More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3345 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3345  acid-CoA ligase family protein  100 
 
 
547 aa  1149    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2539  putative acyl-CoA synthetase  40.26 
 
 
546 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.389975 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2837  AMP-dependent synthetase and ligase  42.03 
 
 
554 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.336629  normal  0.585824 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3855  AMP-dependent synthetase and ligase  41.43 
 
 
550 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3175  AMP-dependent synthetase and ligase  40.75 
 
 
554 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.909948 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3532  AMP-binding enzyme  40.93 
 
 
554 aa  395  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.291256  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  38.14 
 
 
509 aa  323  4e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2884  AMP-dependent synthetase and ligase  35.64 
 
 
807 aa  296  1e-78  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.17736  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  31.4 
 
 
517 aa  273  8.000000000000001e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  34.65 
 
 
517 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.45 
 
 
534 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.45 
 
 
534 aa  236  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  34.16 
 
 
517 aa  234  3e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.47 
 
 
537 aa  227  3e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  34.29 
 
 
518 aa  228  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.46 
 
 
517 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.46 
 
 
517 aa  223  7e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.26 
 
 
517 aa  223  9e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.38 
 
 
516 aa  223  9e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.26 
 
 
517 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  29.07 
 
 
517 aa  220  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  29.26 
 
 
525 aa  218  2e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 
520 aa  218  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  29.2 
 
 
544 aa  213  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.75 
 
 
510 aa  211  3e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.94 
 
 
510 aa  209  9e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.56 
 
 
510 aa  209  9e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34080  AMP-binding domain protein  31.61 
 
 
552 aa  209  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.56 
 
 
510 aa  208  2e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.56 
 
 
510 aa  208  2e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.56 
 
 
510 aa  209  2e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.56 
 
 
510 aa  208  2e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.56 
 
 
510 aa  208  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.75 
 
 
510 aa  207  3e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  28.01 
 
 
518 aa  207  3e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4818  AMP-binding domain protein  31.34 
 
 
540 aa  205  1e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.5 
 
 
514 aa  206  1e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.37 
 
 
510 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  30.58 
 
 
512 aa  205  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  29.68 
 
 
566 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  30.52 
 
 
532 aa  204  3e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  29.73 
 
 
552 aa  204  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.74 
 
 
512 aa  203  5e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 
521 aa  203  6e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4437  AMP-binding domain protein  31.2 
 
 
540 aa  203  8e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4524  AMP-binding domain protein  31.2 
 
 
540 aa  203  8e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 
544 aa  202  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0293  AMP-dependent synthetase and ligase  29.12 
 
 
533 aa  202  1.9999999999999998e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.406694  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 
557 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  29.83 
 
 
570 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4595  AMP-dependent synthetase and ligase  29.43 
 
 
525 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  29 
 
 
591 aa  201  3e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  27.92 
 
 
549 aa  200  3.9999999999999996e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 
537 aa  200  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 
539 aa  200  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1495  AMP-dependent synthetase and ligase  28.68 
 
 
541 aa  200  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.31 
 
 
561 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  29.05 
 
 
503 aa  199  1.0000000000000001e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26260  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.89 
 
 
491 aa  198  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.420074  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.12 
 
 
561 aa  199  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4608  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  30.35 
 
 
550 aa  197  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  29.39 
 
 
576 aa  198  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  29.42 
 
 
549 aa  198  3e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.54 
 
 
517 aa  197  3e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4872  AMP-binding domain protein  30.56 
 
 
549 aa  197  3e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.23 
 
 
561 aa  197  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 
601 aa  197  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  29.04 
 
 
549 aa  197  6e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.36 
 
 
563 aa  197  6e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.94 
 
 
582 aa  197  6e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 
569 aa  196  6e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3316  AMP-dependent synthetase and ligase  29.92 
 
 
541 aa  197  6e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  27.89 
 
 
559 aa  196  7e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  29.22 
 
 
553 aa  196  7e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 
544 aa  196  8.000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.23 
 
 
561 aa  196  8.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  30.92 
 
 
515 aa  196  9e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.31 
 
 
563 aa  196  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1862  AMP-dependent synthetase and ligase  29.39 
 
 
554 aa  196  1e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000194856  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 
590 aa  196  1e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  28.91 
 
 
544 aa  196  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4900  AMP-dependent synthetase and ligase  30.55 
 
 
527 aa  196  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309388  normal  0.552445 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  29.24 
 
 
555 aa  196  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.88 
 
 
505 aa  195  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.08 
 
 
522 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.31 
 
 
563 aa  195  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.31 
 
 
582 aa  195  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.31 
 
 
563 aa  195  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.54 
 
 
517 aa  195  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12527  AMP-binding domain protein  30.77 
 
 
547 aa  195  2e-48  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0503764 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  28.8 
 
 
577 aa  195  2e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
527 aa  195  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  28.08 
 
 
522 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 
516 aa  195  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1720  AMP-dependent synthetase and ligase  28.33 
 
 
586 aa  195  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976205  hitchhiker  0.000132971 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.97 
 
 
561 aa  195  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.73 
 
 
571 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.06 
 
 
564 aa  194  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.35 
 
 
522 aa  194  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  29.49 
 
 
506 aa  194  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>