More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3226 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  82.56 
 
 		 517 aa  917    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  73.06 
 
 		 518 aa  812    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  100 
 
 		 517 aa  1080    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  63.06 
 
 		 516 aa  702    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  54.74 
 
 		 517 aa  601  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  54.35 
 
 		 517 aa  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  53.97 
 
 		 517 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  54.16 
 
 		 517 aa  594  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  54.16 
 
 		 517 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  54.07 
 
 		 522 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  54.26 
 
 		 522 aa  575  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  53.88 
 
 		 517 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  54.07 
 
 		 517 aa  571  1e-161  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  53.88 
 
 		 522 aa  568  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  53.49 
 
 		 517 aa  567  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  53.88 
 
 		 522 aa  568  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  54.12 
 
 		 505 aa  553  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  48.48 
 
 		 537 aa  543  1e-153  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.26 
 
 		 520 aa  296  8e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.47 
 
 		 534 aa  290  3e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.47 
 
 		 534 aa  290  3e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 525 aa  288  1e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  32.67 
 
 		 551 aa  271  2e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.73 
 
 		 509 aa  267  2.9999999999999995e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 		 521 aa  262  1e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.31 
 
 		 512 aa  261  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 508 aa  257  3e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  32.89 
 
 		 515 aa  255  1.0000000000000001e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.24 
 
 		 510 aa  251  3e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.42 
 
 		 510 aa  251  3e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.43 
 
 		 510 aa  250  5e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.23 
 
 		 510 aa  250  5e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.24 
 
 		 510 aa  249  6e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.24 
 
 		 510 aa  249  6e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.23 
 
 		 510 aa  249  7e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.05 
 
 		 510 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.03 
 
 		 510 aa  248  3e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.87 
 
 		 510 aa  247  3e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 514 aa  247  4e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.59 
 
 		 506 aa  244  3e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3345  acid-CoA ligase family protein  34.65 
 
 		 547 aa  244  3.9999999999999997e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1667  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 528 aa  244  3.9999999999999997e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5038  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 		 520 aa  241  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 		 513 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  29.94 
 
 		 519 aa  241  2.9999999999999997e-62  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.2 
 
 		 510 aa  238  2e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  32.35 
 
 		 490 aa  238  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.58 
 
 		 512 aa  237  4e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  31.31 
 
 		 544 aa  236  8e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 		 511 aa  236  8e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 511 aa  236  1.0000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0327  AMP-binding domain protein  32.02 
 
 		 549 aa  234  3e-60  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.347146  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 		 536 aa  234  3e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  29.87 
 
 		 539 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 511 aa  233  4.0000000000000004e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 		 546 aa  233  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.2 
 
 		 538 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  31.78 
 
 		 549 aa  232  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  30.91 
 
 		 518 aa  231  2e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 		 532 aa  231  2e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 518 aa  231  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 		 527 aa  231  2e-59  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1041  AMP-binding domain protein  31.45 
 
 		 549 aa  231  2e-59  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1585  AMP-binding domain protein  31.07 
 
 		 549 aa  230  5e-59  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  31.52 
 
 		 507 aa  230  5e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.09 
 
 		 521 aa  229  7e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.46 
 
 		 492 aa  229  9e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.08 
 
 		 561 aa  229  9e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.7 
 
 		 563 aa  229  1e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.51 
 
 		 563 aa  228  2e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.51 
 
 		 563 aa  228  2e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.51 
 
 		 563 aa  228  2e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 		 522 aa  228  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.59 
 
 		 582 aa  228  3e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  29.75 
 
 		 530 aa  228  3e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  31.27 
 
 		 527 aa  227  3e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  31.34 
 
 		 552 aa  227  5.0000000000000005e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.72 
 
 		 582 aa  226  6e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.46 
 
 		 561 aa  226  7e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  29.22 
 
 		 551 aa  226  7e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  31.35 
 
 		 552 aa  226  8e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1862  AMP-dependent synthetase and ligase  30.83 
 
 		 554 aa  226  8e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000194856  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.7 
 
 		 561 aa  226  9e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.02 
 
 		 561 aa  226  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 		 560 aa  226  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  30.53 
 
 		 531 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0355  putative AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 		 559 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000476101  hitchhiker  0.000011609 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  29.85 
 
 		 561 aa  225  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  31.03 
 
 		 549 aa  224  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 509 aa  224  3e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 511 aa  224  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 566 aa  224  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.44 
 
 		 561 aa  224  4e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  30.66 
 
 		 500 aa  224  4e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 662 aa  223  6e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  31.04 
 
 		 549 aa  223  8e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  30.08 
 
 		 495 aa  223  9e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1984  AMP-dependent synthetase and ligase  29.48 
 
 		 552 aa  222  9.999999999999999e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  29.59 
 
 		 514 aa  221  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  29.14 
 
 		 577 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>