More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5072 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 605 aa  1226    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  58.81 
 
 		 610 aa  654    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  72.06 
 
 		 622 aa  858    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  60.24 
 
 		 592 aa  679    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  58.78 
 
 		 610 aa  658    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  72.2 
 
 		 630 aa  889    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  58.51 
 
 		 593 aa  667    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  50.76 
 
 		 600 aa  607  9.999999999999999e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  48.17 
 
 		 596 aa  538  9.999999999999999e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.24 
 
 		 598 aa  507  9.999999999999999e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.44 
 
 		 608 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.89 
 
 		 612 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.56 
 
 		 621 aa  375  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.08 
 
 		 609 aa  361  2e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.76 
 
 		 608 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.93 
 
 		 601 aa  352  1e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  39.38 
 
 		 603 aa  351  2e-95  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.51 
 
 		 608 aa  347  4e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.51 
 
 		 608 aa  342  9e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  36.66 
 
 		 600 aa  340  5.9999999999999996e-92  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.03 
 
 		 592 aa  337  3.9999999999999995e-91  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.03 
 
 		 592 aa  337  3.9999999999999995e-91  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.03 
 
 		 592 aa  337  5e-91  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.168634 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  38.14 
 
 		 723 aa  335  1e-90  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.12 
 
 		 597 aa  330  5.0000000000000004e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  33.96 
 
 		 590 aa  316  9e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 592 aa  311  2e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  36.49 
 
 		 639 aa  303  5.000000000000001e-81  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.523538 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  36.79 
 
 		 598 aa  297  3e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  33.63 
 
 		 710 aa  283  8.000000000000001e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  32.87 
 
 		 653 aa  270  7e-71  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  27.26 
 
 		 708 aa  182  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.1 
 
 		 545 aa  180  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.57 
 
 		 517 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.35 
 
 		 505 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.15 
 
 		 517 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.17 
 
 		 517 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.17 
 
 		 517 aa  174  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.17 
 
 		 517 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  28.15 
 
 		 517 aa  173  9e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.05 
 
 		 534 aa  173  9e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.17 
 
 		 517 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.15 
 
 		 522 aa  172  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.05 
 
 		 534 aa  172  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.09 
 
 		 522 aa  172  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.95 
 
 		 517 aa  172  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  28.09 
 
 		 522 aa  172  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.88 
 
 		 516 aa  171  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.15 
 
 		 522 aa  171  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 		 572 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  28.18 
 
 		 552 aa  167  5e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  29.74 
 
 		 544 aa  166  9e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 		 512 aa  163  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.95 
 
 		 538 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.31 
 
 		 517 aa  162  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  28.77 
 
 		 522 aa  161  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  27.68 
 
 		 547 aa  157  6e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  32.27 
 
 		 512 aa  157  6e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.29 
 
 		 517 aa  156  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 		 537 aa  155  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.61 
 
 		 518 aa  154  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3484  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 551 aa  154  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.436889  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  27.82 
 
 		 495 aa  154  4e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 		 535 aa  154  5e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7061  AMP-dependent synthetase and ligase  27.47 
 
 		 513 aa  153  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.131857 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.12 
 
 		 537 aa  152  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  30.36 
 
 		 539 aa  152  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  27.03 
 
 		 521 aa  150  6e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.54 
 
 		 535 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  26.87 
 
 		 551 aa  149  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  31.19 
 
 		 500 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  31.19 
 
 		 500 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  31 
 
 		 503 aa  147  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 		 492 aa  147  5e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3957  AMP-dependent synthetase and ligase  30.55 
 
 		 518 aa  147  5e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  26.41 
 
 		 490 aa  147  5e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.77 
 
 		 514 aa  145  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  28 
 
 		 520 aa  145  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  26.35 
 
 		 512 aa  144  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  27.31 
 
 		 568 aa  144  5e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  27.59 
 
 		 501 aa  144  6e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.53 
 
 		 550 aa  143  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 		 549 aa  142  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  27.49 
 
 		 522 aa  141  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4341  acyl-CoA synthetase  31.87 
 
 		 526 aa  140  4.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227386  normal  0.0335846 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 		 499 aa  140  7.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.33 
 
 		 557 aa  140  7.999999999999999e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  27.38 
 
 		 509 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  27.54 
 
 		 525 aa  137  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  28.83 
 
 		 546 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5900  acyl-CoA synthetase  31.65 
 
 		 543 aa  137  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  28.34 
 
 		 521 aa  137  7.000000000000001e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  28.36 
 
 		 502 aa  136  9e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.67 
 
 		 557 aa  136  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_002936  DET1033  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  27.52 
 
 		 507 aa  136  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  27.7 
 
 		 502 aa  136  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4204  AMP-dependent synthetase and ligase  26.18 
 
 		 533 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  27.55 
 
 		 541 aa  136  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.79 
 
 		 512 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.67 
 
 		 557 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>