More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2696 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 
608 aa  1260    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  76.48 
 
 
608 aa  914    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  76.48 
 
 
608 aa  917    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  50.49 
 
 
609 aa  632  1e-180  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  49.59 
 
 
612 aa  626  1e-178  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.2 
 
 
601 aa  492  9.999999999999999e-139  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.43 
 
 
597 aa  486  1e-136  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  46.42 
 
 
592 aa  485  1e-135  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.58 
 
 
600 aa  483  1e-135  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  46.25 
 
 
592 aa  483  1e-135  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  46.25 
 
 
592 aa  483  1e-135  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  44.01 
 
 
603 aa  472  1e-132  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  44.23 
 
 
592 aa  469  1.0000000000000001e-131  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  44.83 
 
 
598 aa  456  1e-127  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.21 
 
 
600 aa  421  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  43.82 
 
 
592 aa  409  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.52 
 
 
596 aa  406  1.0000000000000001e-112  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.18 
 
 
608 aa  402  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.08 
 
 
598 aa  399  1e-109  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  42.96 
 
 
593 aa  396  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.27 
 
 
622 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  42.33 
 
 
630 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.76 
 
 
605 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.04 
 
 
610 aa  373  1e-102  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.17 
 
 
610 aa  369  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  35.36 
 
 
590 aa  367  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  34.42 
 
 
621 aa  327  3e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  33.97 
 
 
723 aa  288  2e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  35.24 
 
 
639 aa  266  5.999999999999999e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.523538 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  34.37 
 
 
653 aa  253  8.000000000000001e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  30.81 
 
 
710 aa  234  3e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  31.04 
 
 
708 aa  203  8e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  30.52 
 
 
572 aa  201  3e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31 
 
 
545 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 
552 aa  182  2e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  27.08 
 
 
547 aa  162  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  29.79 
 
 
512 aa  162  1e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 
551 aa  159  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3957  AMP-dependent synthetase and ligase  31.34 
 
 
518 aa  159  2e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.14 
 
 
535 aa  157  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.11 
 
 
538 aa  157  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  33.43 
 
 
503 aa  157  7e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3484  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 
551 aa  156  9e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.436889  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  30.08 
 
 
502 aa  156  1e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  29.94 
 
 
500 aa  155  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3436  AMP-dependent synthetase and ligase  27.08 
 
 
586 aa  155  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0569509  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  29.38 
 
 
501 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  29.94 
 
 
500 aa  155  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.79 
 
 
534 aa  154  5e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.79 
 
 
534 aa  154  5.9999999999999996e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5900  acyl-CoA synthetase  31.33 
 
 
543 aa  152  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  26.29 
 
 
522 aa  151  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  27.41 
 
 
512 aa  150  9e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 
549 aa  149  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11768  acyl-CoA synthetase  29.25 
 
 
532 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000365626 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  27.72 
 
 
539 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3301  acyl-CoA synthetase  25.96 
 
 
991 aa  147  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1267  AMP-dependent synthetase and ligase  27.05 
 
 
981 aa  146  9e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.86 
 
 
550 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0206  acyl-CoA synthetase  30.91 
 
 
549 aa  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.38 
 
 
517 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.18 
 
 
517 aa  144  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.57 
 
 
517 aa  144  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 
535 aa  144  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11700  acyl-CoA synthetase  25.7 
 
 
999 aa  143  8e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.257643 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.38 
 
 
517 aa  143  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  28.01 
 
 
539 aa  143  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.38 
 
 
517 aa  143  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.37 
 
 
509 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  29.11 
 
 
527 aa  141  3.9999999999999997e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  26.28 
 
 
544 aa  141  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5209  acyl-CoA synthetase  31.22 
 
 
554 aa  140  6e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1548  acyl-CoA synthetase  33.24 
 
 
557 aa  139  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0453148  normal  0.562815 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  26.25 
 
 
542 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.41 
 
 
537 aa  137  6.0000000000000005e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.94 
 
 
518 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  24.56 
 
 
536 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1761  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 
550 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  30.32 
 
 
517 aa  134  6.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2118  AMP-dependent synthetase and ligase  26.68 
 
 
613 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000346834  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2962  acyl-CoA synthetase  23.66 
 
 
1005 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  28.13 
 
 
520 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3006  acyl-CoA synthetase  23.66 
 
 
1005 aa  133  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.639197 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3835  AMP-dependent synthetase and ligase  28.93 
 
 
532 aa  132  2.0000000000000002e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  26.93 
 
 
546 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3517  acyl-CoA synthetase  24.74 
 
 
989 aa  131  3e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.249867 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  28.02 
 
 
525 aa  131  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  27.39 
 
 
568 aa  131  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4341  acyl-CoA synthetase  28.86 
 
 
526 aa  131  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227386  normal  0.0335846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  26.25 
 
 
503 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5364  acyl-CoA synthetase  28.26 
 
 
536 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.868662  normal  0.0358165 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  25.7 
 
 
543 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  27.2 
 
 
501 aa  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2977  acyl-CoA synthetase  23.9 
 
 
1005 aa  129  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.120124  normal  0.0134257 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3859  AMP-dependent synthetase and ligase  27.77 
 
 
504 aa  129  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.447607  hitchhiker  0.00632845 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  25.64 
 
 
538 aa  127  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2305  acyl-CoA synthetase  28.28 
 
 
525 aa  126  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.918677 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2833  AMP-dependent synthetase and ligase  25.31 
 
 
1002 aa  126  1e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.457495  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.1 
 
 
517 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  26.02 
 
 
517 aa  124  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>