More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2673 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  100 
 
 		 518 aa  1085    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  60.47 
 
 		 516 aa  669    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  73.06 
 
 		 517 aa  812    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  71.71 
 
 		 517 aa  794    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  51.92 
 
 		 517 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  52.12 
 
 		 517 aa  565  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  51.92 
 
 		 517 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  51.73 
 
 		 517 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  51.92 
 
 		 517 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  51.04 
 
 		 537 aa  549  1e-155  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  52.22 
 
 		 522 aa  550  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  52.22 
 
 		 522 aa  548  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  52.22 
 
 		 517 aa  548  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  52.03 
 
 		 517 aa  545  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  51.84 
 
 		 517 aa  548  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  51.84 
 
 		 522 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  51.84 
 
 		 522 aa  540  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  52.3 
 
 		 505 aa  530  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 525 aa  294  2e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.52 
 
 		 520 aa  290  6e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.61 
 
 		 534 aa  281  2e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.61 
 
 		 534 aa  281  2e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.09 
 
 		 514 aa  266  8e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1667  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 528 aa  266  8e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 510 aa  265  2e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 510 aa  265  2e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 510 aa  265  2e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 510 aa  264  3e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.88 
 
 		 510 aa  264  3e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 510 aa  264  3e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 510 aa  264  3e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 510 aa  264  3e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.5 
 
 		 510 aa  263  6e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5038  AMP-dependent synthetase and ligase  34.12 
 
 		 520 aa  263  6e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.31 
 
 		 510 aa  263  8e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  33.47 
 
 		 551 aa  262  1e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 521 aa  258  2e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 512 aa  257  3e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  33.93 
 
 		 509 aa  257  3e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.05 
 
 		 512 aa  256  7e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 510 aa  252  1e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 		 508 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7864  ATP-dependent AMP-binding family protein  30.69 
 
 		 524 aa  244  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  33.21 
 
 		 544 aa  243  7.999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2710  AMP-dependent synthetase and ligase  34.42 
 
 		 507 aa  243  7.999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0406608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  32.21 
 
 		 538 aa  241  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  32.65 
 
 		 539 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4415  AMP-dependent synthetase and ligase  30.12 
 
 		 527 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.805378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  32.41 
 
 		 549 aa  238  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 511 aa  238  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4705  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 528 aa  236  7e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.643471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  32.31 
 
 		 511 aa  234  3e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  31.19 
 
 		 519 aa  234  4.0000000000000004e-60  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  31.21 
 
 		 538 aa  232  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 506 aa  231  2e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 537 aa  231  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4075  AMP-dependent synthetase and ligase  33.67 
 
 		 521 aa  231  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  30.92 
 
 		 568 aa  231  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  30.57 
 
 		 532 aa  230  4e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 492 aa  230  6e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  32.06 
 
 		 522 aa  229  8e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  30.53 
 
 		 490 aa  229  8e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 		 518 aa  229  8e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  31.77 
 
 		 662 aa  228  2e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 518 aa  228  2e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3345  acid-CoA ligase family protein  34.29 
 
 		 547 aa  228  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5316  AMP-dependent synthetase and ligase  29.43 
 
 		 528 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.924286  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  31.28 
 
 		 552 aa  227  3e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0265  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 		 512 aa  227  3e-58  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.73102  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1334  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 538 aa  227  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.149861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  31.41 
 
 		 549 aa  227  5.0000000000000005e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3124  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 545 aa  226  6e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  32.54 
 
 		 552 aa  226  8e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  31.44 
 
 		 553 aa  226  8e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  33.03 
 
 		 565 aa  226  8e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  32.17 
 
 		 552 aa  226  9e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.4 
 
 		 509 aa  225  1e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 531 aa  225  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 511 aa  225  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0606  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 		 560 aa  225  2e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0135962 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 530 aa  224  3e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 561 aa  224  3e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  31.04 
 
 		 549 aa  224  4e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 		 527 aa  224  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 495 aa  223  4.9999999999999996e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 511 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 521 aa  223  7e-57  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1963  AMP-binding domain protein  31.11 
 
 		 560 aa  222  9.999999999999999e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.17114  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1180  hypothetical protein  33.2 
 
 		 544 aa  222  9.999999999999999e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0327  AMP-binding domain protein  30.6 
 
 		 549 aa  222  9.999999999999999e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.347146  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2154  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 		 513 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 		 630 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 520 aa  221  3e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 499 aa  220  3.9999999999999997e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  31.88 
 
 		 555 aa  220  5e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 		 518 aa  220  6e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2323  AMP-dependent synthetase and ligase  30.6 
 
 		 511 aa  220  6e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 553 aa  219  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  31.15 
 
 		 498 aa  219  7.999999999999999e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  30.75 
 
 		 509 aa  219  8.999999999999998e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>