72.8 
 
 		 250 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000183633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0544  hypothetical protein  73.2 
 
 		 250 aa  395  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000326106  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0448  hypothetical protein  72.4 
 
 		 250 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4131  hypothetical protein  71.2 
 
 		 250 aa  391  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0489  hypothetical protein  71.6 
 
 		 250 aa  390  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000981799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0468  hypothetical protein  71.2 
 
 		 250 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000281501  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3851  hypothetical protein  70.8 
 
 		 250 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0452291  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3402  hypothetical protein  76 
 
 		 250 aa  390  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0492  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  70.8 
 
 		 250 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000160917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3073  hypothetical protein  72.03 
 
 		 251 aa  363  2e-99  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0238375  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3618  hypothetical protein  49.03 
 
 		 260 aa  222  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1698  hypothetical protein  47.13 
 
 		 261 aa  218  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.425272  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4293  hypothetical protein  46.39 
 
 		 260 aa  214  8e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1576  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  46.69 
 
 		 260 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3856  hypothetical protein  46.72 
 
 		 260 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00178481  normal  0.564772 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1804  hypothetical protein  47.56 
 
 		 261 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0626239  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3671  hypothetical protein  47.15 
 
 		 261 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1700  hypothetical protein  44.66 
 
 		 261 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0245  hypothetical protein  43.12 
 
 		 278 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02060  hypothetical protein  43.12 
 
 		 278 aa  194  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520939  normal  0.571612 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4291  hypothetical protein  45.53 
 
 		 261 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1577  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  45.53 
 
 		 261 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3855  hypothetical protein  45.75 
 
 		 284 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0979699  normal  0.713498 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3697  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  43.82 
 
 		 266 aa  184  8e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3617  hypothetical protein  44.72 
 
 		 261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0375428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2592  nucleoside-binding outer membrane protein  41.7 
 
 		 268 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.416008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3214  hypothetical protein  40.38 
 
 		 268 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2763  nucleoside-binding outer membrane protein-like protein  38.21 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.251865  normal  0.794833 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4054  hypothetical protein  35.55 
 
 		 242 aa  139  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3888  hypothetical protein  35.77 
 
 		 262 aa  133  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00561363  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3976  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  35.92 
 
 		 262 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000541292 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1461  hypothetical protein  33.33 
 
 		 242 aa  126  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0083992  normal  0.0205194 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0704  hypothetical protein  32.69 
 
 		 256 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4879  hypothetical protein  30.6 
 
 		 275 aa  85.5  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000399602  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0194  hypothetical protein  32.86 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.7975  normal  0.0633994 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01608  hypothetical protein  29.49 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0198  nucleoside-specific channel-forming protein Tsx  32.21 
 
 		 265 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0187  hypothetical protein  30.77 
 
 		 265 aa  63.5  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0177  hypothetical protein  30.77 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.713561  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1024  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  26.29 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000282973  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6735  hypothetical protein  20.94 
 
 		 286 aa  54.3  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02890  hypothetical protein  23.46 
 
 		 277 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.585077  hitchhiker  0.00223005 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1772  hypothetical protein  23.69 
 
 		 284 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.807545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1228  hypothetical protein  33.33 
 
 		 260 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6604  hypothetical protein  33.33 
 
 		 260 aa  49.3  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.156691 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1215  outer membrane protein OmpK, putative  28.65 
 
 		 283 aa  48.5  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3454  hypothetical protein  25.58 
 
 		 274 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0269965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0320  hypothetical protein  23.04 
 
 		 277 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1001  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  25.82 
 
 		 279 aa  43.9  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000919402  n/a   
 
 
 
NC_009092  Shew_2816  nucleoside-specific channel-forming protein, Tsx  25.6 
 
 		 277 aa  42.7  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000631711  unclonable  0.00000283394 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>