More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2150 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 
621 aa  1299    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.35 
 
 
608 aa  496  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.46 
 
 
600 aa  423  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.88 
 
 
598 aa  409  1.0000000000000001e-112  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.39 
 
 
596 aa  387  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.98 
 
 
622 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.54 
 
 
630 aa  379  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.56 
 
 
605 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.8 
 
 
610 aa  370  1e-101  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.88 
 
 
610 aa  364  3e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  35.08 
 
 
593 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  35.08 
 
 
592 aa  337  5e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  35.92 
 
 
609 aa  322  9.999999999999999e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  33.11 
 
 
612 aa  309  8e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 
592 aa  308  2.0000000000000002e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  32.87 
 
 
597 aa  306  5.0000000000000004e-82  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  33.56 
 
 
592 aa  302  1e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  33.56 
 
 
592 aa  301  2e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  33.56 
 
 
592 aa  301  2e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  30.58 
 
 
590 aa  300  4e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  34.42 
 
 
608 aa  300  8e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  31.19 
 
 
601 aa  293  7e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  31.09 
 
 
600 aa  291  3e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  34.8 
 
 
608 aa  286  9e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  34.7 
 
 
608 aa  280  7e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  31.41 
 
 
723 aa  275  1.0000000000000001e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 
598 aa  273  1e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 
603 aa  272  1e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  32.1 
 
 
710 aa  267  2.9999999999999995e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  30.84 
 
 
653 aa  250  5e-65  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  29.76 
 
 
639 aa  235  1.0000000000000001e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.523538 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  27.37 
 
 
708 aa  189  9e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  27.42 
 
 
572 aa  178  3e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  29.33 
 
 
539 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  26.05 
 
 
552 aa  165  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  25.87 
 
 
498 aa  164  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  31.33 
 
 
500 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  31.33 
 
 
500 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.54 
 
 
545 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0206  acyl-CoA synthetase  28.17 
 
 
549 aa  158  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  24.91 
 
 
495 aa  155  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  22.36 
 
 
534 aa  155  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  22.36 
 
 
534 aa  155  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.18 
 
 
535 aa  155  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.65 
 
 
517 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  29.5 
 
 
501 aa  153  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.79 
 
 
517 aa  153  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.46 
 
 
517 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.81 
 
 
518 aa  151  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.12 
 
 
517 aa  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  28.29 
 
 
502 aa  151  4e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.37 
 
 
517 aa  150  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3484  AMP-dependent synthetase and ligase  30.08 
 
 
551 aa  148  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.436889  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2118  AMP-dependent synthetase and ligase  26.05 
 
 
613 aa  148  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000346834  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  24.55 
 
 
551 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  28.98 
 
 
503 aa  147  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  29.77 
 
 
512 aa  147  5e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  25.5 
 
 
518 aa  147  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  22.72 
 
 
512 aa  145  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.09 
 
 
538 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0592  putative AMP-dependent synthetase and ligase  25.68 
 
 
543 aa  144  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.29458  normal  0.172075 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  23.93 
 
 
517 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  24.67 
 
 
547 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  24.91 
 
 
508 aa  141  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  22.38 
 
 
514 aa  140  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  26.27 
 
 
515 aa  138  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.4 
 
 
517 aa  139  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5209  acyl-CoA synthetase  27.36 
 
 
554 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  25.18 
 
 
527 aa  137  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  25.05 
 
 
503 aa  137  5e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.81 
 
 
517 aa  137  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.81 
 
 
505 aa  137  6.0000000000000005e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.19 
 
 
522 aa  137  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5900  acyl-CoA synthetase  26.63 
 
 
543 aa  137  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  25.19 
 
 
522 aa  137  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  23.86 
 
 
509 aa  137  8e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  25.27 
 
 
544 aa  136  9.999999999999999e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.62 
 
 
522 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1907  AMP-dependent synthetase and ligase  24.95 
 
 
543 aa  135  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.549821  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3957  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 
518 aa  135  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7121  AMP-dependent synthetase and ligase  25.78 
 
 
542 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.43 
 
 
522 aa  134  5e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  24.68 
 
 
521 aa  134  5e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.24 
 
 
517 aa  134  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  24.62 
 
 
517 aa  134  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  26.5 
 
 
511 aa  134  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0898  AMP-dependent synthetase and ligase  24.42 
 
 
537 aa  133  9e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11768  acyl-CoA synthetase  28.81 
 
 
532 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000365626 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  25.51 
 
 
552 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  24.5 
 
 
662 aa  130  5.0000000000000004e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3835  AMP-dependent synthetase and ligase  29.61 
 
 
532 aa  130  7.000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  24.45 
 
 
501 aa  129  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  24.35 
 
 
525 aa  129  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  26.28 
 
 
535 aa  128  2.0000000000000002e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  26.21 
 
 
522 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  23.64 
 
 
512 aa  127  5e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  24.01 
 
 
520 aa  127  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  21.53 
 
 
516 aa  127  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  24.69 
 
 
522 aa  126  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  24.27 
 
 
521 aa  125  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>